Here are a few pictures from the sprint we organized at Pycon-FR
We got a few people to install Google AppEngine and LAX on their machines, and explained the concepts at hand to a bunch of other people.
Update: LAX is now included in the CubicWeb semantic web framework.
Ma présentation de 30 minutes est disponible à l'adresse suivante :
http://fr.pycon.org/presentations_2008/andre-espaze-recherche-de-gene.pdf
La journée s'est bien passée, j'ai eu quelques questions. Un chercheur en génétique a demandé si le projet serait continué sur la recherche des peptides (car ce sont les gènes qui codent les peptides d'après ce que j'ai compris). J'ai transféré cette demande à Eric Eveno, je n'ai pas de réponse pour l'instant. Normalement, la vidéo devrait être disponible sur :
http://fr.pycon.org/
Vous pouvez me contactez si vous avez des questions : andre.espaze@logilab.fr
Une présentation sur l'assurance-qualité a été présentée le 17 mai 2008 pour les journées Python organisées par l'Association Francophone Python (AFPy).
Le but visé est de décrire quelques notions et pratiques simples pour améliorer la lisibilité et la maintenabilité de votre code python.
Quelques outils standards de python sont décrits en première partie; pour finir par une revue de projets plus ambitieux mais indispensables pour la création de code de qualité.
Photo sous licence creative commons By-Nc-Nd par : yota
Pour accéder au diaporama :
http://fr.pycon.org/presentations_2008/julien-jehannet-assurance-qualite/slides.html
Un sprint PyLint est organisé dans le cadre de la conférence PyConFR, les 13 et 14 septembre à Paris. Si vous voulez améliorer PyLint, c'est l'occasion : venez avec vos bugs et repartez sans !
Les débutants sont bienvenus, une introduction au code de Pylint sera réalisée en début de sprint. Une expérience avec le module ast de la librairie standard est un plus.
Croissants et café offerts par l'organisation, merci de vous inscrire pour faciliter la logistique. Voir avec Boris pour plus d'informations (merci à lui !)
Logilab était à la conférence PyConFR qui a pris place à Paris il y a deux semaines.
Nous avons commencé par un sprint pylint, coordonné par Boris Feld, où pas mal de volontaires sont passés pour traquer des bogues ou ajouter des nouvelles fonctionnalités. Merci à tous!
Pour ceux qui ne connaissent pas encore, pylint est un utilitaire pratique que nous avons dans notre forge. C'est un outil très puissant d'analyse statique de scripts python qui aide à améliorer/maintenir la qualité du code.
Par la suite, après les "talks" des sponsors¸ où vous auriez pu voir Olivier, vous avons pu participer à quelques tutoriels et présentations vraiment excellentes. Il y avait des présentations pratiques avec, entre autres, les tests, scikit-learn ou les outils pour gérer des services (Cornice, Circus). Il y avait aussi des retours d'information sur le processus de développement de CPython, le développement communautaire ou un supercalculateur. Nous avons même pu faire de la musique avec python et un peu d'"embarqué" avec le Raspberry Pi et Arduino !
Nous avons, avec Pierre-Yves, proposé deux tutoriels d'introduction au gestionnaire de versions décentralisé Mercurial. Le premier tutoriel abordait les bases avec des cas pratiques. Lors du second tutoriel, que l'on avait prévu initialement dans la continuité du premier, nous avons finalement abordé des utilisations plus avancées permettant de résoudre avec énormément d'efficacité des problématiques quotidiennes, comme les requêtes sur les dépôts, ou la recherche automatique de régression par bissection. Vous pouvez retrouver le support avec les exercices là.
Pierre-Yves a présenté une nouvelle propriété importante de Mercurial: l'obsolescence. Elle permet de mettre en place des outils d'édition d'historique en toute sécurité ! Parmi ces outils, Pierre-Yves a écrit une extension mutable-history qui vous offre une multitude de commandes très pratiques.
La présentation est disponible en PDF et en consultation en ligne sur slideshare. Nous mettrons bientôt la vidéo en ligne.
Si le sujet vous intéresse et que vous avez raté cette présentation, Pierre-Yves reparlera de ce sujet à l'OSDC.
Pour ceux qui en veulent plus, Tarek Ziadé à mis à disposition des photos de la conférence ici.
Pycon.fr est l’événement annuel qui rassemble les utilisateurs et développeurs Python en France, c'est une conférence organisée par l'AFPY (L'Association Francophone Python). Elle se déroulera cette année sur 4 jours à Lyon : 2 jours de conférences, 2 jours de sprints.
Nous serons présents à PyconFR les samedi et dimanche pour y voir les présentation nombreuses et prometteuses. Nous assisterons en particulier à deux présentations qui sont liés à l'activité de Logilab :
On espère vous y croiser. Si tout va bien, nous prendrons le temps de faire un compte rendu de ce qui a retenu notre attention lors de la conférence.
J'ai eu le plaisir de participer à la conférence PyconFR 2014, voici quelques notes sur les présentations auxquelles j'ai pu assister. Étant donné la longueur, je vais publier sous forme de plusieurs billets de blog.
Le Behaviour Driven Develpment en Python peut se faire avec behave. Dans un premier temps on décrit en language "naturel" le test. Dans un deuxième temps on implémente les tests unitaires pour faire le lien avec la description behave, et on met les chaines de caractères dans un decorateur @given, puis @when puis @then.
Les scenarios behave sont utiles pour le dévelopement, pour la documentation, pour la formation des nouveaux arrivants et même pour faciliter la supervision des applications en production.
Les diapos de la présentation sont disponible sur slideshare.
Stéphane Wirtle nous a présenté comment les relations étroites entre le monde de Python et celui de PostgreSQL.
Points à noter :
Pour ceux qui souhaiteraient essayer un ORM, Stéphane Wirtle conseille Peewee ORM.
Pour les migrations de schema SQLalchemy, Stéphane Wirtle nous conseille Alembic.
Parfois un ORM peut générer beaucoup de requêtes SQL et il y a de la place pour une optimisation en tapant directement du SQL. Pour évaluer la surcharge dûe à l'ORM, on peut utiliser pgBadger.
Support de présentation : https://speakerdeck.com/matrixise/python-and-postgresql-a-wonderful-wedding/
Après une petite introduction aux principes de concurrence, Martin Richard nous a présenté un retour d'expérience sur l'utilisation du module asyncio introduit dans python 3.4. Il permet de ne plus avoir à utiliser twisted ou gevent.
Les ressources et bibliothèques qui utilisent asyncio sont recensées sur http://asyncio.org/
objgraph permet de d'analyser des structures de données Python pour identifier des fuites memoire.
memoryview introduit dans python3.4 permet de faire "référence" à une structure de données sans la copier, ce qui peut être très pratique mais rend complexe la gestion de code.
Martin a utilisé @lru_cache pour mettre en cache les resultats d'un calcul en utilisant la politique de cache "Least Recently Used (LRU)".
Support de présentation : http://marti.us/t/pyconfr-2014/
Prochain épisode : 1ère journée pyconfr, frameworks web et gestion de source.
Suite de pyconfr 2014 jour 1 épisode 1.
Ronan Amicel nous a présenté le travail de benchmark publié par TechEmpower. Ces tests et résultats sont forcement faux et biaisés, mais le code source des tests est publié en libre et il est donc possible d'apporter des corrections via le projet sur github
Pour l'instant, Python3 serait plus lent que Python2, mais on peut espérer que Python3 rattrape son retard, puisqu'il est toujours développé. La comparaison avec pypy est surprenante, celui-ci est bien plus lent, l'hypothèse étant qu'il est ralenti lorsqu'il parle au driver mysql. En revanche, pour le test pypy + tornado, les performances peuvent être meilleures que nodejs car tornado est écrit en pur python il peut être optimisé par pypy.
Dans le comparatif entre python et php, un acteur surprenant est phalcon qui a pris le parti de tout coder en C (plutôt qu'une partie seulement comme on peut le trouver dans nombre de projets python).
Support de présentation : https://speakerdeck.com/ronnix/performance-des-frameworks-web-python-vs-the-world-v1-dot-1
Nous attendions avec impatience cette présentation, et Christophe de Vienne a très bien présenté CubicWeb, le framework web dont Logilab est à l'origine.
Après une courte introduction aux concepts du web sémantique (les URIS, les relations, le Linked Data), il a appuyé sur la nécéssité de donner du sens aux données que l'on stoque dans nos applications. Il a expliqué la finesse des réglages dans le moteur de permissions de CubicWeb.
Il a expliqué certaines fonctionnalités intéressantes selon lui dans Cubicweb :
Selon Christophe, CubicWeb permet de développer une "base de donnée métier" strictement structurée, mais restant souple. Il a expliqué que l'interface par défaut n'est pas très sexy, mais qu'elle est néanmoins fonctionnelle comme backend d'édition.
Une petite introduction aux cubes qui sont les "plugins" ou les "extensions" dans le monde CubicWeb, ils contiennent :
Pour manipuler les données, CubicWeb utilise RQL, qui a été inventé avant SPARQL (langage de requête du web sémantique) et est plus pragmatique et lisible. Une fonctionnalité notable de RQL : plus besoin d'écrire des jointures SQL !
Finalement Christophe a conclu en présentant le mariage de Pyramid et Cubicweb. Selon lui, en regardant dedans, ils ont des philosophies communes. Le code permettant de développer une application Pyramid sur une base CubicWeb est publié sur la forge de CubicWeb. Christophe a aussi expliqué qu'il pousse des modifications pour que CubicWeb soit plus accessible aux développeurs habitués aux modes de développement "à la python".
Support de présentation : https://dl.dropboxusercontent.com/u/36590471/pyconfr-2014-pres-cubicweb/index.html
Pierre-Yves David (marmoute) nous a concocté un petit panorama des problèmes traités par les gestionnaires de source, avec des anecdotes de problèmes non-triviaux et quelques rappels historiques sur notre "science" informatique (merci les encodages!) Pierre-Yves s'est concentré sur les systèmes de gestion de version de "nouvelle génération", les outils décentralisés (hg, git, bzr). Forcément, étant donné qu'il travaille sur mercurial (et oui, celui écrit en python) il s'est concentré sur celui-là.
Quand il travaillait chez Logilab, Pierre-Yves a notamment rajouté à Mercurial la notion de changeset obsolete et de phase pour faciliter la revue de code et le travail en équipe.
baron et RedBaron sont des projets assez prometteurs (et assez dingues) de manipulation de code en utilisant du code (plutôt que des éditeurs).
Laurent Peuch est revenu sur les outils historiques du domaine : rope qui a pris la suite de bicycle repair man. Il y a aussi pyfmt par le même auteur, et autopep8 écrit par d'autres.
Un exemple qui m'a parlé : ajouter @profile sur toutes les fonctions d'un script devient faisable en 3 lignes de python, et inversement pour les enlever. À suivre...
Support de présentation : https://psycojoker.github.io/pyconfr-redbaron/presentation.html
Prochain épisode: jour 1, bus de communication, packaging et fin
Suite à :
Florent Aide nous a présenté son projet XBUS, un bus de communication pour les applications. L'idée est de gérer l'historique : pour faire parler des applications métier entre elles, on les connecte toutes au même bus. Dans certains cas, notamment quand la sécurité des données est en jeux, l'application qui traite le message renvoie un accusé de réception et de traitement (ACK).
Côté technique, il s'agit de :
Lors des questions un projet similaire a été mentionné : autobahn. Le projet XBUS est libre et publié sur bitbucket.
Étant donné qu'à Logilab, nous avons des avis assez arrêté sur les questions de packaging, je suis allé voir cette conférence.
Xavier Ordoquy nous a présenté en détail virtualenv (pyvenv directement dans python à partir de 3.4) ainsi que l'outil pip.
Historiquement pypi a été instable, mais la situation s'est améliorée depuis qu'il est sur un CDN. Il y a un travail en cours sur la sécurité (vérification d'intégrité, ssl obligatoire etc). devpi permet d'avoir un pypi en interne comme cache, mais aussi comme système de "staging" avant de publier sur le pypi "officiel".
Selon Xavier, la guerre des distutils, python.packaging, distutils2, distribute, etc est finie. Il faut à présent utiliser setuptools et le connaître sur le bouts des doigts. Xavier nous recommande de copier un setup.py pour démarrer nos projets, par exemple celui de sentry.
Côté numéro de version, il faut aller lire la PEP440 Version Identification and Dependency Specification.
extra_requires permet de faire : pip install sentry[postgres] qui installe sentry mais aussi les dépendances pour le faire marcher avec PostgreSQL.
Côté packaging, il va falloir selon Christophe apprendre à utiliser wheel et stevedore (code).
Lors des questions, un membre du public mentionne le projet diecutter (docs, pypi).
Support de présentation : https://speakerdeck.com/xordoquy/packaging-pratique-fr
Prochain épisode: jour 2
Nous allons avec une partie de l'équipe de l'agence Toulousaine de Logilab, participer à la conférence annuelle France sur le langage python : PyConFr. Nous avions appris plein de choses l'année dernière, et partagé via une série d'articles de blogs (1, 2, 3).
Quatre présentations à noter dans votre planning si vous avez la chance de pouvoir venir (la conférence est gratuite et accueillante). Les descriptions détaillées sont au bout des liens :
Au plaisir de vous y croiser.
Nous étions à PyConFR 2015 avec quelques personnes de l'agence toulousaine de Logilab.
Nous avons présenté 3 sujets (annoncés ici), les conférences ont été enregistrées, elles devraient être disponibles bientôt (update les vidéos ont été publiés) :
Nous avons vu de nombreuses conférences et discuté python pendant les pauses, voici quelques concepts ou pointeurs qui ont retenu notre attention.
Le travail qu'effectue Fedora sur son bus de message au niveau de l'infrastructure (fedmsg) est fort intéressant, nous faisons des choses similaires avec le bus d’événements de Salt sur notre infrastructure.
Toujours chez Fedora, nous allons jeter un œil sur faitout qui permet de récupérer une base de données Postgresql temporaire à utiliser dans les tests unitaires ou l'intégration continue.
Nous utilisons déjà tox, pour un certain nombre de projets, mais cette présentation nous a motivés pour approfondir quelques pistes : comme detox pour tester les environnements en parallèle. tox permet de lancer les tests unittaires (mais aussi construire la documentation) dans des environnements virtualenv, permettant ainsi de tester une grille de configurations (différentes versions de python, ou de dépendances).
Guix est un gestionnaire de paquets et une distribution, c'est un projet prometteur, même si nous restons très attachés à Debian. Guix s'inspire du travail effectué par NixOS (dont une présentation avait été faite lors d'un meetup salt). Un peu avant-gardiste, mais probablement utile à terme.
Bandit, est un outil d'analyse statique qui se focalise sur la sécurité. Il est capable d'analyser du code Python pour détecter les failles de sécurité les plus courantes: SQL injection, XSS, attaque par symlink. Bandit ne fait pas tout (il ne détecte pas le code qui n'existe pas mais qui devrait y être), mais c'est un outil précieux pour automatiser les tests de sécurité et gagner du temps. Bien sûr, la meilleure école pour se former reste de lire les patchs qui corrigent les failles de sécurité et de se faire auditer par des experts. L'analyse de code est un sujet qui nous intéresse, car pylint est né à Logilab et nous travaillons encore sur ces sujets avec astroid (ancien logilab-astng) et safe-python.
Scapy permet de recevoir, d'envoyer et de manipuler des paquets réseau. Il supporte de nombreux protocoles, et peut être utilisé notamment à des fins d'audit.
Deux conférences consécutives concernant SQLAlchemy et GeoAlchemy, bien que restant à un niveau de généralités, ont été très instructives. On peut en retenir que, malgré la refonte de l'API avec la version 1.0, les fonctionnalités les plus utiles de SQLAlchemy restent cachées (declarative, back_populate), et les bonnes pratiques sont très mal connues, car mal documentées. La présentation en donnait quelques unes comme "ne jamais faire de requête dans une boucle", ou encore "dans un join, il vaut mieux expliciter toutes les tables". Côté GeoAlchemy, la présentation voulait montrer qu'il est très simple de manipuler des données géométriques avec cet outil développé par la société franco-suisse camp2camp.
Comment optimiser le code Python de Mercurial pour qu'il assure des performances suffisantes, quels sont les pièges à éviter ? C'était l'objet de la conférence de Pierre-Yves David, qui a débuté le développement de evolve en 2011 quand il travaillait à Logilab et que nous cherchions à améliorer nos processus de revue de code. Côté astuces, on a retenu entre autres l'utilisation des slots, un mécanisme d'import paresseux (présent en standard dans Python 3), la désactivation ponctuelle du ramasse-miettes ou encore le pré-chargement d'attributs ou de fonctions hors des boucles.
Nous avons pu assister à une présentation très intéressante sur la tabulation avec Python. La tabulation c'est la mémoïsation poussée à l’extrême: enregistrer tous les résultats d'une fonction pour toutes les valeurs possibles des paramètres. Dingue, non ? La présentation montrait que, moyennant la prise en compte de contraintes techniques (limiter le domaine des paramètres, optimiser le tableau des résultats en le découpant), cela était tout à fait possible, et apportait un gain de temps réel. Mais en fait l’intérêt ne réside pas vraiment dans le fait de mettre en cache des résultats pour gagner en temps de calcul ; non, il s'agit plutôt de masquer le code d'une fonction. Au lieu de fournir à l'utilisateur une version compilée qui risque de faire l'objet de rétro-ingénierie, on lui fournit le tableau des valeurs possibles en entrée et le tableau des résultats correspondants en sortie. La probabilité de retrouver l'algorithme est alors moindre, surtout pour des fonctions de type hachage que certaines sociétés tiennent à garder secrètes.
La conférence sur les communautés locales nous a intéressé étant donné notre implication dans les meetups salt, les meetup python à Nantes et nos organisations de communautés autour de CubicWeb, de certains codes de calculs libres et du web sémantique. La lecture de The art of community online nous a été recommandé par Alexandre Fayolle, grand ancien de Logilab, qui en a bénéficié pour sa participation à l'Odoo Community Association.
Hospital avec ses healthchecks en production pourrait être un bon candidat pour nos applications CubicWeb qui sont déjà branchées sur du statsd pour les métriques métier et sentry pour la collecte d'anomalies. Le projet qui n'en est encore qu'à ses débuts mais contient certaines idées intéressantes. L'objectif est de pouvoir tester les déploiements d'une application. Les outils qui existent ne permettent d'avoir qu'une partie de l'objectif:
- les tests automatiques, même fonctionnels, testent l'application hors de son environnement final. Ou alors il peut être long de les lancer une fois l'application déployée ;
- la supervision permet de détecter les problèmes mais l'application est vue comme une boîte noire: savoir qu'il y a une erreur 500 ne permet pas de dire si c'est la base de données qui est HS ou s'il n'y a plus d'espace disque ;
- les logs permettent de voir quel est le problème réel, mais trop tard.
Hospital est un framework qui permet:
- d’écrire des tests avec des assertions comme pour les tests automatiques ;
- de faire des assertions sur l'application vue de l’intérieur comme une boîte blanche. Il est ainsi possible de tester la connectivité à la base de données ;
- et de collaborer avec les outils existants comme les outils de supervision. Il existe par exemple un exécutable en ligne de commande qu'un outil de supervision est capable de lancer.
AnyBlok a retenu notre attention car ses concepts ressemblent à ceux de CubicWeb et les deux projets pourraient s'enrichir mutuellement.
CubicWeb et Pyramid (la vidéo) a été présenté par Christophe de Vienne de Unlish, qui a beaucoup oeuvré pour ce rapprochement. C'est maintenant ce qui est utilisé à Logilab.
Pythran est un traducteur de code Python en C++, qui permet de construire un module d'extension optimisé à partir d'un code pur Python enrichi de quelques annotations. Il est destiné à un usage scientifique et offre notamment un support partiel de numpy. Il a retenu notre attention et pourrait représenter une alternative intéressante à cython pour certains de nos développements. Son auteur est un partisan de la programmation déclarative: on doit écrire ce que l'on veut obtenir et non pas comment l'obtenir. C'est au compilateur ou à un traducteur de code comme pythran de trouver alors la meilleure façon d'obtenir le résultat décrit. Une partie des améliorations de Pythran est aujourd'hui financée via Logilab grâce au projet OpenDreamKit.
Merci aux organisateurs et à l'EISTI de Pau pour l’accueil. À l'année prochaine pour une nouvelle édition de pyconfr.
Article rédigé à 3 mains par Yann Voté, Laura Médioni et Arthur Lutz