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  • Logilab à Pas Sage en Seine 2018 #PSES2018

    2018/07/13 by Arthur Lutz

    Nous étions présents à la conférence Pas Sage en Seine 2018 pour assister aux conférences, mais aussi pour participer à la tenue du stand de l'APRIL dont Logilab est adhérente depuis sa création pour soutenir la promotion et la défense du logiciel libre.

    Voici un court retour sous forme de notes sur les conférences auxquelles nous avons assistées et qui sont en lien avec notre activité.

    Le programme était chargé, retrouvez le sur https://programme.passageenseine.fr/

    Conf zero knowledge webapp

    M4Dz de AlwaysData a effectué avec brio cette présentation.

    Article wikipedia sur Zero Knowledge Proof

    Dans le navigateur, certains acronymes sont familiers, d'autres un peu moins :

    • CORS
    • CSP
    • SRI - protection (signature de code)
    • Referrer-Policy
    • Key-storage (WebCrypto, File-API), éviter LocalStorage (peut être purgé comme du cache)

    WebAssembly (ASMjs) - prévient la lecture du code executé et rend l'extraction de données complexe. Plus difficile d'exploiter un binaire que un bout de JS où on peut se brancher où on veut (ralentir les attaques).

    Pendant les questions/réponses il a été question de "chiffrement homomorphique" comme potentielle solution pour les questions d'indexations de contenus chiffrés.

    Applications où y des choses similaires, dont certaines que nous utilisons à Logilab :

    Full-remote : guide de survie en environnement distant

    Encore une fois M4Dz de AlwaysData.

    Beaucoup de contenu, mais j'ai bien aimé les notions suivantes :

    • mentorat
    • mini-projet interne pour débuter - pour aller discuter avec les anciens
    • manifesto : exemple http://remoteonly.org (auquel on peut apporter quelques critiques)
    • exemple de remote le matin, pour ensuite être dans les bureaux l'après-midi
    • environnement sonore (à personnaliser)

    Pas mal de propos sur les canaux de communication:

    • tchat / voice / video / documents
    • exemple de github qui a enlevé le mail de ses outils de communication
    • virtualopenspace, notamment pour pause café (voir notre inspiration peopledoc et gitlab)
    • abuser des status type jabber/xmpp - pour communiquer sur notre disponibilité (notamment quand on a besoin d'être concentré et pas interrompu)

    Le temps de trajet peut être utile pour décompreser ou se mettre en condition pour travailler. Selon M4Dz, c'est reproductible en teletravail (aller faire un tour du quartier).

    Exemples de rencontres informelles entre télétravailleurs : nextcloud a une équipe très distribuée, ils vont travailler chez les uns les autres (ceux qui ont des affinités entre eux).

    À voir absolument si votre entreprise a une reflexion sur le télétravail, même en partiel (comme c'est le cas à Logilab).

    Jour 2

    Privacy by design

    Notes :

    • GRDP check list
    • déléger l'authentification à l'autres par exemple : openid
    • libjs : jwcrypto, jsencrypt, js-nacl (lien dans les slides pour la liste complète)
    • séparer les consentements (par service tiers)
    • exemple de nextcloud qui fait bien les choses https://nextcloud.com/privacy/
    • matomo (ex-piwik) fait bien les choses en terme de respect de vie privée
    • documentation des api (swagger et apiary pour supprimer les données

    Sur la pseudonimiation (pour publier des jeux de données), M4Dz nous a parlé de Differential privacy

    Crypto quantique

    Comment commencer à tester la crypto quantique en pratique :

    Conclusion, il est urgent d'attendre, on a plein d'autres problèmes de securité à résoudre.

    GRPDBookClub

    Super retour d'experience sur comment aborder un texte de loi ou une reglementation compliquée de manière collective.

    La RGPD pour les noobs

    Excellent complément de la conférence précédente sur le RGPD.

    Fin

    Voilà. Plein d'autres conférences méritent d'être visionnées sur https://video.passageenseine.fr/ (peertube, what else?), bravo pour la captation, la diffusion en direct et la mise à disposition des contenus.

    Bravo à tout l'équipe d'organisation pour les contenus riches et variés de cette édition du festival. Et merci à toutes les personnes avec qui j'ai pu échanger en marge des conférences

    Si vous êtes arrivés jusqu'ici, déjà bravo, et puis sachez que Logilab recrute, rejoignez nous pour travailler sur ces questions.

    Logilab recrute!


  • Experiment to safely refactor your code in Python

    2018/05/05 by Nicolas Chauvat

    "Will my refactoring break my code ?" is the question the developer asks himself because he is not sure the tests cover all the cases. He should wonder, because tests that cover all the cases would be costly to write, run and maintain. Hence, most of the time, small decisions are made day after day to test this and not that. After some time, you could consider that in a sense, the implementation has become the specification and the rest of the code expects it not to change.

    Enters Scientist, by GitHub, that inspired a Python port named Laboratory.

    Let us assume you want to add a cache to a function that reads data from a database. The function would be named read_from_db, it would take an int as parameter item_id and return a dict with attributes of the items and their values.

    You could experiment with the new version of this function like so:

    import laboratory
    
    def read_from_db_with_cache(item_id):
        data = {}
        # some implementation with a cache
        return data
    
    @laboratory.Experiment.decorator(candidate=read_from_db_with_cache)
    def read_from_db(item_id):
         data = {}
         #  fetch data from db
         return data
    

    When you run the above code, calling read_from_db returns its result as usual, but thanks to laboratory, a call to read_from_db_with_cache is made and its execution time and result are compared with the first one. These measurements are logged to a file or sent to your metrics solution for you to compare and study.

    In other words, things continue to work as usual as you keep the original function, but at the same time you experiment with its candidate replacement to make sure switching will not break or slow things down.

    I like the idea ! Thank you for Scientist and Laboratory that are both available under the MIT license.

    https://www.logilab.org/file/10128331/raw/chemistry.png

  • Reduce docker image size with multi-stage builds

    2018/03/21 by Philippe Pepiot

    At logilab we use more and more docker both for test and production purposes.

    For a CubicWeb application I had to write a Dockerfile that does a pip install and compiles javascript code using npm.

    The first version of the Dockerfile was:

    FROM debian:stretch
    RUN apt-get update && apt-get -y install \
        wget gnupg ca-certificates apt-transport-https \
        python-pip python-all-dev libgecode-dev g++
    RUN echo "deb https://deb.nodesource.com/node_9.x stretch main" > /etc/apt/sources.list.d/nodesource.list
    RUN wget https://deb.nodesource.com/gpgkey/nodesource.gpg.key -O - | apt-key add -
    RUN apt-get update && apt-get -y install nodejs
    COPY . /sources
    RUN pip install /sources
    RUN cd /sources/frontend && npm install && npm run build && \
        mv /sources/frontend/bundles /app/bundles/
    # ...
    

    The resulting image size was about 1.3GB which cause issues while uploading it to registries and with the required disk space on production servers.

    So I looked how to reduce this image size. What is important to know about Dockerfile is that each operation result in a new docker layer, so removing useless files at the end will not reduce the image size.

    https://www.logilab.org/file/10128049/raw/docker-multi-stage.png

    The first change was to use debian:stretch-slim as base image instead of debian:stretch, this reduced the image size by 18MB.

    Also by default apt-get would pull a lot of extra optional packages which are "Suggestions" or "Recommends". We can simply disable it globally using:

    RUN echo 'APT::Install-Recommends "0";' >> /etc/apt/apt.conf && \
        echo 'APT::Install-Suggests "0";' >> /etc/apt/apt.conf
    

    This reduced the image size by 166MB.

    Then I looked at the content of the image and see a lot of space used in /root/.pip/cache. By default pip build and cache python packages (as wheels), this can be disabled by adding --no-cache to pip install calls. This reduced the image size by 26MB.

    In the image we also have a full nodejs build toolchain which is useless after the bundles are generated. The old workaround is to install nodejs, build files, remove useless build artifacts (node_modules) and uninstall nodejs in a single RUN operation, but this result in a ugly Dockerfile and will not be an optimal use of the layer cache. Instead we can setup a multi stage build

    The idea behind multi-stage builds is be able to build multiple images within a single Dockerfile (only the latest is tagged) and to copy files from one image to another within the same build using COPY --from= (also we can use a base image in the FROM clause).

    Let's extract the javascript building in a single image:

    FROM debian:stretch-slim as base
    RUN echo 'APT::Install-Recommends "0";' >> /etc/apt/apt.conf && \
        echo 'APT::Install-Suggests "0";' >> /etc/apt/apt.conf
    
    FROM base as node-builder
    RUN apt-get update && apt-get -y install \
        wget gnupg ca-certificates apt-transport-https \
    RUN echo "deb https://deb.nodesource.com/node_9.x stretch main" > /etc/apt/sources.list.d/nodesource.list
    RUN wget https://deb.nodesource.com/gpgkey/nodesource.gpg.key -O - | apt-key add -
    RUN apt-get update && apt-get -y install nodejs
    COPY . /sources
    RUN cd /sources/frontend && npm install && npm run build
    
    FROM base
    RUN apt-get update && apt-get -y install python-pip python-all-dev libgecode-dev g++
    RUN pip install --no-cache /sources
    COPY --from=node-builder /sources/frontend/bundles /app/bundles
    

    This reduced the image size by 252MB

    The Gecode build toolchain is required to build rql with gecode extension (which is a lot faster that native python), my next idea was to build rql as a wheel inside a staging image, so the resulting image would only need the gecode library:

    FROM debian:stretch-slim as base
    RUN echo 'APT::Install-Recommends "0";' >> /etc/apt/apt.conf && \
        echo 'APT::Install-Suggests "0";' >> /etc/apt/apt.conf
    
    FROM base as node-builder
    RUN apt-get update && apt-get -y install \
        wget gnupg ca-certificates apt-transport-https \
    RUN echo "deb https://deb.nodesource.com/node_9.x stretch main" > /etc/apt/sources.list.d/nodesource.list
    RUN wget https://deb.nodesource.com/gpgkey/nodesource.gpg.key -O - | apt-key add -
    RUN apt-get update && apt-get -y install nodejs
    COPY . /sources
    RUN cd /sources/frontend && npm install && npm run build
    
    FROM base as wheel-builder
    RUN apt-get update && apt-get -y install python-pip python-all-dev libgecode-dev g++ python-wheel
    RUN pip wheel --no-cache-dir --no-deps --wheel-dir /wheels rql
    
    FROM base
    RUN apt-get update && apt-get -y install python-pip
    COPY --from=wheel-builder /wheels /wheels
    RUN pip install --no-cache --find-links /wheels /sources
    # a test to be sure that rql is built with gecode extension
    RUN python -c 'import rql.rql_solve'
    COPY --from=node-builder /sources/frontend/bundles /app/bundles
    

    This reduced the image size by 297MB.

    So the final image size goes from 1.3GB to 300MB which is more suitable to use in a production environment.

    Unfortunately I didn't find a way to copy packages from a staging image, install it and remove the package in a single docker layer, a possible workaround is to use an intermediate http server.

    The next step could be to build a Debian package inside a staging image, so the build process would be separated from the Dockerfile and we could provide Debian packages along with the docker image.

    Another approach could be to use Alpine as base image instead of Debian.


  • Meetup Nantes Monitoring - janvier 2018 - netdata & sensu

    2018/01/31 by Arthur Lutz

    En janvier, j'ai fait une présentation interactive sur :

    Le tout en mode "on monte une infra en live/atelier"...

    Les diapos de la présentation sont sur : http://slides.logilab.fr/2018/meetup_monitoring_sensu_netdata.pdf

    https://www.logilab.org/file/10127892/raw/Screenshot%20from%202018-01-31%2009-45-04.png

    Pour les prochaines rencontres, inscrivez vous sur la page du meetup


  • Mon 2ème Hackathon BnF

    2017/11/30 by Adrien Di Mascio

    Et de 2 !

    La semaine reprend tranquillement après ma participation au 2ème hackathon organisé par la BnF. Tout comme pour le premier, il faut tout d'abord saluer une organisation exemplaire de la BnF et la grande disponibilité de ses membres représentés par l'équipe jaune pour aider l'équipe rouge des participants. Quelqu'un a fait une allusion à une célèbre émission de télévision où le dernier survivant gagne… je ne sais pas dans notre cas si c'est un rouge ou un jaune.

    Lors de ce hackathon, j'ai eu le plaisir de retrouver certains de mes coéquipiers de l'an dernier et même si nous étions cette année sur des projets différents, je leur ai donné un petit coup de main sur des requêtes SPARQL dans data.bnf.fr. Peut-être que je pourrai demander un T-shirt mi-jaune mi-rouge l'an prochain ?

    Pour ma part, j'ai intégré, avec une personne des Archives Nationales, une équipe pré-existante (des personnes de la société PMB et de Radio-France qui travaillent déjà ensemble dans le cadre du projet doremus) qui avait envisagé le projet suivant : partir d'une programmation de concert à la Philharmonie de Paris ou Radio-France et découvrir l'environnement des œuvres musicales qui y sont jouées. Pour y aboutir, nous avons choisi de :

    • récupérer la programmation des concerts depuis doremus,
    • récupérer les liens des œuvres de ce concert vers les notices de la BnF lorsqu'ils existent,
    • récupérer des informations sur data.bnf.fr (date de création, style, compositeur, chorégraphe, etc.)
    • récupérer des extraits sonores de Gallica en utilisant l'API SRU,
    • récupérer les extraits des journaux de Gallica qui parlent de l'œuvre en question au moment de sa création,
    • récupérer des informations de wikipedia et IMSLP en utilisant les alignements fournis par data.bnf.fr,
    • récupérer un extrait sonore et une jaquette de CD en utilisant l'API de Deezer à partir des EAN ou des codes ISRC récupérés de data.bnf.fr ou des alignements sur MusicBrainz

    Finalement, rien de trop compliqué pour que ça rentre dans un hackathon de 24h mais comme l'an dernier, tout est allé très vite entre les différents points d'étape devant le jury, les requêtes qui ne marchent pas comme on voudrait, la fatigue et la difficulté à bien répartir le travail entre tous les membres de l'équipe…

    Félicitations à MusiViz qui a remporté l'adhésion du jury ! Je suis pour ma part très heureux des échanges que j'ai eus avec mes coéquipiers et du résultat auquel nous avons abouti. Nous avons plein d'idées pour continuer le projet dont le code se trouve désormais sur http://framagit.org/adimascio/auconcert et un démonstrateur temporaire ici.

    Yapuka continuer…

  • Mercurial Sprint 4.4

    2017/10/10 by Denis Laxalde
    Mercurial

    In late September, I participated on behalf of Logilab to the Mercurial 4.4 sprint that held at Facebook Dublin. It was the opportunity to meet developers of the project, follow active topics and forthcoming plans for Mercurial. Here, I'm essentially summarizing the main points that held my attention.

    Amongst three days of sprint, the first two mostly dedicated to discussions and the last one to writing code. Overall, the organization was pretty smooth thanks to Facebook guys doing a fair amount of preparation. Amongst an attendance of 25 community members, some companies had a significant presence: noticeably Facebook had 10 employees and Google 5, the rest consisting of either unaffiliated people and single-person representing their affiliation. No woman, unfortunately, and a vast majority of people with English as a native or dominant usage language.

    The sprint started by with short talks presenting the state of the Mercurial project. Noticeably, in the state of the community talk, it was recalled that the project governance now holds on the steering committee while some things are still not completely formalized (in particular, the project does not have a code of conduct yet). Quite surprisingly, the committee made no explicit mention of the recurring tensions in the project which recently lead to a banishment of a major contributor.

    Facebook, Google, Mozilla and Unity then presented by turns the state of Mercurial usages in their organization. Both Facebook and Google have a significant set of tools around hg, most of them either aiming at making the user experience more smooth with respect to performance problems coming from their monorepos or towards GUI tools. Other than that, it's interesting to note most of these corporate users have now integrated evolve on the user side, either as is or with a convenience wrapper layer.

    After that, followed several "vision statements" presentations combined with breakout sessions. (Just presenting a partial selection.)

    The first statement was about streamlining the style of the code base: that one was fairly consensual as most people agreed upon the fact that something has to be done in this respect; it was finally decided (on the second day) to adopt a PEP-like process. Let's see how things evolve!

    Second, Boris Feld and I talked about the development of the evolve extension and the ongoing task about moving it into Mercurial core (slides). We talked about new usages and workflows around the changeset evolution concept and the topics concept. Despite the recent tensions on this technical topic in the community, we tried to feel positive and reaffirmed that the whole community has interests in moving evolve into core. On the same track, in another vision statement, Facebook presented their restack workflow (sort of evolve for "simple" cases) and suggested to push this into core: this is encouraging as it means that evolve-like workflows tend to get mainstream.

    Rust

    Another interesting vision statement was about using Rust in Mercurial. Most people agreed that Mercurial would benefit from porting its native C code in Rust, essentially for security reasons and hopefully to gain a bit of performance and maintainability. More radical ideas were also proposed such as making the hg executable a Rust program (thus embedding a Python interpreter along with its standard library) or reimplementing commands in Rust (which would pose problems with respect to the Python extension system). Later on, Facebook presented mononoke, a promising Mercurial server implemented in Rust that is expected to scale better with respect to high committing rates.

    Back to a community subject, we discussed about code review and related tooling. It was first recalled that the project would benefit from more reviewers, including people without a committer status. Then the discussion essentially focused on the Phabricator experiment that started in July. Introduction of a web-based review tool in Mercurial was arguably a surprise for the community at large since many reviewers and long-time contributors have always expressed a clear preference over email-based review. This experiment is apparently meant to lower the contribution barrier so it's nice to see the project moving forward on this topic and attempt to favor diversity by contribution. On the other hand, the choice of Phabricator was quite controversial. From the beginning (see replies to the announcement email linked above), several people expressed concerns (about notifications notably) and some reviewers also complained about the increase of review load and loss of efficiency induced by the new system. A survey recently addressed to the whole community apparently (no official report yet at the time of this writing) confirms that most employees from Facebook or Google seem pretty happy with the experiment while other community members generally dislike it. Despite that, it was decided to keep the "experiment" going while trying to improve the notification system (better threading support, more diff context, subscription-based notification, etc.). That may work, but there's a risk of community split as non-corporate members might feel left aside. Overall, adopting a consensus-based decision model on such important aspects would be beneficial.

    Yet another interesting discussion took place around branching models. Noticeably, Facebook and Google people presented their recommended (internal) workflow respectively based on remotenames and local bookmarks while Pulkit Goyal presented the current state to the topics extension and associated workflows. Bridging the gap between all these approaches would be nice and it seems that a first step would be to agree upon the definition of a stack of changesets to define a current line of work. In particular, both the topics extension and the show command have their own definition, which should be aligned.

    (Comments on reddit.)


  • Better code archaeology with Mercurial

    2017/09/21 by Denis Laxalde

    For about a year, Logilab has been involved in Mercurial development in the framework of a Mozilla Open Source Support (MOSS) program. Mercurial is a foundational technology for Mozilla, as the VCS used for the development of Firefox. As the main protagonist of the program, I'd first like to mention this has been a very nice experience for me, both from the social and technical perspectives. I've learned a lot and hope to continue working on this nice piece of software.

    The general objective of the program was to improve "code archaeology" workflows, especially when using hgweb (the web UI for Mercurial). Outcomes of program spread from versions 4.1 to 4.4 of Mercurial and I'm going to present the main (new) features in this post.

    Better navigation in "blame/annotate" view (hgweb)

    The first feature concerns the "annotate" view in hgweb; the idea was to improve navigation along "blamed" revisions, a process that is often tedious and involves a lot of clicks in the web UI (not easier from the CLI, for that matter). Basically, we added an hover box on the left side of file content displaying more context on blamed revision along with a couple of links to make navigation easier (links to parent changesets, diff and changeset views). See below for an example about mercurial.error module (to try it at https://www.mercurial-scm.org/repo/hg/annotate/4.3/mercurial/error.py)

    The hover box in annotate view in hgweb.

    Followlines

    While this wasn't exactly in the initial scope of the program, the most interesting result of my work is arguably the introduction of the "followlines" feature set. The idea is to build upon the log command instead of annotate to make it easier to follow changes across revisions and the new thing is to make this possible by filtering changes only affecting a block of lines in a particular file.

    The first component introduced a revset, named followlines, which accepts at least two arguments a file path and a line range written as fromline:toline (following Python slice syntax). For instance, say we are interested the history of LookupError class in mercurial/error.py module which, at tag 4.3, lives between line 43 and 59, we'll use the revset as follows:

    $ hg log -r 'followlines(mercurial/error.py, 43:59)'
    changeset:   7633:08cabecfa8a8
    user:        Matt Mackall <mpm@selenic.com>
    date:        Sun Jan 11 22:48:28 2009 -0600
    summary:     errors: move revlog errors
    
    changeset:   24038:10d02cd18604
    user:        Martin von Zweigbergk <martinvonz@google.com>
    date:        Wed Feb 04 13:57:35 2015 -0800
    summary:     error: store filename and message on LookupError for later
    
    changeset:   24137:dcfdfd63bde4
    user:        Siddharth Agarwal <sid0@fb.com>
    date:        Wed Feb 18 16:45:16 2015 -0800
    summary:     error.LookupError: rename 'message' property to something
    else
    
    changeset:   25945:147bd9e238a1
    user:        Gregory Szorc <gregory.szorc@gmail.com>
    date:        Sat Aug 08 19:09:09 2015 -0700
    summary:     error: use absolute_import
    
    changeset:   34016:6df193b5c437
    user:        Yuya Nishihara <yuya@tcha.org>
    date:        Thu Jun 01 22:43:24 2017 +0900
    summary:     py3: implement __bytes__() on most of our exception classes
    

    This only yielded changesets touching this class.

    This is not an exact science (because the algorithm works on diff hunks), but in many situations it gives interesting results way faster that with an iterative "annotate" process (in which one has to step from revision to revision and run annotate every times).

    The followlines() predicate accepts other arguments, in particular, descend which, in combination with the startrev, lets you walk the history of a block of lines in the descending direction of history. Below the detailed help (hg help revset.followlines) of this revset:

    $ hg help revsets.followlines
        "followlines(file, fromline:toline[, startrev=., descend=False])"
          Changesets modifying 'file' in line range ('fromline', 'toline').
    
          Line range corresponds to 'file' content at 'startrev' and should hence
          be consistent with file size. If startrev is not specified, working
          directory's parent is used.
    
          By default, ancestors of 'startrev' are returned. If 'descend' is True,
          descendants of 'startrev' are returned though renames are (currently)
          not followed in this direction.
    

    In hgweb

    The second milestone of the program was to port this followlines filtering feature into hgweb. This has been implemented as a line selection mechanism (using mouse) reachable from both the file and annotate views. There, you'll see a small green ± icon close to the line number. By clicking on this icon, you start the line selection process which can be completed by clicking on a similar icon on another line of the file.

    Starting a line selection for followlines in hgweb.

    After that, you'll see a box inviting you to follow the history of lines <selected range> , either in the ascending (older) or descending (newer) direction.

    Line selection completed for followlines in hgweb.

    Here clicking on the "newer" link, we get:

    Followlines result in hgweb.

    As you can notice, this gives a similar result as with the command line but it also displays the patch of each changeset. In these patch blocks, only the diff hunks affecting selected line range are displayed (sometimes with some extra context).

    What's next?

    At this point, the "followlines" feature is probably complete as far as hgweb is concerned. In the remainder of the MOSS program, I'd like to focus on a command-line interface producing a similar output as the one above in hgweb, i.e. filtering patches to only show followed lines. That would take the form of a --followlines/-L option to hg log command, e.g.:

    $ hg log -L mercurial/error.py,43:59 -p
    

    That's something I'd like to tackle at the upcoming Mercurial 4.4 sprint in Dublin!


  • Linkdump suite au Meetup Docker Nantes sur OpenShift

    2017/06/28 by Arthur Lutz

    La Poste nous a fait un retour d’expérience sur la mise en place et l'adoption de OpenShift ainsi que les pratiques associées.

    Affiche Docker Meetup - OpenShift

    À défaut de faire un compte rendu, voici (en vrac) quelques liens collectés pendant la présentation :

    Merci aux organisateurs et à Guillaume et Pascal pour leur présentation. Merci à Epitech pour l’accueil, et Seyos et Zenika pour le moment de convivialité après la présentation.


  • Logilab présent à pgDay Toulouse

    2017/06/16 by Philippe Pepiot

    Le 8 juin 2017 nous avons assisté à pgDay, le moment de rencontre et de conférences de la communauté PostgreSQL francophone, qui s'est déroulée au campus de Météo France à Toulouse.

    https://www.logilab.org/file/10126216/raw/logo_pgfr_sans_900_400x400.png

    Partitionement

    Gilles Darold nous a fait un tour d'horizon des solutions de partitionnement, de la méthode manuelle avec des triggers et d'héritage de table en passant par l'extension pg_partman jusqu'au partitionnement déclaratif de la future version 10 avec la syntaxe PARTITION OF

    Le partitionnement permet de gérer plus facilement la maintenance et les performances de tables avec beaucoup d'enregistrements.

    Transaction autonomes

    Le même Gilles Darold nous a parlé des transactions autonomes c'est-à-dire des transactions qui s'exécutent dans une transaction parente et qui peut être validée ou annulée indépendamment de celle-ci, ce qui peut être utile pour enregistrer des événements.

    PostgreSQL buffers

    Vik Fearing nous a expliqué le fonctionnement et l'interaction des différents tampons mémoire dans PostgreSQL.

    Les pages sont chargées du disque vers les shared_buffers, qui sont partagés par toutes les connexions, et ont un usageCount entre un et cinq qui est incrémenté à chaque fois qu'elle est accédée. Lorsqu'une nouvelle page doit être chargée, un mécanisme de clock-sweep boucle sur le cache et décrémente l'usageCount et quand il vaut zéro la page est remplacée par la nouvelle. Ainsi pour une page avec un usageCount à cinq, il faudra au moins cinq tours des shared_buffers par le clock-sweep avant quelle ne soit remplacée.

    En cas d'un accès à une grosse table pour ne pas vider tout le cache, PostgreSQL utilise un tampon circulaire (ou ring buffer) limité en taille pour cette table.

    Les tables temporaires utilisent un tampon dédié, le temp_buffers.

    Quand une page est modifiée, elle l'est d'abord dans les wal buffers qui sont écrits sur disque lors du commit par le processus wal writer.

    Le writer process parcoure les shared_buffers tout les bgwriter_delay (200ms) et écrit sur disque un certain nombre de pages qui ont été modifiées, ce nombre est contrôlé par les paramètres bgwriter_lru_maxpages et bgwriter_lru_multiplier.

    Des checkpoint s'exécutent aussi tout les checkpoint_timeout ou plus fréquemment quand la taille des wals dépasse la valeur du paramètre max_wal_size. Lors d'un checkpoint on cherche des pages à écrire (ou dirty pages) et on les trie pour éviter les écritures aléatoires sur le disque. Le paramètre checkpoint_completion_target permet d'étaler la vitesse d'écriture entre deux checkpoint. Idéalement on veut qu'ils se déclenchent toujours par timeout et que l'écriture soit la plus étalée pour avoir des performances de lecture et d'écriture constantes.

    Pour déboguer l'utilisation des buffers et les I/O disques il y a la table pg_stat_bgwriter, l'extension pg_buffercache, et le paramètre track_io_timing à utiliser avec EXPLAIN (ANALYZE, BUFFERS).

    Les pires pratiques PostgreSQL

    Thomas Reiss et Philippe Beaudoin nous ont présenté quelques unes des plus mauvaises pratiques avec PostgreSQL, notamment de celle répandue du manque ou d'excès d'index. À ce sujet Dalibo a développé l'outil PoWA qui analyse l'activité d'une base et fait des suggestions d'index. Attention aussi à la tentation de (trop) destructurer les données, PostgreSQL possède de nombreux types qui offrent une garantie forte sur la consistance des données et de nombreuses opérations dessus, par exemple les types ranges.

    La communauté des développeurs de PostgreSQL

    Daniel Vérité nous a fait un historique de Ingres puis Postgres, et enfin PostgreSQL avant de nous montrer des statistiques sur les commits et la liste de diffusion utilisée pour le développement de PostgreSQL

    Les éléphants mangent-ils des cubes ?

    Cédric Villemain nous a parlé des fonctionnalités de PostgreSQL pour des requêtes de type OLAP. L'implémentation de TABLESAMPLE qui permet de faire des requêtes sur un échantillon aléatoire d'une table. Le paramètre default_statistic_target et la nouvelle commande de la version 10 CREATE STATISTICS qui permettent d'obtenir de meilleurs statistiques sur la distribution de la table et donc d'avoir de meilleurs plans d'exécution.

    Aussi depuis la version 9.4, la syntaxe GROUP BY ROLLUP permet de faire des agrégats sur plusieurs GROUP BY dans une seule requête. Auparavant il fallait faire plusieurs UNION pour obtenir le même résultat.

    À noter aussi l'utilisation d'index BRIN et BLOOM.

    Comment fonctionne la recherche plein texte ?

    Adrien Nayrat nous a présenté les fonctions de recherche plein texte dans PostgreSQL et le moyen de l'améliorer en créant ses propres configurations et dictionnaires de mots, ainsi qu'à la rendre plus performante avec les index GIN et GIST.

    GeoDataScience

    Olivier Courtin nous a montré avec un exemple concret comment PostgreSQL pouvait être un environnement idéal pour la géomatique et le machine learning avec les extensions PostGIS, ainsi que plpythonu utilisé pour exécuter du code python directement sur le serveur PostgreSQL. L'extension dédiée crankshaft propose des API basées sur scipy et scikit-learn et peut être appelée via des procédures SQL.

    https://www.logilab.org/file/10126217/raw/freefall.gif

  • Compte rendu Nantes Monitoring mai 2017

    2017/05/11 by Arthur Lutz

    Voici un compte rendu du Meetup Nantes Monitoring de mai 2017

    Présente ta stack

    Léo / Matlo

    Léo de Matlo nous a présenté son utilisation de prometheus https://prometheus.io/ . Matlo a commencé à migrer vers une solution SASS (monitoring as a service) chez https://bleemeo.com/ (entreprise Toulousaine). La stack de bleemeo est décrite sur stackshare: https://stackshare.io/bleemeo/bleemeo. L'agent de bleemeo est publié en logiciel libre https://github.com/bleemeo/bleemeo-agent et repose sur telegraf https://github.com/influxdata/telegraf . Bleemeo semble utiliser MQTT-SSL pour remonter les métriques permettant ainsi un usage raisonnable des connexions réseau (cf diagramme https://bleemeo.com/features/).

    https://bleemeo.com/images/bleemeo_agent.png

    Emeric / OasisWork

    Emeric de OasisWork nous a présenté leur utilisation de sensu https://sensuapp.org/ qui permet d'avoir une architecture en mode "push". La configuration se fait par "rôles" coté serveur, simplifiant la configuration des agents. Des plugins sont utilisables pour les checks https://sensuapp.org/plugins et Oasiswork a contribué à ces plugins (https://github.com/oasiswork/sensu-community-plugins/) et en a écrit en python (habituellement c'est en ruby principalement). Sensu a la particularité d'utiliser dans son architecture RabbitMQ pour le transport https://sensuapp.org/docs/latest/overview/architecture.html. Pour la visualisation l'interface web libre de sensu est utilisée : uchiwa.

    https://uchiwa.io/img/browser.png

    Arthur / Logilab

    J'ai fait un bref exposé de nos briques de supervision/monitoring à Logilab. Du munin, du shinken, du statsd, graphite, graphite events, grafana, et en particulier la génération de ces configuration (coté serveur et client) par Saltstack. Nous utilisons aussi salt pour remonter des métriques en utilisant son bus de communication zmq à l'échelle de notre infrastructure, permettant par conséquent de re-développer des équivalents de smokeping et weathermap avec salt, carbon, graphite et grafana. Pour plus de détails sur ce type d'architecture voir les épisodes précédents (, ici, et aussi, et là).

    https://www.logilab.org/file/10125980/raw/architecture.png

    Quels outils choisir pour son monitoring ?

    Exercice difficile, nous avons listé les produits connus par les participants puis un certain nombres de critères de choix, et puis nous avons rempli (partiellement) un tableau en discutant de chaque point.

    Produits

    • nagios
    • shinken
    • icinga
    • sensu
    • prometheus
    • ELK
    • packet beats
    • file beats
    • zabbix
    • centreon
    • check-mk
    • ganglia
    • statsd
    • graphite
    • influxdb
    • telegraf
    • cadvisor
    • graylog
    • rsyslog
    • splunk
    • thruk
    • collectd
    • metrics(java)
    • logentries
    • datadog
    • bleemeo
    • prtg
    • munin
    • smokeping
    • fluentd
    • dynatrace
    • OMD

    (liste non-exhaustive, forcément... )

    Critères

    • language
    • prix
    • age
    • maintenu
    • communauté
    • scalable
    • facilité de mise en place (pkgs, devops, etc.)
    • champs d'application
    • push / pull architecture
    • configuration - format
    • configuration - serveur/agent
    • open core
    • securité
    • IOT ready
    • modularité / plugins
    • interface utilisateur (UX, interface web, etc.)
    • alertes
    • developpement de sondes

    Début de tableau

    Bien evidemment, nous n'avons pas rempli la totalité du tableau, mais les échanges ont été riches d'enseignements. Voici un apercu (flou) du tableau élaboré collectivement.

    https://www.logilab.org/file/10125977/raw/2017-05-09%2021.16.15.jpg

    Fin

    En fin de meetup nous avons parlé des conférences devoxx publiés récemment https://www.youtube.com/channel/UCsVPQfo5RZErDL41LoWvk0A et des contenus sur le monitoring et l'aggrégation de logs, notamment le projet cerebro de voyage-sncf : https://github.com/voyages-sncf-technologies/cerebro


  • A non-numeric Pandas example with Geonames

    2017/02/20 by Yann Voté

    The aim of this 2-parts blog post is to show some useful, yet not very complicated, features of the Pandas Python library that are not found in most (numeric oriented) tutorials.

    We will illustrate these techniques with Geonames data : extract useful data from the Geonames dump, transform it, and load it into another file. There is no numeric computation involved here, nor statictics. We will prove that pandas can be used in a wide range of cases beyond numerical analysis.

    While the first part was an introduction to Geonames data, this second part contains the real work with Pandas. Please read part 1 if you are not familiar with Geonames data.

    The project

    The goal is to read Geonames data, from allCountries.txt and alternateNames.txt files, combine them, and produce a new CSV file with the following columns:

    • gid, the Geonames id,
    • frname, French name when available,
    • gname, Geonames main name,
    • fclass, feature class,
    • fcode, feature code,
    • parent_gid, Geonames id of the parent location,
    • lat, latitude,
    • lng, longitude.

    Also we don't want to use too much RAM during the process. 1 GB is a maximum.

    You may think that this new CSV file is a low-level objective, not very interesting. But it can be a step into a larger process. For example one can build a local Geonames database that can then be used by tools like Elastic Search or Solr to provide easy searching and auto-completion in French.

    Another interesting feature is provided by the parent_gid column. One can use this column to build a tree of locations, or a SKOS thesaurus of concepts.

    The method

    Before diving into technical details, let us first look at the big picture, the overall process to achieve the aforementioned goal.

    Considering the wanted columns, we can see the following differences with allCountries.txt:

    • we are not interested in some original columns (population, elevation, ...),
    • the column frname is new and will come from alternateNames.txt, thanks to the Geonames id,
    • the column parent_gid is new too. We must derive this information from the adminX_code (X=1, 2, 3, 4) columns in allCountries.txt.

    This column deserves an example. Look at Arrondissement de toulouse.

    feature_code: ADM3, country_code: FR, admin1_code: 76, admin2_code: 31, admin3_code: 313
    

    To find its parent, we must look at a place with the following properties,

    feature_code: ADM2, country_code: FR, admin1_code: 76, admin2_code: 31
    

    and there is only one place with such properties, Geonames id 3,013,767, namely Département de la Haute-Garonne. Thus we must find a way to derive the Geonames id from the feature_code, country_code and adminX_code columns. Pandas will make this easy for us.


    Let's get to work. And of course, we must first import the Pandas library to make it available. We also import the csv module because we will need it to perform basic operations on CSV files.

    >>> import pandas as pd
    >>> import csv
    

    The French names step

    Loading file

    We begin by loading data from the alternateNames.txt file.

    And indeed, that's a big file. To save memory we won't load the whole file. Recall from previous part, that the alternateNames.txt file provides the following columns in order.

    alternateNameId   : the id of this alternate name, int
    geonameid         : geonameId referring to id in table 'geoname', int
    isolanguage       : iso 639 language code 2- or 3-characters; (...)
    alternate name    : alternate name or name variant, varchar(400)
    isPreferredName   : '1', if this alternate name is an official/preferred name
    isShortName       : '1', if this is a short name like 'California' for 'State of California'
    isColloquial      : '1', if this alternate name is a colloquial or slang term
    isHistoric        : '1', if this alternate name is historic and was used in the pastq
    

    For our purpose we are only interested in columns geonameid (so that we can find corresponding place in allCountries.txt file), isolanguage (so that we can keep only French names), alternate name (of course), and isPreferredName (because we want to keep preferred names when possible).

    Another way to save memory is to filter the file before loading it. Indeed, it's a better practice to load a smaller dataset (filter before loading) than to load a big one and then filter it after loading. It's important to keep those things in mind when you are working with large datasets. So in our case, it is cleaner (but slower) to prepare the CSV file before, keeping only French names.

    >>> # After restarting Python
    >>> with open('alternateNames.txt') as f:
    ...     reader = csv.reader(f, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE)
    ...     with open('frAltNames.txt', 'w') as g:
    ...         writer = csv.writer(g, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
    ...                             escapechar='\\')
    ...         for row in reader:
    ...             if row[2] == u'fr':
    ...                 writer.writerow(row)
    

    To load a CSV file, Pandas provides the read_csv function. It returns a dataframe populated with data from a CSV file.

    >>> with open('frAltNames.txt') as altf:
    ...     frnames = pd.read_csv(
    ...         altf, encoding='utf-8',
    ...         sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
    ...         header=None, usecols=(1, 3, 4), index_col=0,
    ...         names=('gid', 'frname', 'pref'),
    ...         dtype={'gid': 'uint32', 'frname': str, 'pref': 'bool_'},
    ...         true_values=['1'], false_values=[u''], na_filter=False,
    ...         skipinitialspace=True, error_bad_lines=False
    ...     )
    ...
    

    The read_csv function is quite complex and it takes some time to use it rightly. In our cases, the first few parameters are self-explanatory: encoding for the file encoding, sep for the CSV separator, quoting for the quoting protocol (here there is none), and header for lines to be considered as label lines (here there is none).

    usecols tells pandas to load only the specified columns. Beware that indices start at 0, so column 1 is the second column in the file (geonameid in this case).

    index_col says to use one of the columns as a row index (instead of creating a new index from scratch). Note that the number for index_col is relative to usecols. In other words, 0 means the first column of usecols, not the first column of the file.

    names gives labels for columns (instead of using integers from 0). Hence we can extract the last column with frnames['pref'] (instead of frnames[3]). Please note, that this parameter is not compatible with headers=0 for example (in that case, the first line is used to label columns).

    The dtype parameter is interesting. It allows you to specify one type per column. When possible, prefer to use NumPy types to save memory (eg np.uint32, np.bool_).

    Since we want boolean values for the pref column, we can tell Pandas to convert '1' strings to True and empty strings ('') to False. That is the point of using parameters true_values and false_values.

    But, by default, Pandas detect empty strings and affect them np.nan (NaN means not a number). To prevent this behavior, setting na_filter to False will leave empty strings as empty strings. Thus, empty strings in the pref column will be converted to False (thanks to the false_values parameter and to the 'bool_' data type).

    Finally, skipinitialspace tells Pandas to left-strip strings to remove leading spaces. Without it, a line like a, b (commas-separated) would give values 'a' and ' b' (note leading space before b).

    And lastly, error_bad_lines make pandas ignore lines he cannot understand (eg. wrong number of columns). The default behavior is to raise an exception.

    There are many more parameters to this function, which is much more powerful than the simple reader object from the csv module. Please, refer to the documentation at http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/pandas.read_csv.html for a full list of options. For example, the header parameter can accept a list of integers, like [1, 3, 4], saying that lines at position 1, 3 and 4 are label lines.

    >>> frnames.info(memory_usage='deep')
    <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
    Int64Index: 55684 entries, 18918 to 11441793
    Data columns (total 2 columns):
    frname     55684 non-null object
    pref       55684 non-null bool
    dtypes: bool(1), object(1)
    memory usage: 6.6 MB
    

    We can see here that our dataframe contains 55,684 entries and that it takes about 6.6 MB in memory.

    Let's look at entry number 3,013,767 for the Haute-Garonne department.

    >>> frnames.loc[3013767]
                                     frname    pref
    gid
    3013767  Département de la Haute-Garonne  False
    3013767                    Haute-Garonne   True
    

    Removing duplicated indices

    There is one last thing to do with the frnames dataframe: make its row indices uniques. Indeed, we can see from the previous example that there are two entries for the Haute-Garonne department. We need to keep only one, and, when possible, the preferred form (when the pref column is True).

    This is not always possible: we can see at the beginning of the dataframe (use the head method) that there is no preferred French name for Rwanda.

    >>> frnames.head()
                         frname   pref
    gid
    18918              Protaras   True
    49518  République du Rwanda  False
    49518                Rwanda  False
    50360       Woqooyi Galbeed  False
    51230              Togdheer  False
    

    In such a case, we will take one of the two lines at random. Maybe a clever rule to decide which one to keep would be useful (like involving other columns), but for the purpose of this tutorial it does not matter which one is kept.

    Back to our problem, how to make indices uniques ? Pandas provides the duplicated method on Index objects. This method returns a boolean NumPy 1d-array (a vector), the size of which is the number of entries. So, since our dataframe has 55,684 entries, the length of the returned vector is 55,684.

    >>> dups_idx = frnames.index.duplicated()
    >>> dups_idx
    array([False, False,  True, ..., False, False, False], dtype=bool)
    >>> len(dups_idx)
    55684
    

    The meaning is simple: when you encounter True, it means that the index at this position is a duplicate of a previously encountered index. For example, we can see that the third value in dups_idx is True. And indeed, the third line of frnames has an index (49,518) which is a duplicate of the second line.

    So duplicated is meant to mark as True duplicated indices and to keep only the first one (there is an optional parameter to change this: read the doc). How do we make sure that the first entry is the preferred entry ? Sorting the dataframe of course! We can sort a table by a column (or by a list of columns), using the sort_values method. We give ascending=False because True > False (that's a philosophical question!), and inplace=True to sort the dataframe in place, thus we do not create a copy (still thinking about memory usage).

    >>> frnames.sort_values('pref', ascending=False, inplace=True)
    >>> frnames.head()
                                   frname  pref
    gid
    18918                        Protaras  True
    8029850  Hôtel de ville de Copenhague  True
    8127417                        Kalmar  True
    8127361                     Sundsvall  True
    8127291                        Örebro  True
    >>> frnames.loc[3013767]
                                      frname   pref
    gid
    3013767                    Haute-Garonne   True
    3013767  Département de la Haute-Garonne  False
    

    Great! All preferred names are now first in the dataframe. We can then use the duplicated index method to filter out duplicated entries.

    >>> frnames = frnames[~(frnames.index.duplicated())]
    >>> frnames.loc[3013767]
    frname     Haute-Garonne
    pref                True
    Name: 3013767, dtype: object
    >>> frnames.loc[49518]
    frname     Rwanda
    pref        False
    Name: 49518, dtype: object
    >>> frnames.info(memory_usage='deep')
    <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
    Int64Index: 49047 entries, 18918 to 11441793
    Data columns (total 2 columns):
    frname     49047 non-null object
    pref       49047 non-null bool
    dtypes: bool(1), object(1)
    memory usage: 5.7 MB
    

    We end up with 49,047 French names. Notice the ~ in the filter expression ? That's because we want to keep the first entry for each duplicated index, and the first entry is False in the vector returned by duplicated.

    Summary for the french names step

    One last thing to do is to remove the pref column which won't be used anymore. We already know how to do it.

    >>> frnames.drop('pref', axis=1, inplace=True)
    

    There has been a lot of talking until now. But if we summarize, very few commands where needed to obtain this table with only two columns (gid and frname):

    1. Prepare a smaller file so there is less data to load (keep only french names).

      with open('alternateNames.txt') as f:
          reader = csv.reader(f, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE)
          with open('frAltNames.txt', 'w') as g:
              writer = csv.writer(g, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
                                  escapechar='\\')
              for row in reader:
                  if row[2] == u'fr':
                      writer.writerow(row)
      
    2. Load the file into Pandas.

      with open('frAltNames.txt') as altf:
          frnames = pd.read_csv(
              altf, encoding='utf-8',
              sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
              header=None, usecols=(1, 3, 4), index_col=0,
              names=('gid', 'frname', 'pref'),
              dtype={'gid': 'uint32', 'frname': str, 'pref': 'bool_'},
              true_values=['1'], false_values=[u''], na_filter=False,
              skipinitialspace=True, error_bad_lines=False
          )
      
    3. Sort on the pref column and remove duplicated indices.

      frnames.sort_values('pref', ascending=False, inplace=True)
      frnames = frnames[~(frnames.index.duplicated())]
      
    4. Remove the pref column.

      frnames.drop('pref', axis=1, inplace=True)
      

    Simple, isn't it ? We'll keep this dataframe for later use. Pandas will make it a breeze to merge it with the main dataframe coming from allCountries.txt to create the new frname column.

    The administrative tree step

    But for now, let's look at the second problem: how to derive a gid from a feature_code, a country_code, and a bunch of adminX_code (X=1, 2, 3, 4).

    Loading file

    First we need the administrative part of the file allCountries.txt, that is all places with the A feature class.

    Of course we can load the whole file into Pandas and then filter to keep only A-class entries, but now you know that this is memory intensive (and this file is much bigger than alternateNames.txt). So we'll be more clever and first prepare a smaller file.

    >>> with open('allCountries.txt') as f:
    ...     reader = csv.reader(f, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE)
    ...     with open('adm_geonames.txt', 'w') as g:
    ...         writer = csv.writer(g, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE, escapechar='\\')
    ...         for row in reader:
    ...             if row[6] == 'A':
    ...                 writer.writerow(row)
    

    Now we load this file into pandas. Remembering our goal, the resulting dataframe will only be used to compute gid from the code columns. So all columns we need are geonameid, feature_code, country_code, admin1_code, admin2_code, admin3_code, and admin4_code.

    What about data types. All these columns are strings except for geonameid which is an integer. Since it will be painful to type <colname>: str for the dtype parameter dictionary, let's use the fromkeys constructor instead.

    >>> d_types = dict.fromkeys(['fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3',
    ...                          'code4'], str)
    >>> d_types['gid'] = 'uint32'  # Shorter geonameid in gid
    

    We can now load the file.

    >>> with open('adm_geonames.txt') as admf:
    ...     admgids = pd.read_csv(
    ...         admf, encoding='utf-8',
    ...         sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
    ...         header=None, usecols=(0, 7, 8, 10, 11, 12, 13),
    ...         names=('gid', 'fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'),
    ...         dtype=d_types, na_values='', keep_default_na=False,
    ...         error_bad_lines=False
    ...     )
    

    We recognize most parameters in this instruction. Notice that we didn't use index_col=0: gid is now a normal column, not an index, and Pandas will generate automatically a row index with integers starting at 0.

    Two new parameters are na_values and keep_default_na. The first one gives Pandas additional strings to be considerer as NaN (Not a Number). The astute reader would say that empty strings ('') are already considered by Pandas as NaN, and he would be right.

    But here comes the second parameter which, if set to False, tells Pandas to forget about its default list of strings recognized as NaN. The default list contains a bunch of strings like 'N/A' or '#NA' or, this is interesting, simply 'NA'. But 'NA' is used in allCountries.txt as country code for Namibia. If we keep the default list, this whole country will be ignored. So the combination of these two parameters tells Pandas to:

    • reset its default list of NaN strings,
    • use '' as a NaN string, which, consequently, will be the only one.

    That's it for NaN. What can Pandas tells us about our dataframe ?

    >>> admgids.info(memory_usage='deep')
    <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
    RangeIndex: 369277 entries, 0 to 369276
    Data columns (total 7 columns):
    gid      369277 non-null uint32
    fcode    369273 non-null object
    code0    369272 non-null object
    code1    369197 non-null object
    code2    288494 non-null object
    code3    215908 non-null object
    code4    164899 non-null object
    dtypes: object(6), uint32(1)
    memory usage: 128.8 MB
    

    Note the RangeIndex which Pandas has created for us. The dataframe takes about 130 MB of memory because it has a lots of object columns. Apart from that, everything looks good.

    Replacing values

    One thing we want to do before going on, is to replace all 'PCL<X>' values in the fcode column with just PCL. This will make our life easier later when searching in this dataframe.

    >>> pd.unique(admgids.fcode)
    array([u'ADMD', u'ADM1', u'PCLI', u'ADM2', u'ADM3', u'ADM2H', u'PCLD',
           u'ADM4', u'ZN', u'ADM1H', u'PCLH', u'TERR', u'ADM3H', u'PRSH',
           u'PCLIX', u'ADM5', u'ADMDH', nan, u'PCLS', u'LTER', u'ADM4H',
           u'ZNB', u'PCLF', u'PCL'], dtype=object)
    

    Pandas provides the replace method for that.

    >>> admgids.replace({'fcode': {r'PCL[A-Z]{1,2}': 'PCL'}}, regex=True, inplace=True)
    >>> pd.unique(admgids.fcode)
    array([u'ADMD', u'ADM1', u'PCL', u'ADM2', u'ADM3', u'ADM2H', u'ADM4',
           u'ZN', u'ADM1H', u'TERR', u'ADM3H', u'PRSH', u'ADM5', u'ADMDH', nan,
           u'LTER', u'ADM4H', u'ZNB'], dtype=object)
    

    The replace method has lot of different signatures, refer to the Pandas documentation for a comprehensive description. Here, with the dictionary, we hare saying to look only in column fcode, and in this column, replace strings matching the regular expression with the given value. Since we are using regular expressions, the regex parameter must be set to True.

    And as usual, the inplace parameter avoids creation of a copy.

    Multi-indexing

    Remember the goal: we want to be able to get the gid from the others columns. Well, dear reader, you'll be happy to know that Pandas allows an index to be composite, to be composed of multiple columns, what Pandas calls a MultiIndex.

    To put it simply, a multi-index is useful when you have hierarchical indices Consider for example the following table.

    lvl1 lvl2 N S
    A AA 11 1x1
    A AB 12 1x2
    B BA 21 2x1
    B BB 22 2x2
    B BC 33 3x3

    If we were to load such a table in a Pandas dataframe df (exercise: do it), we would be able to use it as follows.

    >>> df.loc['A']
         N    S
    AA  11  1x1
    AB  12  1x2
    >>> df.loc['B']
         N    S
    BA  21  2x1
    BB  22  2x2
    BC  23  2x3
    >>> df.loc[('A',), 'S']
    AA    1x1
    AB    1x2
    Name: S, dtype: object
    >>> df.loc[('A', 'AB'), 'S']
    '1x2'
    >>> df.loc['B', 'BB']
    N     22
    S    2x2
    Name: (B, BB), dtype: object
    >>> df.loc[('B', 'BB')]
    N     22
    S    2x2
    Name: (B, BB), dtype: object
    

    So, basically, we can query the multi-index using tuples (and we can omit tuples if column indexing is not involved). But must importantly we can query a multi-index partially: df.loc['A'] returns a sub-dataframe with one level of index gone.

    Back to our subject, we clearly have hierarchical information in our code columns: the country code, then the admin1 code, then the admin2 code, and so on. Moreover, we can put the feature code at the top. But how to do that ?

    It can't be more simpler. The main issue is to find the correct method: set_index.

    >>> admgids.set_index(['fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'],
    ...                    inplace=True)
    >>> admgids.info(memory_usage='deep')
    <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
    MultiIndex: 369277 entries, (ADMD, AD, 00, nan, nan, nan) to (PCLH, nan, nan, nan, nan, nan)
    Data columns (total 1 columns):
    gid      369277 non-null uint32
    dtypes: uint32(1)
    memory usage: 21.9 MB
    >>> admgids.head()
                                             gid
    fcode code0 code1 code2 code3 code4
    ADMD  AD    00    NaN   NaN   NaN    3038817
                                  NaN    3039039
    ADM1  AD    06    NaN   NaN   NaN    3039162
                05    NaN   NaN   NaN    3039676
                04    NaN   NaN   NaN    3040131
    

    That's not really it, because Pandas has kept the original dataframe order, so multi-index is all messed up. No problem, there is the sort_index method.

    >>> admgids.sort_index(inplace=True)
    >>> admgids.info(memory_usage='deep')
    <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
    MultiIndex: 369277 entries, (nan, CA, 10, 02, 94235, nan) to (ZNB, SY, 00, nan, nan, nan)
    Data columns (total 1 columns):
    gid      369277 non-null uint32
    dtypes: uint32(1)
    memory usage: 21.9 MB
    >>> admgids.head()
                                             gid
    fcode code0 code1 code2 code3 code4
    NaN   CA    10    02    94235 NaN    6544163
          CN    NaN   NaN   NaN   NaN    6255000
          CY    04    NaN   NaN   NaN    6640324
          MX    16    NaN   NaN   NaN    6618819
    ADM1  AD    02    NaN   NaN   NaN    3041203
    

    Much better. We can even see that there are three entries without a feature code.

    Let's see if all this effort was worth it. Can we fulfill our goal ? Can we get a gid from a bunch of codes ? Can we get the Haute-Garonne gid ?

    >>> admgids.loc['ADM2', 'FR', '76', '31']
                     gid
    code3 code4
    NaN   NaN    3013767
    

    And for the Toulouse ADM4 ?

    >>> admgids.loc['ADM4', 'FR', '76', '31', '313', '31555']
                                             gid
    fcode code0 code1 code2 code3 code4
    ADM4  FR    76    31    313   31555  6453974
    

    Cheers! You've deserved a glass of wine!

    Summary for the administrative data step

    Before moving on four our grand finale, let's summarize what have been done to prepare administrative data.

    1. We've prepared a smaller file with only administrative data.

      with open('allCountries.txt') as f:
          reader = csv.reader(f, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE)
          with open('adm_geonames.txt', 'w') as g:
              writer = csv.writer(g, delimiter='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
                                  escapechar='\\')
              for row in reader:
                  if row[6] == 'A':
                      writer.writerow(row)
      
    2. We've loaded the file into Pandas.

      d_types = dict.fromkeys(['fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3',
                               'code4'], str)
      d_types['gid'] = 'uint32'
      with open('adm_geonames.txt') as admf:
          admgids = pd.read_csv(
              admf, encoding='utf-8',
              sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
              header=None, usecols=(0, 7, 8, 10, 11, 12, 13),
              names=('gid', 'fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'),
              dtype=d_types, na_values='', keep_default_na=False,
              error_bad_lines=False
          )
      
    3. We've replaced all 'PCL<XX>' values with just 'PCL' in the fcode column.

      admgids.replace({'fcode': {r'PCL[A-Z]{1,2}': 'PCL'}}, regex=True,
                      inplace=True)
      
    4. Then we've created a multi-index with columns fcode, code0, code1, code2, code3, code4.

      admgids.set_index(['fcode', 'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'],
                         inplace=True)
      admgids.sort_index(inplace=True)
      

    Putting it all together

    Time has finally come to load the main file now: allCountries.txt. On one hand, we will then be able to use the frnames dataframe to get French name for each entry and populate the frname column, and on the other hand we will use the admgids dataframe to compute parent gid for each line too.

    Loading file

    On my computer, loading the whole allCountries.txt at once takes 5.5 GB of memory, clearly too much! And in this case, there is no trick to reduce the size of the file first: we want all the data.

    Pandas can help us with the chunk_size parameter to the read_csv function. It allows us to read the file chunk by chunk (it returns an iterator). The idea is to first create an empty CSV file for our final data, then read each chunk, perform data manipulation (that is add frname and parent_gid) of this chunk, and append the data to the file.

    So we load data into Pandas the usual way. The only difference is that we add a new parameter chunksize with value 1,000,000. You can choose a smaller or a larger number of rows depending of your memory limit.

    >>> d_types = dict.fromkeys(['fclass', 'fcode', 'code0', 'code1',
    ...                          'code2', 'code3', 'code4'], str)
    >>> d_types['gid'] = 'uint32'
    >>> d_types['lat'] = 'float16'
    >>> d_types['lng'] = 'float16'
    >>> with open('allCountries.txt') as geof:
    ...     reader = pd.read_csv(
    ...         geof, encoding='utf-8',
    ...         sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
    ...         header=None, usecols=(0, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13),
    ...         names=('gid', 'name', 'lat', 'lng', 'fclass', 'fcode',
    ...                'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'),
    ...         dtype=d_types, index_col=0,
    ...         na_values='', keep_default_na=False,
    ...         chunksize=1000000, error_bad_lines=False
    ...     )
    ...     for chunk in reader:
    ...         pass  # We will put here code to work on each chunk
    

    Joining tables

    Pandas can perform a JOIN on two dataframes, much like in SQL. The function to do so is merge.

    ...     for chunk in reader:
    ...         chunk = pd.merge(chunk, frnames, how='left',
    ...                          left_index=True, right_index=True)
    

    merge expects first the two dataframes to be joined. The how parameter tells what type of JOIN to perform (it can be left, right, inner, ...). Here we wants to keep all lines in chunk, which is the first parameter, so it is 'left' (if chunk was the second parameter, it would have been 'right').

    left_index=True and right_index=True tell Pandas that the pivot column is the index on each table. Indeed, in our case the gid index will be use in both tables to compute the merge. If in one table, for example the right one, the pivot column is not the index, one can set right_index=False and add parameter right_on='<column_name>' (same parameter exists for left table).

    Additionally, If there are name clashes (same column name in both tables), one can also use the suffixes parameter. For example suffixes=('_first', '_second').

    And that's all we need to add the frname column. Simple isn't it ?

    Computing parent gid

    The parent_gid column is trickier. We'll delegate computation of the gid from administrative codes to a separate function. But first let's define two reverse dictionaries linking the fcode column to a level number

    >>> level_fcode = {0: 'PCL', 1: 'ADM1', 2: 'ADM2', 3: 'ADM3', 4: 'ADM4'}
    >>> fcode_level = dict((v, k) for k, v in level_fcode.items())
    

    And here is the function computing the Geonames id from administrative codes.

    >>> def geonameid_from_codes(level, **codes):
    ...     """Return the Geoname id of the *administrative* place with the
    ...     given information.
    ...
    ...     Return ``None`` if there is no match.
    ...
    ...     ``level`` is an integer from 0 to 4. 0 means we are looking for a
    ...     political entity (``PCL<X>`` feature code), 1 for a first-level
    ...     administrative division (``ADM1``), and so on until fourth-level
    ...     (``ADM4``).
    ...
    ...     Then user must provide at least one of the ``code0``, ...,
    ...     ``code4`` keyword parameters, depending on ``level``.
    ...
    ...     Examples::
    ...
    ...         >>> geonameid_from_codes(level=0, code0='RE')
    ...         935317
    ...         >>> geonameid_from_codes(level=3, code0='RE', code1='RE',
    ...         ...                      code2='974', code3='9742')
    ...         935213
    ...         >>> geonameid_from_codes(level=0, code0='AB')  # None
    ...
    ...     """
    ...     try:
    ...         idx = tuple(codes['code{0}'.format(i)] for i in range(level+1))
    ...     except KeyError:
    ...         raise ValueError('Not enough codeX parameters for level {0}'.format(level))
    ...     idx = (level_fcode[level],) + idx
    ...     try:
    ...         return admgids.loc[idx, 'gid'].values[0]
    ...     except (KeyError, TypeError):
    ...         return None
    ...
    

    A few comments about this function: the first part builds a tuple idx with the given codes. Then this idx is used as an index value in the admgids dataframe to find the matching gid.

    We also need another function which will compute the parent gid for a Pandas row.

    >>> from six import string_types
    >>> def parent_geonameid(row):
    ...     """Return the Geoname id of the parent of the given Pandas row.
    ...
    ...     Return ``None`` if we can't find the parent's gid.
    ...     """
    ...     # Get the parent's administrative level (PCL or ADM1, ..., ADM4)
    ...     level = fcode_level.get(row.fcode)
    ...     if (level is None and isinstance(fcode, string_types)
    ...             and len(fcode) >= 3):
    ...         fcode_level.get(row.fcode[:3], 5)
    ...     level = level or 5
    ...     level -= 1
    ...     if level < 0:  # We were on a country, no parent
    ...         return None
    ...     # Compute available codes
    ...     l = list(range(5))
    ...     while l and pd.isnull(row['code{0}'.format(l[-1])]):
    ...         l.pop()  # Remove NaN values backwards from code4
    ...     codes = {}
    ...     for i in l:
    ...         if i > level:
    ...             break
    ...         code_label = 'code{0}'.format(i)
    ...         codes[code_label] = row[code_label]
    ...     try:
    ...         return geonameid_from_codes(level, **codes)
    ...     except ValueError:
    ...         return None
    ...
    

    In this function, we first look at the row fcode to get the row administrative level. If the fcode is ADMX we get the level directly. If it is PCL<X>, we get level 0 from PCL. Else we set it to level 5 to say that it is below level 4. So the parent's level is the found level minus one. And if it is -1, we know that we were on a country and there is no parent.

    Then we compute all available administrative codes, removing codes with NaN values from the end.

    With the level and the codes, we can search for the parent's gid using the previous function.

    Now, how do we use this function. No need for a for loop, Pandas gives us the apply method.

    ...     for chunk in reader:
    ...         # (...) pd.merge as before
    ...         parent_gids = chunk.apply(parent_geonameid, axis=1)
    

    This will apply the parent_geonameid to each row and return a new Pandas series whose head looks like this.

    gid
    2986043     nan
    2993838     nan
    2994701     nan
    3007683     nan
    3017832     nan
    ...
    3039162     3041565.0
    

    None values have been converted to NaN. Thus, integer values have been converted to float (you cannot have NaN within an integer column), and this is not what we want. As a compromise, we are going to convert this into str and suppress the decimal part.

    ...         parent_gids = parent_gid.astype(str)  # no inplace=True here
    ...         parent_gids.replace(r'\.0', '', regex=True, inplace=True)
    

    We also add a label to the column. That's the name the column in our future dataframe.

    ...         parent_gids = parent_gids.rename('parent_gid')
    

    And we can now append this new column to our chunk dataframe.

    ...         chunk = pd.concat([chunk, parent_gids], axis=1)
    

    We're almost there. Before we can save the chunk in a CSV file, we must reorganize its columns to the expected order. For now, the frname and parent_gid columns have been appended at the end of the dataframe.

    ...         chunk = chunk.reindex(columns=['frname', 'name', 'fclass',
    ...                                        'fcode', 'parent_gid', 'lat',
    ...                                        'lng'])
    

    At last, we save the chunk to the file opened in append mode.

    ...         chunk.to_csv('final.txt', mode='a', encoding='utf-8',
    ...                      quoting=csv.QUOTE_NONE, sep='\t', header=None)
    

    Caching to speed up

    Currently, creating the new CSV file from Geonames takes hours, and this is not acceptable. There are multiple ways to make thing go faster. One of the most significant change is to cache results of the parent_geonameid function. Indeed, many places in Geonames have the same parent ; computing the parent gid once and caching it sounds like a good idea.

    If you are using Python3, you can simply use the @functools.lru_cache decorator on the parent_geonameid function. But let us try to define our own custom cache.

    >>> from six import string_types
    >>> gid_cache = {}
    >>> def parent_geonameid(row):
    ...     """Return the Geoname id of the parent of the given Pandas row.
    ...
    ...     Return ``None`` if we can't find the parent's gid.
    ...     """
    ...     # Get the parent's administrative level (PCL or ADM1, ..., ADM4)
    ...     level = fcode_level.get(row.fcode)
    ...     if (level is None and isinstance(fcode, string_types)
    ...             and len(fcode) >= 3):
    ...         fcode_level.get(row.fcode[:3], 5)
    ...     level = level or 5
    ...     level -= 1
    ...     if level < 0:  # We were on a country, no parent
    ...         return None
    ...     # Compute available codes
    ...     l = list(range(5))
    ...     while l and pd.isnull(row['code{0}'.format(l[-1])]):
    ...         l.pop()  # Remove NaN values backwards from code4
    ...     codes = {}
    ...     code_tuple = [level]
    ...     for i in l:
    ...         if i > level:
    ...             break
    ...         code_label = 'code{0}'.format(i)
    ...         code = row[code_label]
    ...         codes[code_label] = code
    ...         code_tuple.append(code)
    ...     code_tuple = tuple(code_tuple)
    ...     try:
    ...         parent_gid = (gid_cache.get(code_tuple)
    ...                       or geonameid_from_codes(level, **codes))
    ...     except ValueError:
    ...         parent_gid = None
    ...     # Put value in cache if not already to speed up future lookup
    ...     if code_tuple not in gid_cache:
    ...         gid_cache[code_tuple] = parent_gid
    ...     return parent_gid
    

    The only difference with the previous version is the use of a gid_cache dictionary. Keys for this dictionary are tuples (<level>, <code0>, [[<code1>], ..., <code4>]) (stored in the code_tuple variable), and the corresponding value is the parent gid for this combination of level and codes. Then the returned parent_gid is first looked in this dictionary for a previous cached result, else is computed from the geonameid_from_codes function like before, and the result is cached.

    Summary for the final step

    Let's review what we have done.

    1. We have defined three useful dictionaries. Two to get a level number from a feature code and conversely, and one to cache computation results.

      level_fcode = {0: 'PCL', 1: 'ADM1', 2: 'ADM2', 3: 'ADM3', 4: 'ADM4'}
      fcode_level = dict((v, k) for k, v in level_fcode.items())
      gid_cache = {}
      
    2. We have defined a function computing a Geoname id from administrative codes.

      def geonameid_from_codes(level, **codes):
          """Return the Geoname id of the *administrative* place with the
          given information.
      
          Return ``None`` if there is no match.
      
          ``level`` is an integer from 0 to 4. 0 means we are looking for a
          political entity (``PCL<X>`` feature code), 1 for a first-level
          administrative division (``ADM1``), and so on until fourth-level
          (``ADM4``).
      
          Then user must provide at least one of the ``code0``, ...,
          ``code4`` keyword parameters, depending on ``level``.
      
          Examples::
      
              >>> geonameid_from_codes(level=0, code0='RE')
              935317
              >>> geonameid_from_codes(level=3, code0='RE', code1='RE',
              ...                      code2='974', code3='9742')
              935213
              >>> geonameid_from_codes(level=0, code0='AB')  # None
              >>>
      
          """
          try:
              idx = tuple(codes['code{0}'.format(i)] for i in range(level+1))
          except KeyError:
              raise ValueError('Not enough codeX parameters for level {0}'.format(level))
          idx = (level_fcode[level],) + idx
          try:
              return admgids.loc[idx, 'gid'].values[0]
          except (KeyError, TypeError):
              return None
      
    3. We have defined a function computing the parent's gid of a Pandas row.

      def parent_geonameid(row):
          """Return the Geoname id of the parent of the given Pandas row.
      
          Return ``None`` if we can't find the parent's gid.
          """
          # Get the parent's administrative level (PCL or ADM1, ..., ADM4)
          level = fcode_level.get(row.fcode)
          if (level is None and isinstance(fcode, string_types)
                  and len(fcode) >= 3):
              fcode_level.get(row.fcode[:3], 5)
          level = level or 5
          level -= 1
          if level < 0:  # We were on a country, no parent
              return None
          # Compute available codes
          l = list(range(5))
          while l and pd.isnull(row['code{0}'.format(l[-1])]):
              l.pop()  # Remove NaN values backwards from code4
          codes = {}
          code_tuple = [level]
          for i in l:
              if i > level:
                  break
              code_label = 'code{0}'.format(i)
              code = row[code_label]
              codes[code_label] = code
              code_tuple.append(code)
          code_tuple = tuple(code_tuple)
          try:
              parent_gid = (gid_cache.get(code_tuple)
                            or geonameid_from_codes(level, **codes))
          except ValueError:
              parent_gid = None
          # Put value in cache if not already to speed up future lookup
          if code_tuple not in gid_cache:
              gid_cache[code_tuple] = parent_gid
          return parent_gid
      
    4. And finally we have loaded the file allCountries.txt into Pandas using chunks of 1,000,000 rows to save memory. For each chunk, we have merged it with the frnames table to add the frname column, and we applied the parent_geonameid function to add the parent_gid column. We then reordered the columns and append the chunk to the final CSV file.

      d_types = dict.fromkeys(['fclass', 'fcode', 'code0', 'code1',
                               'code2', 'code3', 'code4'], str)
      d_types['gid'] = 'uint32'
      d_types['lat'] = 'float16'
      d_types['lng'] = 'float16'
      with open('allCountries.txt') as geof:
          reader = pd.read_csv(
              geof, encoding='utf-8',
              sep='\t', quoting=csv.QUOTE_NONE,
              header=None, usecols=(0, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13),
              names=('gid', 'name', 'lat', 'lng', 'fclass', 'fcode',
                     'code0', 'code1', 'code2', 'code3', 'code4'),
              dtype=d_types, index_col=0,
              na_values='', keep_default_na=False,
              chunksize=1000000, error_bad_lines=False
          )
          for chunk in reader:
              chunk = pd.merge(chunk, frnames, how='left',
                               left_index=True, right_index=True)
              parent_gids = chunk.apply(parent_geonameid, axis=1)
              parent_gids = parent_gids.astype(str)  # no inplace=True here
              parent_gids.replace(r'\.0', '', regex=True, inplace=True)
              parent_gids = parent_gids.rename('parent_gid')
              chunk = pd.concat([chunk, parent_gids], axis=1)
              chunk = chunk.reindex(columns=['frname', 'name', 'fclass',
                                             'fcode', 'parent_gid', 'lat',
                                             'lng'])
              chunk.to_csv('final.txt', mode='a', encoding='utf-8',
                           quoting=csv.QUOTE_NONE, sep='\t', header=None)
      

    This final part is the longest, because the parent_geonameid function takes some time on each chunk to compute all parents gids. But at the end of the process we'll proudly see a final.txt file with data the way we want it, and without using too much memory... High five!

    What can be improved

    Congratulations! This ends our journey into the Pandas world.

    Regarding Geonames, to be honest, we've only scratch the surface of its complexity. There's so much to be done.

    If you look at the file we've just produced, you'll see plenty of empty values in the parent_gid column. May be our method to get the Geonames id of the parent needs to be improved. May be all those orphan places should be moved inside their countries.

    Another problem lies within Geonames data. France has overseas territories, for example Reunion Island, Geoname id 935,317. This place has feature code PCLD, which means "dependent political entity". And indeed, Reunion Island is not a country and should not appear at the top level of the tree, at the same level as France. So some work should be done here to have Reunion Island linked to France in some way, may be using the until now ignored cc2 column (for "alternate country codes").

    Still another improvement, easier this one, is to have yet another parent level for continents. For this, one can use the file countryInfo.txt, downloadable from the same page.

    Considering speed this time, there is also room for improvements. First, the code itself might be better designed to avoid some tests and for loops. Another possibility is tu use multiprocessing, since each chunk in allCountries.txt isindependent. Processes can put their finished chunk on a queue that a writer process will read to write data in the output file. Another way to go is Cython (see: http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/enhancingperf.html).


  • Understanding Geonames dump

    2017/02/20 by Yann Voté

    The aim of this 2-parts blog post is to show some useful, yet not very complicated, features of the Pandas Python library that are not found in most (numeric oriented) tutorials.

    We will illustrate these techniques with Geonames data : extract useful data from the Geonames dump, transform it, and load it into another file. There is no numeric computation involved here, nor statictics. We will prove that pandas can be used in a wide range of cases beyond numerical analysis.

    This first part is an introduction to Geonames data. The real work with Pandas will be shown on the second part You can skip this part and go directly to part 2 if you are already familiar with Geonames.

    Main data

    Geonames data can be downloaded from http://download.geonames.org/export/dump/ The main file to download is allCountries.zip. Once extracted, you'll get a CSV file named allCountries.txt which contains nearly all Geonames data. In this file, CSV data are separated by tabulation.

    A sample Geonames entry

    Let's look in Geonames data for the city of Toulouse in France.

    $ grep -P '\tToulouse\t' allCountries.txt
    

    You'll find multiple results (including one in the United States of America), and among them the following line.

    2972315     Toulouse        Toulouse        Gorad Tuluza,Lapangan Terbang Blagnac,TLS,Tolosa,(...)  43.60426        1.44367 P       PPLA    FR              76      31      313     31555   433055          150     Europe/Paris    2016-02-18
    

    What is the meaning of each column ? There is no header line at the top of the file... Go back to the web page from where you downloaded the file. Below download links, you'll find some documentation. In particular, consider the following excerpt.

    The main 'geoname' table has the following fields :
    ---------------------------------------------------
    geonameid         : integer id of record in geonames database
    name              : name of geographical point (utf8) varchar(200)
    asciiname         : name of geographical point in plain ascii characters, varchar(200)
    alternatenames    : alternatenames, comma separated, ascii names automatically transliterated, convenience attribute from alternatename table, varchar(10000)
    latitude          : latitude in decimal degrees (wgs84)
    longitude         : longitude in decimal degrees (wgs84)
    feature class     : see http://www.geonames.org/export/codes.html, char(1)
    feature code      : see http://www.geonames.org/export/codes.html, varchar(10)
    country code      : ISO-3166 2-letter country code, 2 characters
    cc2               : alternate country codes, comma separated, ISO-3166 2-letter country code, 200 characters
    admin1 code       : fipscode (subject to change to iso code), see exceptions below, see file admin1Codes.txt for display names of this code; varchar(20)
    admin2 code       : code for the second administrative division, a county in the US, see file admin2Codes.txt; varchar(80)
    admin3 code       : code for third level administrative division, varchar(20)
    admin4 code       : code for fourth level administrative division, varchar(20)
    population        : bigint (8 byte int)
    elevation         : in meters, integer
    dem               : digital elevation model, srtm3 or gtopo30, average elevation of 3''x3'' (ca 90mx90m) or 30''x30'' (ca 900mx900m) area in meters, integer. srtm processed by cgiar/ciat.
    timezone          : the iana timezone id (see file timeZone.txt) varchar(40)
    modification date : date of last modification in yyyy-MM-dd format
    

    So we see that entry 2,972,315 represents a place named Toulouse, for which latitude is 43.60 and longitude is 1.44. The place is located in France (FR country code), its population is estimated to 433,055, elevation is 150 m, and timezone is the same than Paris.

    To understand the meaning of P and PPLA, as feature class and feature code respectively, the indicated web page at http://www.geonames.org/export/codes.html provides us with the following information.

    P city, village,...
    PPLA        seat of a first-order administrative division
    

    Thus line 2,972,315 is about a city which is the seat of a first-order administrative division in France. And indeed, Toulouse is the seat of the Occitanie region in France.

    Geonames administrative divisions

    So let's look for Occitanie.

    $ grep -P '\tOccitanie\t' allCountries.txt
    

    You'll end up with the following line.

    11071623    Occitanie       Occitanie       Languedoc-Roussillon-Midi-Pyrenees,(...)        44.02722        1.63559 A       ADM1    FR              76              5626858         188     Europe/Paris    2016-11-16
    

    This is entry number 11,071,623, and we have latitude, longitude, population, elevation and timezone as usual. The place's class is A and its code is ADM1. Information about these codes can be found in the same previous page.

    A country, state, region,...
    ADM1        first-order administrative division
    

    This confirms that Occitanie is a first-order administrative division of France.

    Now look at the adminX_code part of the Occitanie line (X=1, 2, 3, 4).

    76
    

    Only column admin1_code is filled with value 76. Compare this with the same part from the Toulouse line.

    76  31      313     31555
    

    Here all columns admin1_code, admin2_code, admin3_code and admin4_code are given a value, respectively 76, 31 313, and 31555.

    Furthermore, we see that column admin1_code matches for Occitanie and Toulouse (value 76). This let us deduce that Toulouse is actually a city located in Occitanie.

    So, following the same logic, we can infer that Toulouse is also located in a second-order administrative division of France (feature code ADM2) with admin1_code of 76 and admin2_code equals to 31. Let's look for such a line in allCountries.txt.

    $ grep -P '\tADM2\t' allCountries.txt | grep -P '\tFR\t' | grep -P '\t76\t' \
    > | grep -P '\t31\t'
    

    We get the following line.

    3013767     Département de la Haute-Garonne Departement de la Haute-Garonne Alta Garonna,Alto Garona,(...)  43.41667        1.5     A       ADM2    FR              76      31                      1254347         181     Europe/Paris    2016-02-18
    

    Success! Toulouse is actually in the Haute-Garonne department, which is a department in Occitanie region.

    Is this going to work for third-level administrative division ? Let's look for an ADM3 line, with admin1_code=76, admin2_code=31, and admin3_code=313.

    $ grep -P '\tADM3\t' allCountries.txt | grep -P '\tFR\t' | grep -P '\t76\t' \
    > | grep -P '\t31\t' | grep -P '\t313\t'
    

    Here is the result.

    2972314     Arrondissement de Toulouse      Arrondissement de Toulouse      Arrondissement de Toulouse      43.58333        1.5     A       ADM3    FR              76      31      313             972098          139     Europe/Paris    2016-12-05
    

    Still works! Finally, let's find out the fourth-order administrative division which contains the city of Toulouse.

    $ grep -P '\tADM4\t' allCountries.txt | grep -P '\tFR\t' | grep -P '\t76\t' \
    > | grep -P '\t31\t' | grep -P '\t313\t' | grep -P '\t31555\t'
    

    We get a place also named Toulouse.

    6453974     Toulouse        Toulouse        Toulouse        43.60444        1.44194 A       ADM4    FR              76      31      313     31555   440204          153     Europe/Paris    2016-02-18
    

    That's a surprise. That's because in France, an arrondissement is the smallest administrative division above a city. So for Geonames, city of Toulouse is both an administrative place (feature class A with feature code ADM4) and a populated place (feature class P with feature code PPLA), so there is two different entries with the same name (beware that this may be different for other countries).

    And that's it! We have found the whole hierarchy of administrative divisions above city of Toulouse, thanks to the adminX_code columns: Occitanie, Département de la Haute-Garonne, Arrondissement de Toulouse, Toulouse (ADM4), and Toulouse (PPL).

    That's it, really ? What about the top-most administrative level, the country ? This may not be intuitive: feature codes for countries start with PCL (for political entity).

    $ grep -P '\tPCL' allCountries.txt | grep -P '\tFR\t'
    

    Among the result, there's only one PCLI, which means independant political entity.

    3017382     Republic of France      Republic of France      An Fhrainc,An Fhraing,(...)     46      2       A       PCLI    FR              00      64768389                543     Europe/Paris    2015-01-08
    

    Now we have the whole hierarchy, summarized in the following table.

    level name id fclass fcode ccode adm1_code adm2_code adm3_code adm4_code
    country Republic of France 3017382 A PCLI FR        
    level 1 Occitanie 11071623 A ADM1 FR 76      
    level 2 Département de la Haute-Garonne 3013767 A ADM2 FR 76 31    
    level 3 Arrondissement de Toulouse 2972314 A ADM3 FR 76 31 313  
    level 4 Toulouse 6453974 A ADM4 FR 76 31 313 31555
    city Toulouse 2972315 P PPL FR 76 31 313 31555

    Alternate names

    In the previous example, "Republic of France" is the main name for Geonames. But this is not the name in French ("République française"), and even the name in French is not the most commonly used name which is "France".

    In the same way, "Département de la Haute-Garonne" is not the most commonly used name for the department, which is just "Haute-Garonne".

    The fourth column in allCountries.txt provides a comma-separated list of alternate names for a place, in other languages and in other forms. But this is not very useful because we can't decide which form in the list is in which language.

    For this, the Geonames project provides another file to download: alternateNames.zip. Go back to the download page, download it, and extract it. You'll get another tabulation-separeted CSV file named alternateNames.txt.

    Let's look at alternate names for the Haute-Garonne department.

    $ grep -P '\t3013767\t' alternateNames.txt
    

    Multiple names are printed.

    2080345     3013767 fr      Département de la Haute-Garonne
    2080346     3013767 es      Alto Garona     1       1
    2187116     3013767 fr      Haute-Garonne   1       1
    2431178     3013767 it      Alta Garonna    1       1
    2703076     3013767 en      Upper Garonne   1       1
    2703077     3013767 de      Haute-Garonne   1       1
    3047130     3013767 link    http://en.wikipedia.org/wiki/Haute-Garonne
    3074362     3013767 en      Haute Garonne
    4288095     3013767         Département de la Haute-Garonne
    10273497    3013767 link    http://id.loc.gov/authorities/names/n80009763
    

    To understand these columns, let's look again at the documentation.

    The table 'alternate names' :
    -----------------------------
    alternateNameId   : the id of this alternate name, int
    geonameid         : geonameId referring to id in table 'geoname', int
    isolanguage       : iso 639 language code 2- or 3-characters; (...)
    alternate name    : alternate name or name variant, varchar(400)
    isPreferredName   : '1', if this alternate name is an official/preferred name
    isShortName       : '1', if this is a short name like 'California' for 'State of California'
    isColloquial      : '1', if this alternate name is a colloquial or slang term
    isHistoric        : '1', if this alternate name is historic and was used in the pastq
    

    We can see that "Haute-Garonne" is a short version of "Département de la Haute-Garonne" and is the preferred form in French. As an exercise, the reader can confirm in the same way that "France" is the preferred shorter form for "Republic of France" in French.


    And that's it for our introductory journey into Geonames. You are now familiar enough with this data to begin working with it using Pandas in Python. In fact, what we have done until now, namely working with grep commands, is not very useful... See you in part 2!


  • "Gestion d'entrepôts et de paquets Debian non officiels" aux rencontres Debian Nantes

    2017/02/09 by Arthur Lutz

    Cet article résume le retour d'expérience d'Arthur Lutz (Logilab) sur la gestion d'entrepôts et de paquets Debian non officiels présenté lors des rencontres Debian Nantes en février 2017. Il a été complété en direct-live par Cyril Brulebois.

    https://www.logilab.org/file/2269692/raw/debian_nantes.png

    Objectifs

    • distribuer du logiciel qu'il n'est pas nécessaire de faire rentrer dans Debian
    • livrer ses clients (via https protégé par mot de passe)
    • préparer des backports
    • changer des options de compilation
    • activer des modules/plugins
    • compiler pour une version précise de debian (type wheezy-backports construit sur jessie)
    • diminuer les opérations manuelles
    • flexibilité de l'automatisation (pouvoir passer en manuel à tout moment, rejouer une étape, etc.)
    • progressivement corriger les erreurs signalées par lintian

    Récuperer les sources et le packaging

    • dget
    • debcheckout (utilise VCS-, bzr, git, etc.)
    • apt-get source

    Construire sur place

    • dpkg-buildpackage
    • pdebuild (wrapper pour les suivants)
    • pbuilder (dans un chroot)
    • sbuild (official) sur buildd
    • cowbuilder
    • logilab-packaging (lgp)

    Gestion des dépôts

    Entrepôts d'autres technologies

    Futur


  • Mon Hackathon à la BnF

    2016/11/24 by Adrien Di Mascio

    J'ai eu la chance de participer au premier hackathon BnF qui s'est déroulé les samedi 19 et dimanche 20 novembre. Alors, c'est quoi un hackathon BnF ?

    C'est d'abord un lieu ! Un lieu insiprant qui a été ma deuxième maison mon deuxième lieu de travail pendant ces 5 dernières années où j'ai travaillé sur data.bnf.fr.

    https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0b/BNF_FM_Hall_Est.jpg/512px-BNF_FM_Hall_Est.jpg

    Et puis une thématique : mettre en avant le patrimoine de la BnF et inventer de nouveaux usages numériques autour de ses ressources. Pas beaucoup de contraintes si ce n'est de rendre le code disponible sous une licence libre.

    Je ne connais pas bien toutes les applications de la BnF et en particulier je ne maîtrise pas tous les services de Gallica (honte à moi !) mais je commence à avoir une certaine idée de ce que sont les données à la BnF, de comment elles sont rangées (je finis même par connaître les zones intermarc et pouvoir comprendre des 100$blagues). Au-delà du projet data.bnf.fr lui-même, la connaissance de ces données, de leur récupération et de leur usage s'est affinée avec mes travaux sur les projets OpenCat, reliures, bp16, et tous les autres passés ou en cours où on a relié des bases de données extérieures aux notices d'autorité de la BnF comme human-music , andrebreton, les registres de la Comédie-Française, libretheatre, prototype biblissima, bientôt des morceaux d'Archives départementales et nationales et j'en oublie certainement. Je partais donc avec l'idée qu'à défaut de réaliser quelque chose, je saurai a minima servir de facilitateur dans la récupération et le traitement des données.

    Le hackathon, c'est aussi une ambiance conviviale portée par les quelques 70 participants qui sont venus, la dizaine d'équipes ainsi constituées et tous les agents BnF qui se sont relayés pendant plus de 24h pour répondre à nos questions, nous guider ou redonner un petit coup de boost lorsque la fatigue ou la frustration commençaient à gagner du terrain. Oui parce qu'en fait, on était quand même là pour tenter de produire quelque chose… Pour ma part, j'ai rejoint en début de hackathon le projet porté par Carmen Brando et Francesca Frontini dont le but était de pouvoir extraire de Gallica les tables des matières et les textes OCRisés et procéder à de la reconnaissance d'entités nommées. Plus précisément, il s'agissait de pouvoir retrouver les lieux et personnes cités dans les textes numérisés pour les aligner vers les données de data.bnf.fr. À la différence d'autres projets, nous voulions donc créer de la nouvelle donnée et l'exploiter plutôt que de réutiliser des relations ou indexations déjà présentes dans les catalogues. Si ce chantier aboutissait, les intérêts pourraient être multiples puisqu'on pourrait imaginer une navigation enrichie de cartes ou de nouveaux rebonds, de nouvelles visualisations à partir de statistiques et possiblement soulever de nouvelles questions de recherche sur les textes eux-mêmes.

    Relations entre auteurs / visualisation créée par Marine Riguet

    Relations entre auteurs / visualisation créée par Marine Riguet

    Nous nous sommes plus ou moins répartis en sous-groupes de travail (je simplifie car chacun a en réalité participé de près ou de loin à tout) :

    • Paule, Delphine et Marc qui étaient nos experts littéraires et nous ont aidé à déterminer des corpus de travail pertinents pour tester nos outils,
    • Frédéric, qui avait développé l'outil de traitement linguistique Alix, et qui s'est donc occupé du traitement initial et des annotations linguistiques des textes,
    • Carmen et Francesca, qui avaient écrit le moteur de reconnaissance d'entités nommées REDEN, se sont occupées d'améliorer l'outil pour permettre le traitement du texte annoté et retrouver les concepts databnf et dbpedia de personnes et de lieux,
    • Gaétan, Mehdi (issus de l'équipe Prevu), Jean-Baptiste se sont plus concentrés sur le développement d'une appli JS pour naviguer et visualiser les résultats obtenus,
    • Bruno et moi-même voguions de sous-groupe en sous-groupe pour faciliter la récupération de données, réaliser les divers pré/post-traitements et aussi taper un peu sur la visu.

    Le résultat ? Je crois que nous avons été un peu trop ambitieux et il n'est malheureusement pas encore consultable en ligne mais on va tenter d'y travailler dans les jours qui viennent et de rendre le code accessible. Même si ce n'est encore qu'une preuve de concept, on a malgré tout obtenu quelques jolis résultats comme l'affichage d'une carte des lieux mentionnés dans une œuvre avec rebonds interactifs vers les pages correspondantes dans Gallica ou encore des pages de statistiques sur les personnes citées. Tout ça est encore loin d'être industrialisé et il y a évidemment plein de problèmes comme la résilience face à un mauvais OCR (on s'est concentrés sur les textes dont la qualité d'OCRisation était supérieure à 80% d'après Gallica), à l'ancien français ou encore à la gestion propre des personnes ou lieux fictifs vs. réels.

    Exemple d'écran de navigation obtenu qui fait le lien entre une carte et un texte OCRisé de Gallica

    En tout cas, j'ai eu la chance de tomber sur des co-équipiers de luxe et je garderai un excellent souvenir de ces 24h. Pour conclure, j'adresse un grand bravo à gallicarte qui a remporté le prix du jury et à diderotbot qui a trouvé de belles perles dans Gallica qui résonnaient particulièrement bien avec l'actualité.

    À l'année prochaine pour la suite j'espère !


  • Le forum ouvert

    2016/11/23 by Sylvain Thenault

    J'ai eu l'occasion de participer une nouvelle fois à un forum ouvert lors de la rencontre autour de l'entreprise libérée organisée par l'APAP et NOÏO (la dernière, c'était à l'Agile Tour Toulouse) . J'en ai fait un petit compte-rendu mais ce n'est pas l'objet de ce billet.

    Comme je trouve que le forum ouvert est vraiment un format super pour tirer le meilleur parti d'un groupe de gens indépendamment de la taille du groupe, je vais ici faire un petit rappel des bases (telles qu'elles nous ont été rappellées lors de cette rencontre), qu'on peut ensuite adapter en fonction de ses propres contraintes.

    Les principes du forum ouvert (ou Open Space) sont inspirés du fait que dans les conférences, la plupart des choses intéressantes sont dites en off : en discutant entre les conférences, pendant le café, devant la porte, etc. L'idée est donc de transformer la conférence en une grande pause avec des discussions libres, en petit groupe, autour d'un thème donné et avec les quatre principes suivants pour mettre tout le monde à l'aise :

    • toutes les personnes présentes sont les bonnes personnes,
    • ce qui arrive est ce qui pouvait arriver,
    • quelque soit le moment où ça commence, c'est le bon moment,
    • et quand c'est fini, c'est fini.
    https://www.logilab.org/file/9306538/raw/20161121_194647.jpg

    Partant de ces bases, un forum ouvert se déroule en quatre phases :

    1. introduction du sujet et des principes du forum ouvert énoncés ici,
    2. proposition et éventuellement sélection des sujets,
    3. plusieurs rounds de discussions sur les sujets choisis,
    4. choix d'actions et clôture.

    Une fois le sujet introduit, voici le détail du déroulement des étapes suivantes...

    L'émergence des sujets

    Dans cette première phase, chacun est invité à proposer un sujet qu'il va écrire en gros sur une feuille en y indiquant également son nom. Cette feuille sera affichée sur un tableau qu'on nomme la place du marché, accompagnée d'une indication de l'heure et du lieu où aura lieu cette discussion.

    Pour cette indication, l'organisateur aura au préalable préparé une grille d'emploi du temps déduite :

    • du nombre de discussions en parallèle (en fonction de l'espace ou des tables disponibles ainsi que du nombre de personnes présentes - compter entre 5 et 10 personnes max par groupe),
    • de la durée et le nombre de créneaux successifs (au moins 40 minutes pour un créneau, le temps passe vite !).

    À partir de ces informations on obtient une grille horaire dans laquelle les propositions pourront être placées, ainsi accompagnée d'un lieu (en général un numéro de table) et d'un créneau horaire.

    https://www.logilab.org/file/9306522/raw/20161121_194729.jpg

    On peut apparemment tabler sur une proposition de sujet pour deux personnes en moyenne. Si plusieurs propositions sont similaires, il est possible de les recouper si les porteurs du sujet le souhaitent. Enfin s'il est nécessaire de faire une sélection, on peut demander aux participants de "s'inscrire" sur les sujets afin de voir lesquels sont les moins suivis.

    Le temps des discussions

    Et c'est parti pour le premier round de discussion ! Chaque porteur de sujet s'installe à sa table, y indique clairement le sujet discuté (on laisse l'affichage général en place pour les retardataires et promeneurs) et attend d'être rejoint par d'autres personnes également intéressées par ce sujet. Il a deux responsabilités :

    • introduire le sujet,
    • s'assurer qu'un compte-rendu sera écrit (mais pas forcément par lui).

    Animer la discussion n'en fait pas parti.

    Pendant les discussions, on peut ajouter :

    • la loi des deux pieds : chacun est libre s'il en ressent l'envie pour une raison ou pour une autre de quitter sa table pour aller s'installer sur une autre,
    • les abeilles qui butinent de tables en tables, sans jamais vraiment s'installer mais en permettant d'essaimer l'information d'une table à l'autre,
    • les papillons qui papillonnent un peu en marge du processus, mais il n'est pas rare d'en voir émerger des choses.
    https://www.logilab.org/file/9306530/raw/20161121_194658.jpg

    Une dizaine de minutes avant la fin du créneau, l'organisateur indique qu'il est temps de s'assurer que le compte-rendu de la discussion sera fait. Enfin à la fin du temps imparti, chaque table va afficher son compte-rendu sur le grand journal.

    https://www.logilab.org/file/9306515/raw/20161121_212456.jpg

    Je trouve qu'il est intéressant de réserver un créneau à ce moment là pour qu'une personne par table présente ce compte-rendu en quelques minutes, car il est parfois difficile de se contenter de ce qui est écrit ou dessiné.

    Après on enchaîne rapidement sur le round suivant, et ainsi de suite.

    La clôture

    À ce moment là, tout le monde commence à être bien détendu, en confiance, et à connaître au moins une partie des participants. Afin de faire avancer la cause discutée, on va effectuer une dernier round de propositions / discussions dont l'objectif est de dégager des actions réalistes à court terme. Sur le modèle des étapes précédente, les participants sont invités à proposer une action qu'ils ont envie de tirer (ou de voir tirer) avec d'autres. Ils l'énoncent et l'affichent sur le marché aux actions.

    Une fois toutes les actions proposées, les personnes intéressées par une action donnée se regroupent et structurent une action qui sera énoncée devant l'assistance une fois le temps imparti écoulé. Si possible, l'organisateur effectuera un suivi de ces actions après l'évènement.

    https://www.logilab.org/file/9306297/raw/20161121_214833.jpg

    Il est ensuite temps de se féliciter, de se remercier, d'annoncer la suite ou toute autre chose utile avant de se quitter.

    Les photos sont tirées de l'évènement sus-cité, merci aux organisateurs et en particulier ici aux facilitateurs graphiques !


  • Rencontre autour de l'entreprise libérée à Toulouse

    2016/11/23 by Sylvain Thenault

    J'ai eu l'occasion de participer à une rencontre autour de l'entreprise libérée organisée par l'APAP et NOÏO sur Toulouse. Voici quelques notes pour la postérité.

    https://www.logilab.org/file/9306297/raw/20161121_214833.jpg

    La première partie de cette rencontre était la diffusion du documentaire E 3.0, Une entreprise humaniste qui présente les 6 premiers mois de la "libération" d'Averia, une entreprise de miroiterie d'ile de france. Le réalisateur était présent et nous a annoncé en amont de la projection son parti pris volontaire pour l'entreprise libérée (ce qui n'est pas pour me déplaire). J'ai trouvé ce documentaire intéressant de par l'aspect "témoignage sur le vif" et par le suivi sur quelques mois de cette phase critique de transformation. Ça donne envie de savoir où il en sont maintenant (la période filmée est le second semestre 2015).

    La seconde partie s'est déroulée sous la forme d'un forum ouvert. Au delà des sujets de départ que j'avais choisi, cela m'a surtout permis d'échanger avec d'autres personnes dont l'entreprise est plus ou moins avancée sur le chemin de la libération (j'ai du mal avec ce terme que je trouve un peu galvaudé mais bon). J'y ai notamment rencontré une dirigeante d'une société de pose de parquets (Erah), en voie de "libération" depuis 5 ans. Celle-ci a pour le moins étonné tout le monde lorsqu'elle nous a appris que ses salariés avaient décidés ensemble d'être tous payés pareils, indépendamment de leur expérience (mais légèrement au dessus des prix du marché même pour les expérimentés), ou encore que la société finançait à ses salariés des stages sur leur temps de travail, indépendamment de l'intérêt du sujet pour elle. J'ai également discuté avec la dirigeante de Fun and fly qui gère son entreprise d'une dizaine de personnes dans la veine de l'entreprise libérée sans le savoir jusqu'ici. Non sans similitude avec Logilab, où nous avons grandi depuis 2000 avec bon nombre de principes aujourd'hui regroupés sous la bannière de l'entreprise libérée.

    https://www.logilab.org/file/9306355/raw/20161121_222142.jpg

    La soirée s'est conclut pour moi avec le directeur de Web-Atrio qui devrait prochainement inviter le petit groupe que nous avons formé à un déjeuner ou diner afin d'aller plus loin dans les échanges autour de nos avancées et expérimentations respectives, élément qui est apparu essentiel à chacun, même si nous n'espérons pas y trouver de recettes miracles s'appliquant à tout le monde.

    Pour aller plus loin, le lecteur intéressé pourra :

    • regarder cette conférence d'Isaac Getz qui m'a été recommandée pendant la soirée (à Logilab Toulouse nous en avons regardé une de Frédéric Laloux que je recommende également si vous n'avez pas lu son livre),
    • lire une bande dessinée à ce sujet,
    • suivre ce qu'il se passe du côté de l'association MOM21, qui devrait notamment créer une antenne Sud-Ouest et organiser une journée à ce sujet le 18 janvier prochain (mais je n'ai pas trouvé plus d'info à ce sujet sur leur site).

    Merci à tous les organisateurs pour ce moment rondement mené et qui a permis de se rendre compte qu'on n'est pas seul sur le chemin !


  • SciviJS

    2016/10/10 by Martin Renou

    Introduction

    The goal of my work at Logilab is to create tools to visualize scientific 3D volumic-mesh-based data (mechanical data, electromagnetic...) in a standard web browser. It's a part of the european OpenDreamKit project. Franck Wang has been working on this subject last year. I based my work on his results and tried to improve them.

    Our goal is to create widgets to be used in Jupyter Notebook (formerly IPython) for easy 3D visualization and analysis. We also want to create a graphical user interface in order to enable users to intuitively compute multiple effects on their meshes.

    As Franck Wang worked with X3DOM, which is an open source JavaScript framework that makes it possible to display 3D scenes using HTML nodes, we first thought it was a good idea to keep on working with this framework. But X3DOM is not very well maintained these days, as can be seen on their GitHub repository.

    As a consequence, we decided to take a look at another 3D framework. Our best candidates were:

    • ThreeJS
    • BabylonJS

    ThreeJS and BabylonJS are two well-known Open Source frameworks for 3D web visualization. They are well maintained by hundreds of contributors since several years. Even if BabylonJS was first thought for video games, these two engines are interesting for our project. Some advantages of ThreeJS are:

    Finally, the choice of using ThreeJS was quite obvious because of its Nodes feature, contributed by Sunag Entertainment. It allows users to compose multiple effects like isocolor, threshold, clip plane, etc. As ThreeJS is an Open Source framework, it is quite easy to propose new features and contributors are very helpful.

    ThreeJS

    As we want to compose multiple effects like isocolor and threshold (the pixel color correspond to a pressure but if this pressure is under a certain threshold we don't want to display it), it seems a good idea to compose shaders instead of creating a big shader with all the features we want to implement. The problem is that WebGL is still limited (as of the 1.x version) and it's not possible for shaders to exchange data with other shaders. Only the vertex shader can send data to the fragment shader through varyings.

    So it's not really possible to compose shaders, but the good news is we can use the new node system of ThreeJS to easily compute and compose a complex material for a mesh.

    alternate text

    It's the graphical view of what you can do in your code, but you can see that it's really simple to implement effects in order to visualize your data.

    SciviJS

    With this great tools as a solid basis, I designed a first version of a javascript library, SciviJS, that aims at loading, displaying and analyzing mesh data in a standard web browser (i.e. without any plugin).

    You can define your visualization in a .yml file containing urls to your mesh and data and a hierarchy of effects (called block structures).

    See https://demo.logilab.fr/SciviJS/ for an online demo.

    You can see the block structure like following:

    https://www.logilab.org/file/8719790/raw

    Data blocks are instantiated to load the mesh and define basic parameters like color, position etc. Blocks are connected together to form a tree that helps building a visual analysis of your mesh data. Each block receives data (like mesh variables, color and position) from its parent and can modify them independently.

    Following parameters must be set on dataBlocks:

    • coordURL: URL to the binary file containing coordinate values of vertices.
    • facesURL: URL to the binary file containing indices of faces defining the skin of the mesh.
    • tetrasURL: URL to the binary file containing indices of tetrahedrons. Default is ''.
    • dataURL: URL to the binary file containing data that you want to visualize for each vertices.

    Following parameters can be set on dataBlocks or plugInBlocks:

    • type: type of the block, which is dataBlock or the name of the plugInBlock that you want.
    • colored: define whether or not the 3D object is colored. Default is false, object is rendered gray.
    • colorMap: color map used for coloration, available values are rainbow and gray. Default is rainbow.
    • colorMapMin and colorMapMax: bounds for coloration scaled in [0, 1]. Default is (0, 1).
    • visualizedData: data used as input for coloration. If data are 3D vectors available values are magnitude, X, Y, Z, and default is magnitude. If data are scalar values you don't need to set this parameter.
    • position, rotation, scale: 3D vectors representing position, rotation and scale of the object. Default are [0., 0., 0.], [0., 0., 0.] and [1., 1., 1.].
    • visible: define whether or not the object is visible. Default is true if there's no childrenBlock, false otherwise.
    • childrenBlocks: array of children blocks. Default is empty.

    As of today, there are 6 types of plug-in blocks:

    • Threshold: hide areas of your mesh based on a variable's value and bound parameters

      • lowerBound: lower bound used for threshold. Default is 0 (representing dataMin). If inputData is under lowerBound, then it's not displayed.
      • upperBound: upper bound used for threshold. Default is 1 (representing dataMax). If inputData is above upperBound, then it's not displayed.
      • inputData: data used for threshold effect. Default is visualizedData, but you can set it to magnitude, X, Y or Z.
    • ClipPlane: hide a part of the mesh by cutting it with a plane

      • planeNormal: 3D array representing the normal of the plane used for section. Default is [1., 0., 0.].
      • planePosition: position of the plane for the section. It's a scalar scaled bewteen -1 and 1. Default is 0.
    • Slice: make a slice of your mesh

      • sliceNormal
      • slicePosition
    • Warp: deform the mesh along the direction of an input vector data

      • warpFactor: deformation factor. Default is 1, can be negative.
      • inputData: vector data used for warp effect. Default is data, but you can set it to X, Y or Z to use only one vector component.
    • VectorField: represent the input vector data with arrow glyphs

      • lengthFactor: factor of length of vectors. Default is 1, can be negative.
      • inputData
      • nbVectors: max number of vectors. Default is the number of vertices of the mesh (which is the maximum value).
      • mode: mode of distribution. Default is volume, you can set it to surface.
      • distribution: type of distribution. Default is regular, you can set it to random.
    • Points: represent the data with points

      • pointsSize: size of points in pixels. Default is 3.
      • nbPoints
      • mode
      • distribution

    Using those blocks you can easily render interesting 3D scenes like this:

    https://www.logilab.org/file/8571787/raw https://www.logilab.org/file/8572007/raw

    Future works

    • Integration to Jupyter Notebook
    • As of today you only can define a .yml file defining the tree of blocks, we plan to develop a Graphical User Interface to enable users to define this tree interactively with drag and drop
    • Support of most file types (for now it only supports binary files)

  • Linkdump du meetup docker Nantes septembre 2016

    2016/10/04 by Arthur Lutz

    La semaine dernière, je suis allé au meetup docker sur "Containers' Jungle. Docker, Rocket, RunC, LXD ... WTF ?".

    À Logilab, nous sommes parfois un poil déçus par docker (mais utilisateurs comme vous pouvez le voir sur notre blog Developing salt formulas with docker, Running a local salt-master to orchestrate docker containers, Building Docker containers using Salt, Retour sur la journée conteneurs dans le cadre de Open Source Innovation Spring). Du coup nous étions curieux d'aller creuser la piste de rocket et autres technologies de conteneurs.

    https://www.logilab.org/file/8445845/raw/global_361217852.jpeg

    Nicolas De Loof nous a présentés quelques concepts sous-jacents à docker, mais aussi quelques alternatives et retours d’expérience sur l'utilisateur de docker et de son écosystème. La présentation sera rejouée au devfest Nantes pour ceux qui l'auraient ratée.

    Voici quelques liens collectés lors du meetup qui nécessiteraient un peu plus de lecture et d'explications, mais je pose cela tel quel au cas où ce serait utile à d'autres :

    Un meetup recommandé pour explorer docker (et ses alternatives?) à Nantes.


  • Nantes Monitoring Meetup - Septembre 2016 - Heka & Hindsight

    2016/09/14 by Arthur Lutz

    Hier soir, j'étais au Nantes Monitoring Meetup, Mathieu Parent (aussi développeur debian) nous a présenté l'utilisation de heka et hindsight à Nantes Metropole. Beaucoup de contenu et de principes, voici quelques liens que j'ai collecté pendant la présentation.

    Diagramme d'architecture de l'utilisation de heka chez Mozilla (en 2015)

    http://people.mozilla.org/~rmiller/heka-monitorama-2015-06/moz-pipeline.png

    Le prochain meetup aura lieu de mardi 8 novembre, rejoignez nous sur meetup.


  • ngReact: getting angular and react to work together

    2016/08/03 by Nicolas Chauvat

    ngReact is an Angular module that allows React components to be used in AngularJS applications.

    I had to work on enhancing an Angular-based application and wanted to provide the additionnal functionnality as an isolated component that I could develop and test without messing with a large Angular controller that several other people were working on.

    Here is my Angular+React "Hello World", with a couple gotchas that were not underlined in the documentation and took me some time to figure out.

    To set things up, just run:

    $ mkdir angulareacthello && cd angulareacthello
    $ npm init && npm install --save angular ngreact react react-dom
    

    Then write into index.html:

    <!doctype html>
    <html>
         <head>
                 <title>my angular react demo</title>
         </head>
         <body ng-app="app" ng-controller="helloController">
                 <div>
                         <label>Name:</label>
                         <input type="text" ng-model="person.name" placeholder="Enter a name here">
                         <hr>
                         <h1><react-component name="HelloComponent" props="person" /></h1>
                 </div>
         </body>
         <script src="node_modules/angular/angular.js"></script>
         <script src="node_modules/react/dist/react.js"></script>
         <script src="node_modules/react-dom/dist/react-dom.js"></script>
         <script src="node_modules/ngreact/ngReact.js"></script>
         <script>
         // include the ngReact module as a dependency for this Angular app
         var app = angular.module('app', ['react']);
    
         // define a controller that has the name attribute
         app.controller('helloController', function($scope) {
                 $scope.person = { name: 'you' };
         });
    
         // define a React component that displays "Hello {name}"
         var HelloComponent = React.createClass({
                 render: function() {
                         return React.DOM.span(null, "Hello "+this.props.name);
                 }
         });
    
         // tell Angular about this React component
         app.value('HelloComponent', HelloComponent);
    
         </script>
    </html>
    

    I took me time to get a couple things clear in my mind.

    <react-component> is not a React component, but an Angular directive that delegates to a React component. Therefore, you should not expect the interface of this tag to be the same as the one of a React component. More precisely, you can only use the props attribute and can not set your react properties by adding more attributes to this tag. If you want to be able to write something like <react-component firstname="person.firstname" lastname="person.lastname"> you will have to use reactDirective to create a specific Angular directive.

    You have to set an object as the props attribute of the react-component tag, because it will be used as the value of this.props in the code of your React class. For example if you set the props attribute to a string (person.name instead of person in the above example) , you will have trouble using it on the React side because you will get an object built from the enumeration of the string. Therefore, the above example can not be made simpler. If we had written $scope.name = 'you' we could not have passed it correctly to the react component.

    The above was tested with angular@1.5.8, ngreact@0.3.0, react@15.3.0 and react-dom@15.3.0.

    All in all, it worked well. Thank you to all the developers and contributors of these projects.


  • Testing salt formulas with testinfra

    2016/07/21 by Philippe Pepiot

    In a previous post we talked about an environment to develop salt formulas. To add some spicy requirements, the formula must now handle multiple target OS (Debian and Centos), have tests and a continuous integration (CI) server setup.

    http://testinfra.readthedocs.io/en/latest/_static/logo.png

    I started a year ago to write a framework to this purpose, it's called testinfra and is used to execute commands on remote systems and make assertions on the state and the behavior of the system. The modules API provides a pythonic way to inspect the system. It has a smooth integration with pytest that adds some useful features out of the box like parametrization to run tests against multiple systems.

    Writing useful tests is not an easy task, my advice is to test code that triggers implicit actions, code that has caused issues in the past or simply test the application is working correctly like you would do in the shell.

    For instance this is one of the tests I wrote for the saemref formula

    def test_saemref_running(Process, Service, Socket, Command):
        assert Service("supervisord").is_enabled
    
        supervisord = Process.get(comm="supervisord")
        # Supervisor run as root
        assert supervisord.user == "root"
        assert supervisord.group == "root"
    
        cubicweb = Process.get(ppid=supervisord.pid)
        # Cubicweb should run as saemref user
        assert cubicweb.user == "saemref"
        assert cubicweb.group == "saemref"
        assert cubicweb.comm == "uwsgi"
        # Should have 2 worker process with 8 thread each and 1 http proccess with one thread
        child_threads = sorted([c.nlwp for c in Process.filter(ppid=cubicweb.pid)])
        assert child_threads == [1, 8, 8]
    
        # uwsgi should bind on all ipv4 adresses
        assert Socket("tcp://0.0.0.0:8080").is_listening
    
        html = Command.check_output("curl http://localhost:8080")
        assert "<title>accueil (Référentiel SAEM)</title>" in html
    

    Now we can run tests against a running container by giving its name or docker id to testinfra:

    % testinfra --hosts=docker://1a8ddedf8164 test_saemref.py
    [...]
    test/test_saemref.py::test_saemref_running[docker:/1a8ddedf8164] PASSED
    

    The immediate advantage of writing such test is that you can reuse it for monitoring purpose, testinfra can behave like a nagios plugin:

    % testinfra -qq --nagios --hosts=ssh://prod test_saemref.py
    TESTINFRA OK - 1 passed, 0 failed, 0 skipped in 2.31 seconds
    .
    

    We can now integrate the test suite in our run-tests.py by adding some code to build and run a provisioned docker image and add a test command that runs testinfra tests against it.

    provision_option = click.option('--provision', is_flag=True, help="Provision the container")
    
    @cli.command(help="Build an image")
    @image_choice
    @provision_option
    def build(image, provision=False):
        dockerfile = "test/{0}.Dockerfile".format(image)
        tag = "{0}-formula:{1}".format(formula, image)
        if provision:
            dockerfile_content = open(dockerfile).read()
            dockerfile_content += "\n" + "\n".join([
                "ADD test/minion.conf /etc/salt/minion.d/minion.conf",
                "ADD {0} /srv/formula/{0}".format(formula),
                "RUN salt-call --retcode-passthrough state.sls {0}".format(formula),
            ]) + "\n"
            dockerfile = "test/{0}_provisioned.Dockerfile".format(image)
            with open(dockerfile, "w") as f:
                f.write(dockerfile_content)
            tag += "-provisioned"
        subprocess.check_call(["docker", "build", "-t", tag, "-f", dockerfile, "."])
        return tag
    
    
    @cli.command(help="Spawn an interactive shell in a new container")
    @image_choice
    @provision_option
    @click.pass_context
    def dev(ctx, image, provision=False):
        tag = ctx.invoke(build, image=image, provision=provision)
        subprocess.call([
            "docker", "run", "-i", "-t", "--rm", "--hostname", image,
            "-v", "{0}/test/minion.conf:/etc/salt/minion.d/minion.conf".format(BASEDIR),
            "-v", "{0}/{1}:/srv/formula/{1}".format(BASEDIR, formula),
            tag, "/bin/bash",
        ])
    
    
    @cli.command(help="Run tests against a provisioned container",
                 context_settings={"allow_extra_args": True})
    @click.pass_context
    @image_choice
    def test(ctx, image):
        import pytest
        tag = ctx.invoke(build, image=image, provision=True)
        docker_id = subprocess.check_output([
            "docker", "run", "-d", "--hostname", image,
            "-v", "{0}/test/minion.conf:/etc/salt/minion.d/minion.conf".format(BASEDIR),
            "-v", "{0}/{1}:/srv/formula/{1}".format(BASEDIR, formula),
            tag, "tail", "-f", "/dev/null",
        ]).strip()
        try:
            ctx.exit(pytest.main(["--hosts=docker://" + docker_id] + ctx.args))
        finally:
            subprocess.check_call(["docker", "rm", "-f", docker_id])
    

    Tests can be run on a local CI server or on travis, they "just" require a docker server, here is an example of .travis.yml

    sudo: required
    services:
      - docker
    language: python
    python:
      - "2.7"
    env:
      matrix:
        - IMAGE=centos7
        - IMAGE=jessie
    install:
      - pip install testinfra
    script:
      - python run-tests.py test $IMAGE -- -v
    

    I wrote a dummy formula with the above code, feel free to use it as a template for your own formula or open pull requests and break some tests.

    There is a highly enhanced version of this code in the saemref formula repository, including:

    • Building a provisioned docker image with custom pillars, we use it to run an online demo
    • Destructive tests where each test is run in a dedicated "fresh" container
    • Run Systemd in the containers to get a system close to the production one (this enables the use of Salt service module)
    • Run a postgresql container linked to the tested container for specific tests like upgrading a Cubicweb instance.

    Destructive tests rely on advanced pytest features that may produce weird bugs when mixed together, too much magic involved here. Also, handling Systemd in docker is really painful and adds a lot of complexity, for instance some systemctl commands require a running systemd as PID 1 and this is not the case during the docker build phase. So the trade-off between complexity and these features may not be worth.

    There is also a lot of quite new tools to develop and test infrastructure code that you could include in your stack like test-kitchen, serverspec, and goss. Choose your weapon and go test your infrastructure code.


  • Developing salt formulas with docker

    2016/07/21 by Philippe Pepiot
    https://www.logilab.org/file/248336/raw/Salt-Logo.png

    While developing salt formulas I was looking for a simple and reproducible environment to allow faster development, less bugs and more fun. The formula must handle multiple target OS (Debian and Centos).

    The first barrier is the master/minion installation of Salt, but fortunately Salt has a masterless mode. The idea is quite simple, bring up a virtual machine, install a Salt minion on it, expose the code inside the VM and call Salt states.

    https://www.logilab.org/file/7159870/raw/docker.png

    At Logilab we like to work with docker, a lightweight OS-level virtualization solution. One of the key features is docker volumes to share local files inside the container. So I started to write a simple Python script to build a container with a Salt minion installed and run it with formula states and a few config files shared inside the VM.

    The formula I was working on is used to deploy the saemref project, which is a Cubicweb based application:

    % cat test/centos7.Dockerfile
    FROM centos:7
    RUN yum -y install epel-release && \
        yum -y install https://repo.saltstack.com/yum/redhat/salt-repo-latest-1.el7.noarch.rpm && \
        yum clean expire-cache && \
        yum -y install salt-minion
    
    % cat test/jessie.Dockerfile
    FROM debian:jessie
    RUN apt-get update && apt-get -y install wget
    RUN wget -O - https://repo.saltstack.com/apt/debian/8/amd64/latest/SALTSTACK-GPG-KEY.pub | apt-key add -
    RUN echo "deb http://repo.saltstack.com/apt/debian/8/amd64/latest jessie main" > /etc/apt/sources.list.d/saltstack.list
    RUN apt-get update && apt-get -y install salt-minion
    
    % cat test/minion.conf
    file_client: local
    file_roots:
      base:
        - /srv/salt
        - /srv/formula
    

    And finally the run-tests.py file, using the beautiful click module

    #!/usr/bin/env python
    import os
    import subprocess
    
    import click
    
    @click.group()
    def cli():
        pass
    
    formula = "saemref"
    BASEDIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
    
    image_choice = click.argument("image", type=click.Choice(["centos7", "jessie"]))
    
    
    @cli.command(help="Build an image")
    @image_choice
    def build(image):
        dockerfile = "test/{0}.Dockerfile".format(image)
        tag = "{0}-formula:{1}".format(formula, image)
        subprocess.check_call(["docker", "build", "-t", tag, "-f", dockerfile, "."])
        return tag
    
    
    @cli.command(help="Spawn an interactive shell in a new container")
    @image_choice
    @click.pass_context
    def dev(ctx, image):
        tag = ctx.invoke(build, image=image)
        subprocess.call([
            "docker", "run", "-i", "-t", "--rm", "--hostname", image,
            "-v", "{0}/test/minion.conf:/etc/salt/minion.d/minion.conf".format(BASEDIR),
            "-v", "{0}/{1}:/srv/formula/{1}".format(BASEDIR, formula),
            tag, "/bin/bash",
        ])
    
    
    if __name__ == "__main__":
        cli()
    

    Now I can run quickly multiple containers and test my Salt states inside the containers while editing the code locally:

    % ./run-tests.py dev centos7
    [root@centos7 /]# salt-call state.sls saemref
    
    [ ... ]
    
    [root@centos7 /]# ^D
    % # The container is destroyed when it exits
    

    Notice that we could add some custom pillars and state files simply by adding specific docker shared volumes.

    With a few lines we created a lightweight vagrant like, but faster, with docker instead of virtualbox and it remain fully customizable for future needs.


  • Agile France 2016

    2016/06/30 by Marla Da Silva

    Nous avons assisté à la conférence Agile France qui a eu lieu les 16 et 17 juin au Chalet de la Porte Jaune, à Paris.

    La grande conférence agile francophone, de la communauté pour la communauté, réalisée dans un lieu exceptionnel proposait d'aborder différents sujets, tels que les méthodes agiles, l'intelligence collective et la facilitation, le développement de logiciels, l'expérience utilisateur d'innovation, les organisations et leur management, etc.

    Dans un cadre très agréable permettant de s'échapper de l'ambiance urbaine, notre équipe a pu assister à quelques conférences qui ont attirées notre attention :

    Facilitation graphique

    Jean-Pierre Bonnafous, qui a participé aux 15 ans de Logilab, a invité les participants à réagir tout au long de ces deux jours et a mis en image leurs retours.

    https://www.logilab.org/file/6729471/raw

    Toutes les sessions d'Agile France étaient présentées sur une fresque. Nous, nous sommes fans !

    https://www.logilab.org/file/6831358/raw

    Utilisateur, fais moi mal : la ditacture du test

    Emilie-Anne Gerch et Nicolas Moreau ont parlé de l'importance du test utilisateur d'une façon dynamique et ont partagé leur expérience concernant le site d'AXA Assurances avec une approche assez drôle : les designers viennent de Vénus et les développeurs de Mars, les utilisateurs sont, quant à eux, de bons Terriens. Comment ramener sur Terre un designer un peu trop perché ou sortir de sa grotte un développeur pour qui un texte blanc sur fond noir est la norme ?

    Grande leçon pour les designers, les développeurs et les chefs de projet, car ceux qui apportent la bonne réponse ce sont les utilisateurs. Selon eux, c'est le jury le plus juste, car ce sont eux qui utilisent le produit final. Les utilisateurs finaux constituent le jury le plus sévère mais le plus juste qui soit. Ils ont des mots parfois crus et des doigts qui cliquent partout sauf là où on avait pensé. :-)

    Les tests utilisateur permettent de tester un produit en conditions réelles. Grâce à ceux-ci, il est possible de recueillir des informations utiles pour améliorer le produit. Ils permettent de donner une priorité à différentes fonctionnalités ou idées. Ils permettent de reconnaître les fonctionnalités à conserver (les plus utilisées, les plus demandées...) et celles à supprimer (celles que personne ne voit ou n'utilise). Ils constituent aussi un moyen d'intégrer efficacement l'utilisateur dans la conception.

    Quelques points permettant de mieux comprendre la psychologie de l'utilisateur :

    L'être humain utilise rarement un outil pour sa fonction primaire. Il est partisan du moindre effort, il bricole et modifie les outils de manière à les adapter à son besoin.

    L'utilisateur souhaite avant tout aller à l'essentiel.

    Il ne veut pas avoir la sensation de devoir apprendre. Il ne lit pas les manuels, il pioche les informations dont il a besoin lorsque la nécessité se fait sentir.

    Il est influencé par l'extérieur (le bruit, un interlocuteur), par son état émotionnel (le stress, la somnolence...) et par son vécu (il calque ses actions sur ce qu'il a déjà pratiqué ailleurs). Son expérience s'étend au delà du numérique.

    Il est "techno-aveugle" : il veut avant tout que ça marche, la technique utilisée ne l'intéresse pas.

    Il est bienveillant : il aura tendance à se blâmer au lieu de remettre en cause le produit et donne des retours d'expérience très facilement.

    Présentation

    Un iceberg pour explorer ce qui ne va pas

    Certains d'entre-nous ont assisté à la conférence Un iceberg pour explorer ce qui ne va pas, animée par Emmanuel Gaillot et Raphaël Pierquin. La session portait sur la découverte de nos réactions face à un évènement donné.

    Cette conférence a démarré par une démonstration pratique basée sur la métaphore de l'iceberg créée par Virginia Satir. Il arrive qu'on agisse et qu'on réagisse d'une manière qui nous surprend ou nous dépasse. Pendant cette session, nous avons exploré ces situations à l'aide d'un exercice inventé par Virginia Satir, basé sur la métaphore de l'iceberg (ce qui est émergé est observable, ce qui est immergé se passe au-dedans). Les participant·e·s ont pu ainsi s'approprier un format de réflexion simple à suivre pour apprendre à mieux se connaître — et possiblement apprendre à mieux s'apprécier.

    Raphaël Pierquin a choisi un évènement qu'il a contextualisé en décrivant les comportements de chaque personne impliquée dans son récit, puis a présenté sa stratégie par rapport à cet évènement. Guidé par Emmanuel Gaillot, qui avait au préalable disposé des feuilles de papier au sol sur lesquelles étaient écrits les intitulés de chaque "case" de l'iceberg, il a ensuite déroulé devant l'assemblée toutes les étapes présentes sous le niveau de l'eau de l'iceberg. À chaque changement de "case" dans son récit, Raphaël se déplaçait vers la feuille idoine, établissant ainsi son propre cheminement physique et mental. Nous avons ensuite eu l'occasion de pratiquer par trinôme puis de discuter de cette méthode avec Emmanuel et Raphaël.

    https://www.logilab.org/file/6832314/raw

    DDD : et si on reprenait l'histoire par le bon bout ? Tout simplement.

    La conférence sur le DDD (Domain Driven Design), par Thomas Pierrainet Jérémie Grodziski a été une synthèse intéressante sur une approche de conception et de développement permettant de se concentrer sur la valeur métier. Cette approche permet notamment de communiquer efficacement et de collaborer avec les experts métier (qui doivent être capables de lire et comprendre notre code !). Les conférenciers ont su extraire certains principes et patrons de conception du fameux "blue book" à l'origine de cette expression, et les rendre accessibles : les "values objects", la couche anti-corruption, l'architecture hexagonale, etc.

    Forum Ouvert

    À cette occasion plus d'une trentaine d'orateurs ont proposé un sujet qui leur tenait à coeur. Les personnes intéressées pouvaient débattre sur chaque sujet en groupes spontanés répartis dans tout l'espace de la conférence pendant 45 minutes.

    Dans ce type d'activité, les groupes sont petits et donc la répartition du temps de parole est assez homogène.

    Juliette de notre équipe a animé le forum "le bonheur au travail" avec une vingtaine de personnes, elle a pu recueillir beaucoup d'idées intéressantes.

    Voici quelques idées qui se sont dégagées de la reflexion :

    https://www.logilab.org/file/6831796/raw

    Mindfulness & Agile

    Dov Tsal Sela nous a présenté "Comprendre tes équipes, pour comprendre à toi-même". La pleine conscience est l'art de regarder le moment présent avec clarté. En nous conseillant de faire un voyage à travers le Taoïsme, les neurosciences et le royaume animal pour comprendre comment sont prises les décisions personnelles et en groupes (et qui les prend…)

    Au cours de cet atelier, nous avons pu visionner des vidéos, et même méditer un peu.

    Comment j'ai recruté mon pair ?

    Juliette a assisté à une conférence animée par Houssam Fakih et Jonathan Salmona centrée sur le recrutement. Partant du principe que les profils trop semblables feront les mêmes erreurs et souhaitant recruter les bonnes personnes pour leur société, ils ont développé leur propre méthode d'évaluation. L'entretien est, pour eux, une des nombreuses vitrines de l'entreprise, aussi souhaitent-ils que cette expérience se déroule de la manière la plus professionnelle possible. Ils ont établi un modèle d'entretien, ce qui assure l'équitabilité des chances pour tous les candidats. Ils ont présenté leur grille d'évaluation, les différentes difficultés rencontrées, les pièges à éviter, les retours de leurs candidats, le suivi des nouvelles recrues ...

    Mais aussi...

    Laura a participé à une discussion intéressante sur le travail agile réparti sur plusieurs sites. De nombreux participants ont fait des retours sur leur expérience, qui parfois impliquait une équipe de développement répartie dans plusieurs pays. À la distance peuvent donc s'ajouter des difficultés liées aux différences culturelles. En laissant de côté ce dernier aspect qui nous concerne moins à Logilab, plusieurs éléments sont applicables sur nos développements répartis entre Paris et Toulouse :

    Des obstacles à garder en tête :

    Il est difficile de capter le ressenti à distance.

    À distance, on ne bénéficie pas de l'"info café" : ces conversations informelles dans le couloir ou la salle café, qui souvent contiennent des informations utiles pour le projet en cours.

    Certaines pratiques sont plus compliquées à distance : rétrospective, planning poker... Mais il existe des applications en ligne pour ça.

    Il est important de :

    Se rencontrer régulièrement, pour partager la même vision et souder les équipes.

    En début de projet, se mettre d'accord sur un "contrat de développement", avec entre autres les bonnes pratiques et le processus de revue et d'intégration.

    Que tout le monde ait accès à la même information : idéalement, le product owner devrait être sur un troisième site distant, pour ne "favoriser" personne. Si il n'y a pas de PO, faire en sorte que des développeurs de chaque site puissent assister régulièrement aux réunions client.

    Et enfin, pourquoi pas...

    Mettre des webcams en salle de pause.

    Faire du pair-programming réparti.


  • Nous recrutons !

    2016/06/29 by Marla Da Silva

    Vous êtes passionné(e) d'informatique et souhaitez comprendre et maîtriser le fonctionnement de toute la pile applicative, de la base de données à la feuille de style, pour concevoir et développer des produits avec agilité ?

    Nous aussi !

    https://www.logilab.org/file/6817931/raw

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  • Introduction to thesauri and SKOS

    2016/06/27 by Yann Voté

    Recently, I've faced the problem to import the European Union thesaurus, Eurovoc, into cubicweb using the SKOS cube. Eurovoc doesn't follow the SKOS data model and I'll show here how I managed to adapt Eurovoc to fit in SKOS.

    This article is in two parts:

    • this is the first part where I introduce what a thesaurus is and what SKOS is,
    • the second part will show how to convert Eurovoc to plain SKOS.

    The whole text assumes familiarity with RDF, as describing RDF would require more than a blog entry and is out of scope.

    What is a thesaurus ?

    A common need in our digital lives is to attach keywords to documents, web pages, pictures, and so on, so that search is easier. For example, you may want to add two keywords:

    • lily,
    • lilium

    in a picture's metadata about this flower. If you have a large collection of flower pictures, this will make your life easier when you want to search for a particular species later on.

    free-text keywords on a picture

    In this example, keywords are free: you can choose whatever keyword you want, very general or very specific. For example you may just use the keyword:

    • flower

    if you don't care about species. You are also free to use lowercase or uppercase letters, and to make typos...

    free-text keyword on a picture

    On the other side, sometimes you have to select keywords from a list. Such a constrained list is called a controlled vocabulary. For instance, a very simple controlled vocabulary with only two keywords is the one about a person's gender:

    • male (or man),
    • female (or woman).
    a simple controlled vocabulary

    But there are more complex examples: think about how a library organizes books by themes: there are very general themes (eg. Science), then more and more specific ones (eg. Computer science -> Software -> Operating systems). There may also be synonyms (eg. Computing for Computer science) or referrals (eg. there may be a "see also" link between keywords Algebra and Geometry). Such a controlled vocabulary where keywords are organized in a tree structure, and with relations like synonym and referral, is called a thesaurus.

    an example thesaurus with a tree of keywords

    For the sake of simplicity, in the following we will call thesaurus any controlled vocabulary, even a simple one with two keywords like male/female.

    SKOS

    SKOS, from the World Wide Web Consortium (W3C), is an ontology for the semantic web describing thesauri. To make it simple, it is a common data model for thesauri that can be used on the web. If you have a thesaurus and publish it on the web using SKOS, then anyone can understand how your thesaurus is organized.

    SKOS is very versatile. You can use it to produce very simple thesauri (like male/female) and very complex ones, with a tree of keywords, even in multiple languages.

    To cope with this complexity, SKOS data model splits each keyword into two entities: a concept and its labels. For example, the concept of a male person have multiple labels: male and man in English, homme and masculin in French. The concept of a lily flower also has multiple labels: lily in English, lilium in Latin, lys in French.

    Among all labels for a given concept, some can be preferred, while others are alternative. There may be only one preferred label per language. In the person's gender example, man may be the preferred label in English and male an alternative one, while in French homme would be the preferred label and masculin and alternative one. In the flower example, lily (resp. lys) is the preferred label in English (resp. French), and lilium is an alternative label in Latin (no preferred label in Latin).

    SKOS concepts and labels

    And of course, in SKOS, it is possible to say that a concept is broader than another one (just like topic Science is broader than topic Computer science).

    So to summarize, in SKOS, a thesaurus is a tree of concepts, and each concept have one or more labels, preferred or alternative. A thesaurus is also called a concept scheme in SKOS.

    Also, please note that SKOS data model is slightly more complicated than what we've shown here, but this will be sufficient for our purpose.

    RDF URIs defined by SKOS

    In order to publish a thesaurus in RDF using SKOS ontology, SKOS introduces the "skos:" namespace associated to the following URI: http://www.w3.org/2004/02/skos/core#.

    Within that namespace, SKOS defines some classes and predicates corresponding to what has been described above. For example:

    • the triple (<uri>, rdf:type, skos:ConceptScheme) says that <uri> belongs to class skos:ConceptScheme (that is, is a concept scheme),
    • the triple (<uri>, rdf:type, skos:Concept) says that <uri> belongs to class skos:Concept (that is, is a concept),
    • the triple (<uri>, skos:prefLabel, <literal>) says that <literal> is a preferred label for concept <uri>,
    • the triple (<uri>, skos:altLabel, <literal>) says that <literal> is an alternative label for concept <uri>,
    • the triple (<uri1>, skos:broader, <uri2>) says that concept <uri2> is a broder concept of <uri1>.

  • One way to convert Eurovoc into plain SKOS

    2016/06/27 by Yann Voté

    This is the second part of an article where I show how to import the Eurovoc thesaurus from the European Union into an application using a plain SKOS data model. I've recently faced the problem of importing Eurovoc into CubicWeb using the SKOS cube, and the solution I've chose is discussed here.

    The first part was an introduction to thesauri and SKOS.

    The whole article assumes familiarity with RDF, as describing RDF would require more than a blog entry and is out of scope.

    Difficulties with Eurovoc and SKOS

    Eurovoc

    Eurovoc is the main thesaurus covering European Union business domains. It is published and maintained by the EU commission. It is quite complex and big, structured as a tree of keywords.

    You can see Eurovoc keywords and browse the tree from the Eurovoc homepage using the link Browse the subject-oriented version.

    For example, when publishing statistics about education in the EU, you can tag the published data with the broadest keyword Education and communications. Or you can be more precise and use the following narrower keywords, in increasing order of preference: Education, Education policy, Education statistics.

    Problem: hierarchy of thesauri

    The EU commission uses SKOS to publish its Eurovoc thesaurus, so it should be straightforward to import Eurovoc into our own application. But things are not that simple...

    For some reasons, Eurovoc uses a hierarchy of concept schemes. For example, Education and communications is a sub-concept scheme of Eurovoc (it is called a domain), and Education is a sub-concept scheme of Education and communications (it is called a micro-thesaurus). Education policy is (a label of) the first concept in this hierarchy.

    But with SKOS this is not possible: a concept scheme cannot be contained into another concept scheme.

    Possible solutions

    So to import Eurovoc into our SKOS application, and not loose data, one solution is to turn sub-concept schemes into concepts. We have two strategies:

    • keep only one concept scheme (Eurovoc) and turn domains and micro-thesauri into concepts,
    • keep domains as concept schemes, drop Eurovoc concept scheme, and only turn micro-thesauri into concepts.

    Here we will discuss the latter solution.

    Lets get to work

    Eurovoc thesaurus can be downloaded at the following URL: http://publications.europa.eu/mdr/resource/thesaurus/eurovoc/skos/eurovoc_skos.zip

    The ZIP archive contains only one XML file named eurovoc_skos.rdf. Put it somewhere where you can find it easily.

    To read this file easily, we will use the RDFLib Python library. This library makes it really convenient to work with RDF data. It has only one drawback: it is very slow. Reading the whole Eurovoc thesaurus with it takes a very long time. Make the process faster is the first thing to consider for later improvements.

    Reading the Eurovoc thesaurus is as simple as creating an empty RDF Graph and parsing the file. As said above, this takes a long long time (from half an hour to two hours).

    import rdflib
    
    eurovoc_graph = rdflib.Graph()
    eurovoc_graph.parse('<path/to/eurovoc_skos.rdf>', format='xml')
    
    <Graph identifier=N52834ca3766d4e71b5e08d50788c5a13 (<class 'rdflib.graph.Graph'>)>
    

    We can see that Eurovoc contains more than 2 million triples.

    len(eurovoc_graph)
    
    2828910
    

    Now, before actually converting Eurovoc to plain SKOS, lets introduce some helper functions:

    • the first one, uriref(), will allow us to build RDFLib URIRef objects from simple prefixed URIs like skos:prefLabel or dcterms:title,
    • the second one, capitalized_eurovoc_domains(), is used to convert Eurovoc domain names, all uppercase (eg. 32 EDUCATION ET COMMUNICATION) to a string where only first letter is uppercase (eg. 32 Education and communication)
    import re
    
    from rdflib import Literal, Namespace, RDF, URIRef
    from rdflib.namespace import DCTERMS, SKOS
    
    eu_ns = Namespace('http://eurovoc.europa.eu/schema#')
    thes_ns = Namespace('http://purl.org/iso25964/skos-thes#')
    
    prefixes = {
        'dcterms': DCTERMS,
        'skos': SKOS,
        'eu': eu_ns,
        'thes': thes_ns,
    }
    
    def uriref(prefixed_uri):
        prefix, value = prefixed_uri.split(':', 1)
        ns = prefixes[prefix]
        return ns[value]
    
    def capitalized_eurovoc_domain(domain):
        """Return the given Eurovoc domain name with only the first letter uppercase."""
        return re.sub(r'^(\d+\s)(.)(.+)$',
                      lambda m: u'{0}{1}{2}'.format(m.group(1), m.group(2).upper(), m.group(3).lower()),
                      domain, re.UNICODE)
    

    Now the actual work. After using variables to reference URIs, the loop will parse each triple in original graph and:

    • discard it if it contains deprecated data,
    • if triple is like (<uri>, rdf:type, eu:Domain), replace it with (<uri>, rdf:type, skos:ConceptScheme),
    • if triple is like (<uri>, rdf:type, eu:MicroThesaurus), replace it with (<uri>, rdf:type, skos:Concept) and add triple (<uri>, skos:inScheme, <domain_uri>),
    • if triple is like (<uri>, rdf:type, eu:ThesaurusConcept), replace it with (<uri>, rdf:type, skos:Concept),
    • if triple is like (<uri>, skos:topConceptOf, <microthes_uri>), replace it with (<uri>, skos:broader, <microthes_uri>),
    • if triple is like (<uri>, skos:inScheme, <microthes_uri>), replace it with (<uri>, skos:inScheme, <domain_uri>),
    • keep triples like (<uri>, skos:prefLabel, <label_uri>), (<uri>, skos:altLabel, <label_uri>), and (<uri>, skos:broader, <concept_uri>),
    • discard all other non-deprecated triples.

    Note that, to replace a micro thesaurus with a domain, we have to build a mapping between each micro thesaurus and its containing domain (microthes2domain dict).

    This loop is also quite long.

    eurovoc_ref = URIRef(u'http://eurovoc.europa.eu/100141')
    deprecated_ref = URIRef(u'http://publications.europa.eu/resource/authority/status/deprecated')
    title_ref = uriref('dcterms:title')
    status_ref = uriref('thes:status')
    class_domain_ref = uriref('eu:Domain')
    rel_domain_ref = uriref('eu:domain')
    microthes_ref = uriref('eu:MicroThesaurus')
    thesconcept_ref = uriref('eu:ThesaurusConcept')
    concept_scheme_ref = uriref('skos:ConceptScheme')
    concept_ref = uriref('skos:Concept')
    pref_label_ref = uriref('skos:prefLabel')
    alt_label_ref = uriref('skos:altLabel')
    in_scheme_ref = uriref('skos:inScheme')
    broader_ref = uriref('skos:broader')
    top_concept_ref = uriref('skos:topConceptOf')
    
    microthes2domain = dict((mt, next(eurovoc_graph.objects(mt, uriref('eu:domain'))))
                            for mt in eurovoc_graph.subjects(RDF.type, uriref('eu:MicroThesaurus')))
    
    new_graph = rdflib.ConjunctiveGraph()
    for subj_ref, pred_ref, obj_ref in eurovoc_graph:
        if deprecated_ref in list(eurovoc_graph.objects(subj_ref, status_ref)):
            continue
        # Convert eu:Domain into a skos:ConceptScheme
        if obj_ref == class_domain_ref:
            new_graph.add((subj_ref, RDF.type, concept_scheme_ref))
            for title in eurovoc_graph.objects(subj_ref, pref_label_ref):
                if title.language == u'en':
                    new_graph.add((subj_ref, title_ref,
                                   Literal(capitalized_eurovoc_domain(title))))
                    break
        # Convert eu:MicroThesaurus into a skos:Concept
        elif obj_ref == microthes_ref:
            new_graph.add((subj_ref, RDF.type, concept_ref))
            scheme_ref = next(eurovoc_graph.objects(subj_ref, rel_domain_ref))
            new_graph.add((subj_ref, in_scheme_ref, scheme_ref))
        # Convert eu:ThesaurusConcept into a skos:Concept
        elif obj_ref == thesconcept_ref:
            new_graph.add((subj_ref, RDF.type, concept_ref))
        # Replace <concept> topConceptOf <MicroThesaurus> by <concept> broader <MicroThesaurus>
        elif pred_ref == top_concept_ref:
            new_graph.add((subj_ref, broader_ref, obj_ref))
        # Replace <concept> skos:inScheme <MicroThes> by <concept> skos:inScheme <Domain>
        elif pred_ref == in_scheme_ref and obj_ref in microthes2domain:
            new_graph.add((subj_ref, in_scheme_ref, microthes2domain[obj_ref]))
        # Keep label triples
        elif (subj_ref != eurovoc_ref and obj_ref != eurovoc_ref
              and pred_ref in (pref_label_ref, alt_label_ref)):
            new_graph.add((subj_ref, pred_ref, obj_ref))
        # Keep existing skos:broader relations and existing concepts
        elif pred_ref == broader_ref or obj_ref == concept_ref:
            new_graph.add((subj_ref, pred_ref, obj_ref))
    

    We can check that we now have far less triples than before.

    len(new_graph)
    
    388582
    

    Now we dump this new graph to disk. We choose the Turtle format as it is far more readable than RDF/XML for humans, and slightly faster to parse for machines. This file will contain plain SKOS data that can be directly imported into any application able to read SKOS.

    with open('eurovoc.n3', 'w') as f:
        new_graph.serialize(f, format='n3')
    

    With CubicWeb using the SKOS cube, it is a one command step:

    cubicweb-ctl skos-import --cw-store=massive <instance_name> eurovoc.n3
    

  • Installing Debian Jessie on a "pure UEFI" system

    2016/06/13 by David Douard

    At the core of the Logilab infrastructure is a highly-available pair of small machines dedicated to our main directory and authentication services: LDAP, DNS, DHCP, Kerberos and Radius.

    The machines are small fanless boxes powered by a 1GHz Via Eden processor, 512Mb of RAM and 2Gb of storage on a CompactFlash module.

    They have served us well for many years, but now is the time for an improvement. We've bought a pair of Lanner FW-7543B that have the same form-factor. They are not fanless, but are much more powerful. They are pretty nice, but have one major drawback: their firmware does not boot on a legacy BIOS-mode device when set up in UEFI. Another hard point is that they do not have a video connector (there is a VGA output on the motherboard, but the connector is optional), so everything must be done via the serial console.

    https://www.logilab.org/file/6679313/raw/FW-7543_front.jpg

    I knew the Debian Jessie installer would provide everything that is required to handle an UEFI-based system, but it took me a few tries to get it to boot.

    First, I tried the standard netboot image, but the firmware did not want to boot from a USB stick, probably because the image requires a MBR-based bootloader.

    Then I tried to boot from the Refind bootable image and it worked! At least I had the proof this little beast could boot in UEFI. But, although it is probably possible, I could not figure out how to tweak the Refind config file to make it boot properly the Debian installer kernel and initrd.

    https://www.logilab.org/file/6679257/raw/uefi_lanner_nope.png

    Finally I gave a try to something I know much better: Grub. Here is what I did to have a working UEFI Debian installer on a USB key.

    Partitionning

    First, in the UEFI world, you need a GPT partition table with a FAT partition typed "EFI System":

    david@laptop:~$ sudo fdisk /dev/sdb
    Welcome to fdisk (util-linux 2.25.2).
    Changes will remain in memory only, until you decide to write them.
    Be careful before using the write command.
    
    Command (m for help): g
    Created a new GPT disklabel (GUID: 52FFD2F9-45D6-40A5-8E00-B35B28D6C33D).
    
    Command (m for help): n
    Partition number (1-128, default 1): 1
    First sector (2048-3915742, default 2048): 2048
    Last sector, +sectors or +size{K,M,G,T,P} (2048-3915742, default 3915742):  +100M
    
    Created a new partition 1 of type 'Linux filesystem' and of size 100 MiB.
    
    Command (m for help): t
    Selected partition 1
    Partition type (type L to list all types): 1
    Changed type of partition 'Linux filesystem' to 'EFI System'.
    
    Command (m for help): p
    Disk /dev/sdb: 1.9 GiB, 2004877312 bytes, 3915776 sectors
    Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
    Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
    I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
    Disklabel type: gpt
    Disk identifier: 52FFD2F9-45D6-40A5-8E00-B35B28D6C33D
    
    Device     Start    End Sectors  Size Type
    /dev/sdb1   2048 206847  204800  100M EFI System
    
    Command (m for help): w
    

    Install Grub

    Now we need to install a grub-efi bootloader in this partition:

    david@laptop:~$ pmount sdb1
    david@laptop:~$ sudo grub-install --target x86_64-efi --efi-directory /media/sdb1/ --removable --boot-directory=/media/sdb1/boot
    Installing for x86_64-efi platform.
    Installation finished. No error reported.
    

    Copy the Debian Installer

    Our next step is to copy the Debian's netboot kernel and initrd on the USB key:

    david@laptop:~$ mkdir /media/sdb1/EFI/debian
    david@laptop:~$ wget -O /media/sdb1/EFI/debian/linux http://ftp.fr.debian.org/debian/dists/jessie/main/installer-amd64/current/images/netboot/debian-installer/amd64/linux
    --2016-06-13 18:40:02--  http://ftp.fr.debian.org/debian/dists/jessie/main/installer-amd64/current  /images/netboot/debian-installer/amd64/linux
    Resolving ftp.fr.debian.org (ftp.fr.debian.org)... 212.27.32.66, 2a01:e0c:1:1598::2
    Connecting to ftp.fr.debian.org (ftp.fr.debian.org)|212.27.32.66|:80... connected.
    HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
    Length: 3120416 (3.0M) [text/plain]
    Saving to: ‘/media/sdb1/EFI/debian/linux’
    
    /media/sdb1/EFI/debian/linux      100%[========================================================>]   2.98M      464KB/s   in 6.6s
    
    2016-06-13 18:40:09 (459 KB/s) - ‘/media/sdb1/EFI/debian/linux’ saved [3120416/3120416]
    
    david@laptop:~$ wget -O /media/sdb1/EFI/debian/initrd.gz http://ftp.fr.debian.org/debian/dists/jessie/main/installer-amd64/current/images/netboot/debian-installer/amd64/initrd.gz
    --2016-06-13 18:41:30--  http://ftp.fr.debian.org/debian/dists/jessie/main/installer-amd64/current/images/netboot/debian-installer/amd64/initrd.gz
    Resolving ftp.fr.debian.org (ftp.fr.debian.org)... 212.27.32.66, 2a01:e0c:1:1598::2
    Connecting to ftp.fr.debian.org (ftp.fr.debian.org)|212.27.32.66|:80... connected.
    HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
    Length: 15119287 (14M) [application/x-gzip]
    Saving to: ‘/media/sdb1/EFI/debian/initrd.gz’
    
    /media/sdb1/EFI/debian/initrd.g    100%[========================================================>]  14.42M    484KB/s   in 31s
    
    2016-06-13 18:42:02 (471 KB/s) - ‘/media/sdb1/EFI/debian/initrd.gz’ saved [15119287/15119287]
    

    Configure Grub

    Then, we must write a decent grub.cfg file to load these:

    david@laptop:~$ echo >/media/sdb1/boot/grub/grub.cfg <<EOF
    menuentry "Jessie Installer" {
      insmod part_msdos
      insmod ext2
      insmod part_gpt
      insmod fat
      insmod gzio
      echo  'Loading Linux kernel'
      linux /EFI/debian/linux --- console=ttyS0,115200
      echo 'Loading InitRD'
      initrd /EFI/debian/initrd.gz
    }
    EOF
    

    Et voilà, piece of cake!


  • J'étais au raid agile #5 !

    2016/05/10 by Laura Médioni
    https://www.logilab.org/file/5920040/raw/gite.jpeg

    J'ai à mon tour eu l'opportunité de participer au raid agile #5 organisé par Pablo Pernot et Claude Aubry dans les Cévennes le mois dernier, et j'en suis revenue ravie. Ces quelques jours en immersion dans un cadre magnifique permettent de se déconnecter du quotidien pour se concentrer pleinement sur l'agilité, le tout dans une ambiance chaleureuse. La formation est dense, mais elle est orientée pratique, prévoit des pauses et fait la part belle aux échanges, conseils et retours d'expérience, ce qui fait qu'on ne voit pas le temps passer. J'y ai appris beaucoup de choses, principalement sur des outils de définition d'un produit que nous utilisons peu (pas assez ?) chez Logilab.

    J'ai donc apprécié tout particulièrement les ateliers sur la définition des parties prenantes, des personas (et dans la même idée, je vais me renseigner sur l'empathy mapping). J'ai également pu découvrir l'impact mapping, le petit plus étant de le précéder d'une étude d'impacts rétro-futuriste, qui permet d'identifier les vrais besoins : on se projette dans un futur où le produit connaît un succès total, en se mettant dans la peau de la ou des persona(s) principale(s). On se "souvient" des raisons (orientées comportement) qui font qu'on ne pourrait plus se passer du produit: les impacts.

    En mars 2015, Sylvain Thénault était revenu du raid agile avec ces réflexions. Un an après, je profite de l'occasion pour faire un point sur la façon dont nos pratiques ont évolué, et les choses sur lesquelles j'aimerais avancer suite à mon expérience du raid.

    En un an, nous avons progressé sur pas mal d'aspects à Toulouse :

    • Nous travaillons plus en équipe, chaque individu étant maintenant apte à intervenir sur davantage de projets différents. C'est extrêmement positif, puisque cela permet mieux de gérer la charge, surtout dans un contexte où nous sommes peu nombreux et intervenons sur beaucoup de projets petits à moyens, avec des dates butoir parfois serrées et des congés à gérer. Une montée en compétence a été réalisée au passage, et j'ai l'impression que globalement l'esprit d'équipe et la communication en ont été renforcés.
    • Après pas mal de réflexion et d'évolutions, notre "kanban" est maintenant un peu plus stable (il ressemble à un kanban mais n'en est pas vraiment un, car pas de limites ni de flux tiré). Nous utilisons les colonnes classiques "backlog", "ready", "doing", "review", et une ligne par projet en cours. Sur chaque post-it contenant une tâche, on ajoute une pastille de couleur représentant la personne en charge de sa réalisation. Un coup d’œil rapide permet donc de visualiser les projets sur lesquels il y a trop de travail en attente, en cours ou à intégrer, ainsi que les sous-charges ou surcharges des membres de l'équipe.
    • Toujours dans la catégorie du management visuel: nous avons maintenant un tableau d'obstacles, ainsi qu'un "tableau des contraintes" (mis à jour une fois par semaine) permettant de résumer par projet les risques, dates butoir, charge restante, absence de membres de l'équipe de développement, etc. Ce tableau facilite l'affectation des membres de l'équipe sur les différents projets et le respect des délais.
    • Nous avons effectué deux delegation board à un an d'intervalle. Cela nous a permis d'identifier des éléments clé dans notre travail au quotidien, de clarifier les rôles les concernant et de soulever des problèmes liés. On a pu noter des améliorations lors de la seconde session, par rapport à la première (principalement au niveau organisationnel).
    • Nous essayons de faire une rétrospective tous les mois. Celles que nous avons faites nous ont permis d'améliorer nos pratiques (nous avons notamment progressé sur nos réunions debout, et sur des notions de qualité via la rédaction commune d'un working agreement)

    En revanche, nous avons un nouveau fauteuil que personne n'utilise (peut-être ressemble-t-il trop à une chaise de bureau, me souffle-t-on dans l'oreillette) ! La question du rythme soutenable mentionnée par Sylvain ne semble pas être la préocupation principale, peut-être parce que malgré la charge fluctuante liée au contexte du travail dans une petite société de service, nous n'atteignons généralement pas un rythme insoutenable.

    Au cours de l'année à venir, je pense que nous pourrions travailler entre autres sur les points suivants :

    • Continuer à avancer sur le travail en équipe sur les projets, qui mérite d'être encore amélioré.
    • Travailler sur les rétrospectives : faire tourner le facilitateur, essayer de précéder la rétrospective d'un exercice d'"échauffement" pour se mettre dans le bain. Je suis revenue du raid avec de nouvelles idées de format, à tester !
    • Un atelier réalisé au cours du raid consistait à classer une grande quantité de pratiques agiles dans différentes catégories: en cours d'acquisition, acquis, non acquis, non souhaité. Réaliser cet exercice avec l'ensemble de l'équipe amènerait sûrement des discussions intéressantes. Cela permettrait en outre de partager une vision commune, et de repérer les points à améliorer en priorité dans nos pratiques.
    • Si l'occasion se présente, j'aimerais que nous essayions la cotation de l'extrême, découverte au cours du raid, efficace pour estimer grossièrement un gros backlog en peu de temps.
    • Utiliser dès que possible une partie des outils de définition de produit vus au cours du raid

  • Logilab était au Forum des Archivistes 2016

    2016/04/19 by Marla Da Silva

    Adrien Di Mascio représentait Logilab les jeudi 31 mars et vendredi 1er avril au congrès de l'Association des Archivistes Français qui s'est tenu à Troyes.

    https://www.logilab.org/file/5496185/raw

    Travaillant de plus en plus avec le monde des archives, notamment au travers du projet SAEM et de la réalisation du futur portail national FranceArchives, ce forum était pour nous l'occasion de nouer de nouveaux contacts et de nous tenir informés des projets en cours.

    Notre premier constat a été que le congrès a eu beaucoup de succès avec plus de 800 inscrits, un peu difficile donc de s'y retrouver une fois arrivés sur place !

    Nous n'avons pas pu assister à la table-ronde « Open data : promesses, prouesses et compromis », qui a eu lieu mercredi 30 mars. À cette occasion, Ruth Martinez a présenté le projet LibreThéâtre: une bibliothèque numérique des œuvres théâtrales du domaine public en téléchargement gratuit, un projet développé par nos soins.

    https://www.logilab.org/file/5557170/raw

    Pendant que les différentes AG se déroulaient, nous avons échangé avec quelques éditeurs de logiciels de gestion et publication des archives, notamment autour des questions des choix d'encodage EAD et en particulier de la possibilité (ou non) de pouvoir reconstruire une URL complète à partir des informations trouvées dans les nœuds dao qui ne contiennent souvent qu'un identifiant interne opaque. Dans ce cas, il est difficile de pointer directement vers l'élément numérisé même s'il est visible en ligne à travers une visionneuse.

    Nous avons enchaîné avec l'atelier sur ARK animé par Sébastien Peyrard et Jean-Philippe Tramoni de la BnF. Cela fait 5 ans que nous travaillons à la réalisation de http://data.bnf.fr/ ; connaissant très bien ce sujet, notre objectif était surtout d'écouter les questions des participants.

    Le reste de l'après-midi a surtout été consacré à moultes discussions sur la visualisation, la recherche et les attentes (imaginées) du grand public qui effectue des recherches dans les fonds d'archives.

    Le congrès a été l'occasion de découvrir certains beaux projets, notamment le futur http://data.alod.ch/ qui permettra d'exploiter les principes du Linked-Data et regroupera des données d'archives de plusieurs partenaires suisses. Nous avons hâte de voir les premières ébauches de l'interface de navigation.

    Petite déception du voyage : ne pas avoir pu assister aux ateliers datasprint


  • Our work for the OpenDreamKit project during the 77th Sage days

    2016/04/18 by Florent Cayré

    Logilab is part of OpenDreamKit, a Horizon 2020 European Research Infrastructure project that will run until 2019 and provides substantial funding to the open source computational mathematics ecosystem.

    https://www.logilab.org/file/5545539/raw

    One of the goals of this project is improve the packaging and documentation of SageMath, the open source alternative to Maple and Mathematica.

    The core developers of SageMath organised the 77th Sage days last week and Logilab has taken part, with David Douard, Julien Cristau and I, Florent Cayre.

    David and Julien have been working on packaging SageMath for Debian. This is a huge task (several man-months of work), split into two sub-tasks for now:

    • building SageMath with Debian-packaged versions of its dependencies, if available;
    • packaging some of the missing dependencies, starting with the most expected ones, like the latest releases of Jupyter and IPython.
    http://ipython.org/_static/IPy_header.png http://jupyter.org/assets/nav_logo.svg https://www.debian.org/Pics/hotlink/swirl-debian.png

    As a first result, the following packages have been pushed into Debian experimental:

    There is still a lot of work to be done, and packaging the notebook is the next task on the list.

    One hiccup along the way was a python crash involving multiple inheritance from Cython extensions classes. Having people nearby who knew the SageMath codebase well (or even wrote the relevant parts) was invaluable for debugging, and allowed us to blame a recent CPython change.

    Julien also gave a hand to Florent Hivert and Robert Lehmann who were trying to understand why building SageMath's documentation needed this much memory.

    As far as I am concerned, I made a prototype of a structured HTML documentation produced with Sphinx and containing Python executable code ran on https://tmpnb.org/ thanks to the Thebe javascript library that interfaces statically delivered HTML pages with a Jupyter notebook server.

    The Sage days have been an excellent opportunity to efficiently work on the technical tasks with skillfull and enthusiastic people. We would like to thank the OpenDreamKit core team for the organization and their hard work. We look forward to the next workshop.


  • Nous étions à pgDay, à Paris !

    2016/04/13 by Marla Da Silva

    Le 31 mars 2016, nous (David Douard et Julien Cristau) avons assisté à pgDay Paris, journée de conférences et d'échanges organisée par la communauté française et européenne de PostgreSQL.

    https://www.logilab.org/file/5463130/raw

    Sauvegardes

    Le matin, Magnus Hagander a donné des conseils sur les outils à utiliser pour faire des sauvegardes de bases postgreSQL. En résumé : ne pas écrire ses propres scripts de backup, ne pas utiliser pg_dump sauf si on tient à passer des heures de downtime à attendre le restore (on se souviendra qu'un backup a un comportement heisenbergien : tant qu'il n'a pas été restauré, son état est indéfini).

    I don't care how long a backup takes, I care about how long a restore takes!

    Magnus a insisté sur le temps que nécessite un restore comme une variable importante à prendre en compte (et qui disqualifie de facto l'utilisation de pg_dump).

    Il est préférable d'utiliser barman ou pg_basebackup et pg_receivexlog pour faire des backups physiques du cluster et conserver le WAL (donc avec une granularité au niveau de la transaction).

    À l'issue de sa présentation, Magnus a lancé un joli "Now, go home and rewrite your backup scripts!".

    Supervision

    Ensuite, Damien Clochard a présenté un rapide tour d’horizon des solutions de supervision pour PostgreSQL. L’occasion de présenter l’état de l’art de l’écosystème Postgres en matière d’outil de visualisation, depuis les classiques/génériques à la nagios jusqu'à des outils plus spécialisés (et précis) permettant de voir les problèmes de performance au niveau d'une application. On en retiendra trois.

    PGObserver est un outil d'analyse et de supervision de cluster Postgresql qui offre une interface web écrite en Python et un agent de récolement des données en Java.

    PGcluu permet d'auditer et d'analyser les performances d'un cluster Postgresql.

    pgBadger est un outil d'analyse des logs PostgreSQL qui est écrit en Perle, fonctionne en ligne de commande et produit des rapports HTML plutôt élégants.

    Et aussi

    Cette journée a été aussi l'occasion de rencontrer et d'échanger avec d'autres utilisateurs de PostgreSQL, ce qui est toujours très enrichissant. Par exemple, au détour d'une conversation avec Dimitri Fontaine, j'ai découvert la "licence morale". C'est sous cette licence qu'il publie son (formidable) outil d'import de données dans Postgresql, pgloader. Avec cette licence (dont il a volé l'idée à Varnish), c'est très simple :

    Happy pgloader users tell me that they want a pgloader Moral License. I send them an invoice from my company. They pay the invoice, I develop pgloader.

    Cerise sur la gâteau, Magnus nous a fait la surprise de sortir toute une série de versions de PostgreSQL on stage.


  • Mon premier Agile Games

    2016/03/15 by Sylvain Thenault

    Vendredi et samedi dernier j'ai participé à la 6ème édition de la non-conférence Agile Games France. J'étais assez privilégié sur ce coup-là puisqu'en plus de faire partie des heureux possesseurs d'une entrée, l'événement se déroulait dans mon village, Nailloux ! Voici un petit compte-rendu de ces deux jours.

    Pour commencer il faut savoir que Agile Games est une "non-conférence" : tout est auto-organisé, depuis le choix du lieu jusqu'à la sélection du programme en live. Comme dit Alex, "c'est un peu comme un forum ouvert, mais en moins organisé" ! Chacun affiche sur un mur les jeux qu'il se propose d'animer, voire ceux auxquels il voudrait jouer dans l'espoir que quelqu'un se propose. Ensuite c'est parti ! Et ça marche, moyennant qu'il ne faut pas rater le coche lorsqu'un jeu qui vous intéresse démarre.

    https://www.logilab.org/4980434?vid=download

    Le journée du vendredi a commencé pour moi par le cube bleu. L'objectif est de montrer notre rapport à l'engagement : comme chacun fonctionne différemment face à un engagement, ou encore la différence entre prendre un engagement individuel par rapport à un engagement collectif. Excellent rapport ludicité / apprentissage de mon point de vue.

    J'ai ensuite pas mal papilloné sans vraiment m'installer nulle part : crayon d'Ariane, Néo le robot agile, Playing lean ou encore le Bikascrum... Il y a de l'activité partout et même ainsi on ne s'ennuie pas. J'ai fini par m'installer en début d'après-midi dans un atelier aidant à comprendre et appliquer les principes de la communication non-violente. L'exercice est difficile mais intéressant (j'avoue être impressionné par la maitrise d'Isabel). Enfin, la journée s'est achevée par une petite dégustation de vin : "In vino veritas", animé par l'équipe nantaise d'Agile Garden. On y a approché la différence entre les résultats obtenus de manière individuelle ou en groupe, sans modération particulière. Comme souvent, la vérité est dans un compromis, ou du moins dans une approche permettant à chacun de s'exprimer.

    Le samedi j'ai attaqué par un icebreaker créatif : commencer par dessiner son voisin, histoire de mettre chacun à l'aise, avant de faire par équipe une mind-map libre, que l'autre équipe devra deviner en partant des feuilles. Et pour encore plus d'énergie, un bon temps dehors pour un chifoumi collectif déjanté, avant de faire un parallèle entre le théatre d'improvisation et les valeurs de l'agilité.

    https://www.logilab.org/file/4980425?vid=download

    L'après-midi, ce fut un energizer collectif "Zoom" autour de l'auto-organisation, planète derdian sur le thème de l'interculturalité, ball point game pour illustrer les interactions équipe / client dans un cadre agile, ou encore un début de jeu expérimental d'Alex où l'on met en place une chorégraphie pour illustrer la conduite du changement.

    Voilà. Et je ne vous parle pas des rencontres, des moments de discussion ou encore du tas d'autres jeux auxquels je n'ai pas participé (improvement kata, beer game, pompafric et autres jeux de cartes et de plateaux)... Bref, un moment plein d'énergie dont on repart ressourcé et inspiré. C'était mon premier Agile Games, et j'espère bien en faire plein d'autres !

    Si vous voulez en savoir plus ou trouver des liens sur les jeux cités, vous pouvez aller voir les billets de Chris ou encore celui de Fabrice.

    https://www.logilab.org/file/4980413?vid=download

    (photo by B.Cabanne)

    Merci à tous les non-organisateurs et participants, et en particulier à Claude pour m'avoir aiguillé jusque là.


  • Présentation de salt + graphite + grafana au Nantes Monitoring Meetup

    2016/03/11 by Arthur Lutz

    Suite à quelques participations au Nantes Monitoring Meetup, notamment un atelier sur Riemann et une présentation plus généraliste sur la supervision (dont j'ai fait un compte rendu), je vais participer au prochain meetup en présentant ce que nous faisons à Logilab en terme de supervision active avec les agents Salt et de visualisation de métriques dans Grafana. Je ferai une présentation principalement basée sur une démo, dont le code est publié sur bitbucket (avec du docker et docker-compose).

    https://www.logilab.org/file/4858408/raw/grafana_demo_dasboard.jpg

    L'atelier porte sur Grafana mais aussi influxdb sur lequel nous avons fait quelques expérimentations, mais ca sera l'occasion d'approfondir nos connaissances sur cet outil concurrent ou complémentaire de Graphite (pour lequel nous commençons à utiliser l'excellent graphite-api). Ca se passe à 19h à la Cantine Numérique à Nantes et l'inscription est gratuite, mais obligatoire.

    À lundi ?


  • Retour sur le meetup 'Big Data from space'

    2016/02/23 by Yann Voté

    Le 11e meet-up du groupe Toulouse Data Science s'est déroulé le mercredi 18 mars à 18h 30 à la Cantine de Toulouse. Le sujet était Big Data from Space : un retour d'expérience du CNES sur les problématiques Big Data en lien avec le programme européen Copernicus.

    La présentation était scindée en deux parties. Dans la masse des images satellites produites par Copernicus :

    • comment pouvoir trouver facilement celles qui nous intéressent ?
    • Et une fois qu'on les a, comment pouvoir en faire quelque chose d'utile sans les télécharger ?
    https://www.logilab.org/file/4519952?vid=download

    La première partie, par Jérôme Gasperi, et dont les diapos sont disponibles sur slideshare, introduisait donc la problématique de l'indexation d'un gros volume d'images satellites. Jérôme commence par rappeler que les métadonnées fournies nativement avec une image satellite sont plus ou moins les mêmes qu'avec un appareil photo : date et heure de la prise, capteur, etc. On y trouve aussi les coordonnées de l'emprise au sol de l'image (bounding box). Ces métadonnées permettent de chercher des images sur une zone donnée dans une période donnée mais sont très insuffisantes pour répondre à des requêtes du genre « je veux les images qui contiennent une ville et une forêt ».

    Pour ce genre de requêtes, la méthode traditionnelle consiste à effectuer une classification supervisée de l'image avec des algorithmes d'apprentissage automatique (meilleures résultats obtenus avec SVM) : j'indique à la machine sur un jeu d'entraînement ce que sont une forêt et une ville, et elle est alors capable de segmenter l'image en zones et de classer chaque zone dans une des catégories indiquées. Le problème est que cette méthode est longue : jusqu'à 15 minutes sur des images a très haute résolution et donc inadaptée pour le volume de données produites par Copernicus (jusqu'à 1 To par jour).

    Une autre option est le deep learning. Jérôme pense que ce n'est pas non plus adapté aux images satellites, mais il a été contredit par plusieurs personnes dans la salle qui ont parlé de travaux montrant que c'était possible. Par exemple : https://www.cs.toronto.edu/~hinton/absps/road_detection.pdf.

    La solution présentée utilise le croisement avec des données exogènes : au lieu de se contenter des pixels de l'image, pourquoi ne pas utiliser des informations accessibles par ailleurs ? Par exemple avec l'emprise et des données d'occupation du sol on peut dire si l'image intersecte une forêt et une ville. Avec des données administratives, on peut dire quels pays sont concernés par l'image. Avec la date et des données météorologiques, on peut dire le temps qu'il faisait au moment de la prise de vue. Jérôme a donc développé iTag (est-il Apple addict ?) qui permet de croiser ce genre d'informations et d'ajouter des tags aux métadonnées d'une image. Cela prend quelques milli-secondes: contre plusieurs minutes pour une classification, le gain est énorme.

    Un dernier point : il a aussi montré sur son démonstrateur (non accessible pour l'heure) comment il présentait les résultats d'une recherche sous la forme d'une carte de chaleur. En effet, contrairement à une recherche Google où les résultats sont triés par pertinence, ici le moteur ne sait pas faire ce tri. Les résultats sont donc présentés sur une carte du monde et des points de couleurs viennent montrer la densité des résultats : bleu s'il y a pas ou peu d'images qui correspondent aux critères sur cette zone ; rouge s'il y en a beaucoup.


    La seconde partie, par Pierre-Marie Brunet, peut se résumer en une phrase : il vaut mieux rapprocher le calcul de la donnée que l'inverse.

    Partant du constat que les données aujourd'hui sont de plus en plus gratuites, et que la véritable valeur se situe dans les algorithmes de traitement sur ces données, l'enjeu est d'éviter que tout un chacun vienne moissonner les images Copernicus, les télécharge chez lui pour en faire ce que bon lui semble : vu les volumes à télécharger, cela mettrait le réseau à genou.

    J'ajoute ce commentaire personnel : le documentaire « Internet, la pollution cachée » diffusé sur France 5 en 2014, bien que discutable dans ses calculs et dans ses partis pris, permet de se rendre compte de ce que coûte l'envoi d'un simple mail.

    Il s'agit donc de permettre aux usagers de demander à la plate-forme d'effectuer elle-même les traitements dont ils ont besoin, grâce par exemple au protocole WPS de l'OGC, et de télécharger plutôt le résultat de ces traitements.

    Vu le nombre d'utilisateurs possibles, cela demande de mettre en place une infrastructure de calcul conséquente. Le rapprochement du HPC et du Big Data : le Big Processing.

    Avec cette expérience accumulée, l'architecture cible pour Copernicus sera donc fondée pour la partie logicielle sur Hadoop, Spark, Elasticsearch et Kibana. Mais le plus intéressant est la vision haut-niveau : un ordonnanceur, dont j'ai oublié le nom, aura une information en temps réel sur l'état des nœuds de calcul, sur la répartition des données et sur la vitesse de transfert entre les données et les nœuds. Mieux, chaque nœud sera capable de faire tourner des conteneurs Docker, et il y aura un registre d'images Docker, local et distribué lui aussi. Par conséquent, pour un calcul demandé par un usager :

    • ce calcul correspond par exemple à une image Docker compute et concerne des données facilement accessibles par le nœud A ;
    • l'ordonnanceur va donc demander au nœud A d'exécuter l'image compute sur les données concernées ;

    On retrouve bien le principe : les calculs sont rapprochés des données (même si on ne s'interdit pas de déplacer les données).

    L'utilisation de Docker a d'autres avantages :

    • les usagers pourront proposer leur propres images pour réaliser des calculs dont ils ont besoin et qui ne seraient pas encore proposés ;
    • les centres de calcul étant répartis dans les différents pays européens pour Copernicus, chaque centre a ses spécificités (distribution GNU/Linux différente d'un centre à l'autre par exemple). Comme il n'est pas question d'imposer un choix (à part Docker), Docker permet de faire tourner des calculs dans tous les centres quelles qu'en soient les spécificités.

    Tout ceci ressemble beaucoup à ce que nous avons fait pour Simulagora.


  • 3D Visualization of simulation data with x3dom

    2016/02/16 by Yuanxiang Wang

    X3DOM Plugins

    As part of the Open Dream Kit project, we are working at Logilab on the creation of tools for mesh data visualization and analysis in a web application. Our goal was to create widgets to use in Jupyter notebook (formerly IPython) for 3D visualization and analysis.

    We found two interesting technologies for 3D rendering: ThreeJS and X3DOM. ThreeJS is a large JavaScript 3D library and X3DOM a HTML5 framework for 3D. After working with both, we chose to use X3DOM because of its high level architecture. With X3DOM the 3D model is defined in the DOM in HTML5, so the parameters of the nodes can be changed easily with the setAttribute DOM function. This makes the creation of user interfaces and widgets much easier.

    We worked to create new DOM nodes that integrate nicely in a standard X3DOM tree, namely IsoColor, Threshold and ClipPlane.

    We had two goals in mind:

    1. create an X3DOM plugin API that allows one to create new DOM nodes which extend X3DOM functionality;
    2. keep a simple X3DOM-like interface for the final users.

    Example of the plugins Threshold and IsoColor:

    image0

    The Threshold and IsoColor nodes work like any X3DOM node and react to attribute changes performed with the setAttribute method. This makes it easy to use HTML widgets like sliders / buttons to drive the plugin's parameters.

    X3Dom API

    The goal is to create custom nodes that affect the rendering based on data (positions, pressure, temperature...). The idea is to manipulate the shaders, since it gives low-level manipulation on the 3D rendering. Shaders give more freedom and efficiency compared to reusing other X3DOM nodes. (Reminder : Shaders are parts of GLSL, used to work with the GPU).

    X3DOM has a native node to all users to write shaders : the ComposedShader node. The problem of this node is it overwrites the shaders generated by X3DOM. For example, nodes like ClipPlane are disabled with a ComposedShader node in the DOM. Another example is image texturing, the computation of the color from texture coordinate should be written within the ComposedShader.

    In order to add parts of shader to the generated shader without overwriting it I created a new node: CustomAttributeNode. This node is a generic node to add uniforms, varying and shader parts into X3DOW. The data of the geometry (attributes) are set using the X3DOM node named FloatVertexAttribute.

    Example of CustomAttributeNode to create a threshold node:

    image2

    The CustomAttributeNode is the entry point in x3dom for the javascript API.

    JavaScript API

    The idea of the the API is to create a new node inherited from CustomAttributeNode. We wrote some functions to make the implementation of the node easier.

    Ideas for future improvement

    There are still some points that need improvement

    • Create a tree widget using the grouping nodes in X3DOM
    • Add high level functions to X3DGeometricPropertyNode to set the values. For instance the IsoColor node is only a node that set the values of the TextureCoordinate node from the FloatVertexAttribute node.
    • Add high level function to return the variable name needed to overwrite the basic attributes like positions in a Geometry. With my API, the IsoColor use a varying defined in X3DOM to overwrite the values of the texture coordinate. Because there are no documentation, it is hard for the users to find the varying names. On the other hand there are no specification on the varying names so it might need to be maintained.
    • Maybe the CustomAttributeNode should be a X3DChildNode instead of a X3DGeometricPropertyNode.

    image4

    This structure might allow the "use" attribute in X3DOM. Like that, X3DOM avoid data duplication and writing too much HTML. The following code illustrate what I expect.

    image5


  • Châtaignes, Saucisson et Méthodes agiles... on était au Raid Agile #4 !

    2016/02/15 by Marla Da Silva

    Adrien, David, Katia et moi avons participé au 4ème raid agile organisé par Pablo Pernot et Claude Aubry dans les Cévennes.

    https://www.logilab.org/file/4386083?vid=download

    Je partage l'avis de Sylvain Thénault, lorsqu'il a dit ici il y a quelques mois "j'ai eu la chance de participer au raid agile organisé par Pablo et Claudio", car à mon avis, c'est vraiment une chance de pouvoir se retrouver dans un gîte des Cévennes pour une formation agile originale pendant trois jours et trois nuits. Pendant cette formation, on arrête tout et on partage ses expériences, on joue, on randonne ensemble, et surtout on apprend les nouvelles pratiques du management, de l’agilité organisationnelle et de la gestion de produit. On parle, bien sûr, de participer à des ateliers d'impact mapping, de story mapping, de faire des échanges sur Scrum, Kanban et d'approfondir ses connaissances sur la culture agile.

    Malgré un côté un peu "monomaniaque" (on est isolé au milieu de nulle part, on fait des randonnées, on arrive en haut de la montagne et on ne parle que des méthodes agiles), à aucun moment on ne parle de vie personnelle, ce qui permet de vite se couper du monde extérieur et s'impliquer dans les jeux. Les profils distincts des participants (grands groupes, PME et indépendants) a permis d'échanger et de se rendre compte que les problèmes ne sont pas si différents et qu'on peut trouver un moyen d'adapter l'agilité pour les résoudre.

    Je n'ai pas pu m'empêcher de réfléchir à ce qu'on pourrait mettre en œuvre pour améliorer les pratiques agiles déjà instaurées au sein de Logilab. Ce qui est intéressant, c'est que je me suis toujours dit que les méthodes agiles ne s'appliquaient qu'aux développeurs, et désormais j'ai vu qu'on peut appliquer cette nouvelle façon de travailler dans tous les domaines d'activité dont celui de la communication.

    Je pense surtout au chef de projet qui doit mener son projet à terme tout en respectant les délais et surtout le budget dédié. Et pour atteindre son objectif, le chef de projet doit penser au contenu, au calendrier, au budget mais aussi à la satisfaction du client (et j'ajouterais même "à sa fidélisation"). À travers les méthodes classiques, on se voit confier le projet, on le démarre et on avance... selon une ligne droite : on valide l'étape précédente avant de passer à la suivante. Sauf qu'il arrive (et très souvent) qu'on ne valide pas l'étape précédente et que, par manque de temps ou de budget, on fonce vers l'étape suivante. Il en résulte un très grand stress et s'il faut revenir en arrière pour corriger un problème, c'est toujours plus coûteux.

    https://www.logilab.org/file/4386092?vid=download

    Dans les méthodes agiles, on nous propose de découper le travail en plusieurs itérations, qu'on gère en tant que "mini-projets" définis avec le client. Ensuite on identifiera — toujours avec le client — les différentes fonctionnalités et leur priorité. Résultat : le client pourra clarifier ses attentes et ses exigences pendant que le projet avance et il se sentira rassuré d'avoir une meilleure visibilité sur le projet (objectifs à court terme livrés régulièrement). L'amélioration se fait en continu, la qualité reste tout le temps contrôlée et les risques sont identifiés au plus tôt. Tout au long du projet, l'équipe reste motivée car ses objectifs sont toujours proches et sont régulièrement atteints (à chaque fin d'itération). Et s'il arrive qu'il n'y ait plus de budget, le projet peut s'arrêter sereinement et le client n'est pas surpris car il a suivi l'évolution du projet.

    Dans les méthodes agiles on se focalise sur l'objectif, on découpe le temps, on fixe des échéances, on propose des livraisons fréquentes, on suggère des aménagements en permanence, on communique avec ses collègues, son équipe et le client (on parle d'un échange étroit entre toutes les parties prenantes, une réflexion constante,) et surtout... on accepte le changement.

    https://www.logilab.org/file/4386097?vid=download

    Par exemple, nous avons appris la méthode Scrum grâce à un exercice consistant à faire ensemble un puzzle de 500 pièces. 3 équipes de 3 personnes ont été formées. À cette occasion nous avons dû :

    • déterminer les exigences du client (son objectif : le puzzle monté),
    • identifier les priorités (quelles étaient les parties que le client souhaitait voir réalisées en premier et pourquoi),

    Des mêlées ont été organisées à la fin des sprints de réalisation afin de contrôler l'avancement du projet. Ceci nous a permis de faire un rapport qualitatif et quantitatif du projet. Le client nous a fait part de son mécontentement, et nous avons pu expliquer que le produit ne pourrait pas être livré dans le délai souhaité. Le client a donc pu comprendre nos contraintes et nous avons pu trouver ensemble une solution satisfaisante.

    Ce jeu m'a permis de comprendre scrum et m'a montré son efficacité. Je comprends mieux pourquoi chez Logilab nous appliquons les méthodes agiles à nos développements et tous nos projets.

    https://www.logilab.org/file/4386104?vid=download

    L'ensemble des outils évoqués tout au long du raid s'appuie sur du matériel issu du mouvement agile. Le contenu est dense, on enchaîne les jeux à grande vitesse, et malgré (ou grâce à) des visions souvent opposées, Pablo et Claude ont su nous immerger dans l’agilité.

    Je ne saurais trop vous recommander de sauter sur l'occasion et de participer à une prochaine édition du raid !


  • We went to cfgmgmtcamp 2016 (after FOSDEM)

    2016/02/09 by Arthur Lutz

    Following a day at FOSDEM (another post about it), we spend two days at cfgmgmtcamp in Gent. At cfgmgmtcamp, we obviously spent some time in the Salt track since it's our tool of choice as you might have noticed. But checking out how some of the other tools and communities are finding solutions to similar problems is also great.

    cfgmgmtcamp logo

    I presented Roll out active Supervision with Salt, Graphite and Grafana (mirrored on slideshare), you can find the code on bitbucket.

    http://image.slidesharecdn.com/cfgmgmtcamp2016activesupervisionwithsalt-160203131954/95/cfgmgmtcamp-2016-roll-out-active-supervision-with-salt-graphite-and-grafana-1-638.jpg?cb=1454505737

    We saw :

    Day 1

    • Mark Shuttleworth from Canonical presenting Juju and its ecosystem, software modelling. MASS (Metal As A Service) was demoed on the nice "OrangeBox". It promises to spin up an OpenStack infrastructure in 15 minutes. One of the interesting things with charms and bundles of charms is the interfaces that need to be established between different service bricks. In the salt community we have salt-formulas but they lack maturity in the sense that there's no possibility to plug in multiple formulas that interact with each other... yet.
    juju deploy of openstack
    • Mitch Michell from Hashicorp presented vault. Vault stores your secrets (certificates, passwords, etc.) and we will probably be trying it out in the near future. A lot of concepts in vault are really well thought out and resonate with some of the things we want to do and automate in our infrastructure. The use of Shamir Secret Sharing technique (also used in the debian infrastructure team) for the N-man challenge to unvault the secrets is quite nice. David is already looking into automating it with Salt and having GSSAPI (kerberos) authentication.
    https://www.vaultproject.io/assets/images/hero-95b4a434.png bikes!

    Day 2

    • Gareth Rushgrove from PuppetLabs talked about the importance of metadata in docker images and docker containers by explaining how these greatly benefit tools like dpkg and rpm and that the container community should be inspired by the amazing skills and experience that has been built by these package management communities (think of all the language-specific package managers that each reinvent the wheel one after the other).
    • Testing Immutable Infrastructure: we found some inspiration from test-kitchen and running the tests inside a docker container instead of vagrant virtual machine. We'll have to take a look at the SaltStack provisioner for test-kitchen. We already do some of that stuff in docker and OpenStack using salt-cloud. But maybe we can take it further with such tools (or testinfra whose author will be joining Logilab next month).
    coreos, rkt, kubernetes
    • How CoreOS is built, modified, and updated: From repo sync to Omaha by Brian "RedBeard" Harrington. Interesting presentation of the CoreOS system. Brian also revealed that CoreOS is now capable of using the TPM to enforce a signed OS, but also signed containers. Official CoreOS images shipped through Omaha are now signed with a root key that can be installed in the TPM of the host (ie. they didn't use a pre-installed Microsoft key), along with a modified TPM-aware version of GRUB. For now, the Omaha platform is not open source, so it may not be that easy to build one's own CoreOS images signed with a personal root key, but it is theoretically possible. Brian also said that he expect their Omaha server implementation to become open source some day.
    • The use of Salt in Foreman was presented and demoed by Stephen Benjamin. We'll have to retry using that tool with the newest features of the smart proxy.
    • Jonathan Boulle from CoreOS presented "rkt and Kubernetes: What’s new with Container Runtimes and Orchestration" In this last talk, Johnathan gave a tour of the rkt project and how it is used to build, coupled with kubernetes, a comprehensive, secure container running infrastructure (which uses saltstack!). He named the result "rktnetes". The idea is to use rkt as the kubelet's (primany node agent) container runtime of a kubernetes cluster powered by CoreOS. Along with the new CoreOS support for TPM-based trust chain, it allows to ensure completely secured executions, from the bootloader to the container! The possibility to run fully secured containers is one of the reasons why CoreOS developed the rkt project.
    coffee!

    We would like to thank the cfgmgmntcamp organisation team, it was a great conference, we highly recommend it. Thanks for the speaker event the night before the conference, and the social event on Monday evening. (and thanks for the chocolate!).


  • We went to FOSDEM 2016 (and cfgmgmtcamp)

    2016/02/09 by Arthur Lutz

    David & I went to FOSDEM and cfgmgmtcamp this year to see some conferences, do two presentations, and discuss with the members of the open source communities we contribute to.

    https://www.logilab.org/file/4253021/raw/16312670359_565eec1e3d_k.jpg

    At FOSDEM, we started early by doing a presentation at 9.00 am in the "Configuration Management devroom", which to our surprise was a large room which was almost full. The presentation was streamed over the Internet and should be available to view shortly.

    I presented "Once you've configured your infrastructure using salt, monitor it by re-using that definition". (mirrored on slideshare. The main part was a demo, the code being published on bitbucket.

    http://image.slidesharecdn.com/fosdem2016describeitmonitorit-160203131836/95/fosdem-2016-after-describing-your-infrastructure-as-code-reuse-that-to-monitor-it-1-638.jpg?cb=1454505792

    The presentation was streamed live (I came across someone that watched it on the Internet to "sleep in"), and should be available to watch when it gets encoded on http://video.fosdem.org/.

    FOSDEM video box

    We then saw the following talks :

    • Unified Framework for Big Data Foreign Data Wrappers (FDW) by Shivram Mani in the Postgresql Track
    • Mainflux Open Source IoT Cloud
    • EzBench, a tool to help you benchmark and bisect the Graphics Stack's performance
    • The RTC components in the debian infrastructure
    • CoreOS: A Linux distribution designed for application containers that scale
    • Using PostgreSQL for Bibliographic Data (since we've worked on http://data.bnf.fr/ with http://cubicweb.org/ and PostgreSQL)
    • The FOSDEM infrastructure review

    Congratulations to all the FOSDEM organisers, volunteers and speakers. We will hopefully be back for more.

    We then took the train to Gent where we spent two days learning and sharing about Configuration Management Systems and all the ecosystem around it (orchestration, containers, clouds, testing, etc.).

    More on our cfmgmtcamp experience in another blog post.

    Photos under creative commons CC-BY, by Ludovic Hirlimann and Deborah Bryant here and here


  • Nous allons à FOSDEM 2016 et cfgmgmtcamp

    2016/01/18 by Arthur Lutz

    FOSDEM est le rendez-vous incontournable du logiciel libre en Europe. Logilab y participe depuis plusieurs années (en 2013 avec changeset evolution dans mercurial , puis en 2014 sur PostgreSQL, 2015 en tant que participants).

    https://www.logilab.org/file/3819974/raw/wide.png

    Cette année, nous allons donc participer à FOSDEM dans le track Configuration Management devroom, je presenterai Salt en mettant l'accent sur la supervision orchestrée par ce framework en collectant les données dans graphite et les exploitant dans grafana.

    Nous profitons d'être en Belgique pour enchaîner avec cfgmgmtcamp "Config Management Camp" qui se déroulera les jours suivants à Gent (1er et 2 février). J'y présenterai à peu près la même chose dans le cadre du Track "Salt". N'hésitez pas à jeter un coup d'œil à l'ensemble des présentations qui promettent d'être passionnantes.

    https://www.logilab.org/file/3819969/raw/cfgmngmentcamp.png

    Si vous allez à l'un de ces événements, faites-nous signe qu'on en profite pour se voir. Nous nous efforcerons de partager une partie de ce que nous aurons appris lors de nos pérégrinations dans un article de blog, donc "watch this space" et nos comptes twitter (@arthurlutz, @douardda, @logilab).


  • Compte rendu meetup Agile Nantes - #lego4devops

    2016/01/08 by Arthur Lutz

    Mercredi soir, j'ai participé avec beaucoup de plaisir au meetup mensuel d'agile nantes "Vos voeux 2016 et Lego4DevOps.

    Au delà d'une session "papillons repositionables" pour que les participants expriment leurs souhaits pour les sessions mensuelles de cette année, nous avons joué à #lego4devops, jeu de lego inspiré de lego4scrum.

    Étant intéressé par les problématiques que l'approche devops cherche à résoudre j'étais assez content de participer à cet atelier. En résumé, il s'agit d'un jeu où une équipe ops et une équipe dev doivent collaborer pour livrer des fonctionnalités à un client sur une plateforme qui doit avoir un maximum de disponibilité (et donc de stabilité). Chaque session de développement / mise en production (3 minutes) est entrecoupée d'une petite session de rétrospective (4 minutes) pour discuter des améliorations à apporter. On compte à chaque fin d'itération le nombre de fonctionnalités livrées, le nombre de fonctionnalités en production et la disponibilité de la plateforme.

    Photo de Axel Villechalane

    Photo de Axel Villechalane

    On voit rapidement des problèmes (et des solutions) similaires à ce qu'on peut retrouver en entreprise, les animateurs ajoutant des exemples ou anecdotes mettant en avant ces travers et le rapportant aux bonnes pratiques du mouvement devops.

    Le jeu est disponible en licence creative commons, les PDFs sont disponibles ici : jeu #lego4devops. À faire tourner, essayer et améliorer. Merci à l'association Agile Nantes ainsi qu'à Sébastien Fauvel et Cécile Especel.

    http://www.agilenantes.org/wp-content/themes/agilenantes_theme/img/logo_agilenantes_200.png

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