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  • Code_Aster back in Debian unstable

    2014/03/31 by Denis Laxalde

    Last week, a new release of Code_Aster entered Debian unstable. Code_Aster is a finite element solver for partial differential equations in mechanics, mainly developed by EDF R&D (Électricité de France). It is arguably one of the most feature complete free software available in this domain.

    Aster has been in Debian since 2012 thanks to the work of debian-science team. Yet it has always been somehow a problematic package with a couple of persistent Release Critical (RC) bugs (FTBFS, instalability issues) and actually never entered a stable release of Debian.

    Logilab has committed to improving Code_Aster for a long time in various areas, notably through the LibAster friendly fork, which aims at turning the monolithic Aster into a library, usable from Python.

    Recently, the EDF R&D team in charge of the development of Code_Aster took several major decisions, including:

    • the move to Bitbucket forge as a sign of community opening (following the path opened by LibAster that imported the code of Code_Aster into a Mercurial repository) and,
    • the change of build system from a custom makefile-style architecture to a fine-grained Waf system (taken from that of LibAster).

    The latter obviously led to significant changes on the Debian packaging side, most of which going into a sane direction: the debian/rules file slimed down from 239 lines to 51 and a bunch of tricky install-step manipulations were dropped leading to something much simpler and closer to upstream (see #731211 for details). From upstream perspective, this re-packaging effort based on the new build-system may be the opportunity to update the installation scheme (in particular by declaring the Python library as private).

    Clearly, there's still room for improvements on both side (like building with the new metis library, shipping several versions of Aster stable/testing, MPI/serial). All in all, this is good for both Debian users and upstream developers. At Logilab, we hope that this effort will consolidate our collaboration with EDF R&D.


  • Deuxième hackathon codes libres de mécanique

    2014/04/07 by Nicolas Chauvat

    Organisation

    Le 27 mars 2014, Logilab a accueilli un hackathon consacré aux codes libres de simulation des phénomènes mécaniques. Etaient présents:

    • Patrick Pizette, Sébastien Rémond (Ecole des Mines de Douai / DemGCE)
    • Frédéric Dubois, Rémy Mozul (LMGC Montpellier / LMGC90)
    • Mickaël Abbas, Mathieu Courtois (EDF R&D / Code_Aster)
    • Alexandre Martin (LAMSID / Code_Aster)
    • Luca Dall'Olio, Maximilien Siavelis (Alneos)
    • Florent Cayré, Nicolas Chauvat, Denis Laxalde, Alain Leufroy (Logilab)

    DemGCE et LMGC90

    Patrick Pizette et Sébastien Rémond des Mines de Douai sont venus parler de leur code de modélisation DemGCE de "sphères molles" (aussi appelé smooth DEM), des potentialités d'intégration de leurs algorithmes dans LMGC90 avec Frédéric Dubois du LMGC et de l'interface Simulagora développée par Logilab. DemGCE est un code DEM en 3D développé en C par le laboratoire des Mines de Douai. Il effectuera bientôt des calculs parallèles en mémoire partagée grâce à OpenMP. Après une présentation générale de LMGC90, de son écosystème et de ses applications, ils ont pu lancer leurs premiers calculs en mode dynamique des contacts en appelant via l'interface Python leurs propres configurations d'empilements granulaires.

    Ils ont grandement apprécié l'architecture logicielle de LMGC90, et en particulier son utilisation comme une bibliothèque de calcul via Python, la prise en compte de particules de forme polyhédrique et les aspects visualisations avec Paraview. Il a été discuté de la réutilisation de la partie post/traitement visualisation via un fichier standard ou une bibliothèque dédiée visu DEM.

    Frédéric Dubois semblait intéressé par l'élargissement de la communauté et du spectre des cas d'utilisation, ainsi que par certains algorithmes mis au point par les Mines de Douai sur la génération géométrique d'empilements. Il serait envisageable d'ajouter à LMGC90 les lois d'interaction de la "smooth DEM" en 3D, car elles ne sont aujourd'hui implémentées dans LMGC90 que pour les cas 2D. Cela permettrait de tester en mode "utilisateur" le code LMGC90 et de faire une comparaison avec le code des Mines de Douai (efficacité parallélisation, etc.).

    Florent Cayré a fait une démonstration du potentiel de Simulagora.

    LMGC90 et Code_Aster dans Debian

    Denis Laxalde de Logilab a travaillé d'une part avec Rémy Mozul du LMGC sur l'empaquetage Debian de LMGC90 (pour intégrer en amont les modifications nécessaires), et d'autre part avec Mathieu Courtois d'EDF R&D, pour finaliser l'empaquetage de Code_Aster et notamment discuter de la problématique du lien avec la bibliothèque Metis: la version actuellement utilisée dans Code_Aster (Metis 4), n'est pas publiée dans une licence compatible avec la section principale de Debian. Pour cette raison, Code_Aster n'est pas compilé avec le support MED dans Debian actuellement. En revanche la version 5 de Metis a une licence compatible et se trouve déjà dans Debian. Utiliser cette version permettrait d'avoir Code_Aster avec le support Metis dans Debian. Cependant, le passage de la version 4 à la version 5 de Metis ne semble pas trivial.

    Voir les tickets:

    Replier LibAster dans Code_Aster

    Alain Leufroy et Nicolas Chauvat de Logilab ont travaillé à transformer LibAster en une liste de pull request sur la forge bitbucket de Code_Aster. Ils ont présenté leurs modifications à Mathieu Courtois d'EDF R&D ce qui facilitera leur intégration.

    Voir les tickets:

    Suppression du superviseur dans Code_Aster

    En fin de journée, Alain Leufroy, Nicolas Chauvat et Mathieu Courtois ont échangé leurs idées sur la simplification/suppression du superviseur de commandes actuel de Code_Aster. Il est souhaitable que la vérification de la syntaxe (choix des mots-clés) soit dissociée de l'étape d'exécution.

    La vérification pourrait s'appuyer sur un outil comme pylint, la description de la syntaxe des commandes de Code_Aster pour pylint pourrait également permettre de produire un catalogue compréhensible par Eficas.

    L'avantage d'utiliser pylint serait de vérifier le fichier de commandes avant l'exécution même si celui-ci contient d'autres instructions Python.

    Allocation mémoire dans Code_Aster

    Mickaël Abbas d'EDF R&D s'est intéressé à la modernisation de l'allocation mémoire dans Code_Aster et a listé les difficultés techniques à surmonter ; l'objectif visé est un accès facilité aux données numériques du Fortran depuis l'interface Python. Une des difficultés est le partage des types dérivés Fortran en Python. Rémy Mozul du LMGC et Denis Laxalde de Logilab ont exploré une solution technique basée sur Cython et ISO-C-Bindings. De son côté Mickaël Abbas a contribué à l'avancement de cette tâche directement dans Code_Aster.

    Doxygen pour documentation des sources de Code_Aster

    Luca Dall'Olio d'Alneos et Mathieu Courtois ont testé la mise en place de Doxygen pour documenter Code_Aster. Le fichier de configuration pour doxygen a été modifié pour extraire les commentaires à partir de code Fortran (les commentaires doivent se trouver au dessus de la déclaration de la fonction, par exemple). La configuration doxygen a été restituée dans le depôt Bitbucket. Reste à évaluer s'il y aura besoin de plusieurs configurations (pour la partie C, Python et Fortran) ou si une seule suffira. Une configuration particulière permet d'extraire, pour chaque fonction, les points où elle est appelée et les autres fonctions utilisées. Un exemple a été produit pour montrer comment écrire des équations en syntaxe Latex, la génération de la documentation nécessite plus d'une heure (seule la partie graphique peut être parallélisée). La documentation produite devrait être publiée sur le site de Code_Aster.

    La suite envisagée est de coupler Doxygen avec Breathe et Sphinx pour compléter la documentation extraite du code source de textes plus détaillés.

    La génération de cette documentation devrait être une cible de waf, par exemple waf doc. Un aperçu rapide du rendu de la documentation d'un module serait possible par waf doc file1.F90 [file2.c [...]].

    Voir Code Aster #18 configure doxygen to comment the source files

    Catalogue d'éléments finis

    Maximilien Siavelis d'Alneos et Alexandre Martin du LAMSID, rejoints en fin de journée par Frédéric Dubois du LMGC ainsi que Nicolas Chauvat et Florent Cayré de Logilab, ont travaillé à faciliter la description des catalogues d'éléments finis dans Code_Aster. La définition de ce qui caractérise un élément fini a fait l'objet de débats passionnés. Les points discutés nourriront le travail d'Alexandre Martin sur ce sujet dans Code_Aster. Alexandre Martin a déjà renvoyé aux participants un article qu'il a écrit pour résumer les débats.

    Remontée d'erreurs de fortran vers Python

    Mathieu Courtois d'EDF R&D a montré à Rémy Mozul du LMGC un mécanisme de remontée d'exception du Fortran vers le Python, qui permettra d'améliorer la gestion des erreurs dans LMGC90, qui a posé problème dans un projet réalisé par Denis Laxalde de Logilab pour la SNCF.

    Voir aster_exceptions.c

    Conclusion

    Tous les participants semblaient contents de ce deuxième hackathon, qui faisait suite à la première édition de mars 2013 . La prochaine édition aura lieu à l'automne 2014 ou au printemps 2015, ne la manquez pas !