Blog entries by Florent Cayré [2]
  • WebGL Paris 2015

    2015/10/13 by Florent Cayré

    Hier, Logilab assistait à la journée de conférence WebGL Paris dans le centre de conférences de Microsoft France.

    https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/39/WebGL_logo.png

    Cette journée était riche de présentations variées par le public visé : scientifiques, artistes, développeurs, équipes mixtes graphistes/ développeurs. J'ai apprécié le format assez long de ces présentations, qui permet d'approfondir plus qu'à l'habitude. Les présentateurs ont profité de ce temps soit pour illustrer leur démarche artistique, soit pour démontrer l'utilisation en direct des technologies proposées, ce qui rend les présentations à la fois plus vivantes et plus motivantes pour les techniciens que nous sommes car plus rapides à mettre en oeuvre.

    Logilab s'intéresse depuis plusieurs années à WebGL (et autres API HTML5 avancées, comme WebAudio), ayant réalisé plusieurs démonstrateurs utilisant cette technologie, notamment une interface de Web pour Code_TYMPAN basée sur CubicWeb, ou encore un outil de visualisation de maillages pour Simulagora. Nous souhaitions lors de cette conférence aller plus loin en recherchant :

    • des manières originales de présenter des données, par exemple celles tirées de l'application derrière http://data.bnf.fr, développée par Logilab avec CubicWeb ;
    • à déporter des calculs du serveur vers le navigateur en utilisant le GPU via le langage GLSL, ce qui pourrait conduire à des solutions innovantes pour nos applications scientifiques.
    http://data.bnf.fr/data/logo-data.gif http://code-tympan.org/images/sampledata/fruitshop/Logo%20Code_TYMPAN_%20transparence_medium0.png

    Au travers de ce prisme, les présentations qui nous ont le plus intéressés lors de cette journée WebGL Paris sont les suivantes :

    • Réseaux de neurones : intéressante entrée en matière par Xavier Bourry sur la thématique du calcul dans le navigateur, même si on aurait aimé y voir un peu plus de code ; son site http://webglacademy.com/ est cependant une source d'information très intéressante sur le sujet, par exemple la leçon sur la résolution des équations de Saint-Venant régissant les écoulements de fluide à surface libre ;
    • WebVR : dans cette présentation, Jean-marc Le Roux a surtout présenté les outils de développement de la plateforme Minko, en particulier l'extension créée pour Blender permettant aux graphistes 3D d'aller plus loin dans le processus de création en intégrant eux-mêmes des scripts dédiés à différents effets 3D (animation de forme, environnement lumineux, etc.) dans l'application Web, en temps réel ; il a finalement assez peu été question de réalité virtuelle, bien que l'intérêt de cette API, identique dans Firefox et Chrome, mais encore considérée comme expérimentale, ait été souligné ;
    • Live coding avec BabylonJS : au cours de cette présentation, David Rousset a notamment montré le tout nouveau BabylonJS playground, qui offre une façon très didactique de se mettre à BabylonJS et de partager du code ;
    • Le raymarching : Rémi Papillié nous a fait une démo live à la fois efficace et instructive de cette technique facile à mettre en place ; cela m'a permis de voir comment écrire et tester visuellement des shaders, et me permettra de me lancer plus facilement dans le développement d'applications scientifiques avec GLSL ; ce champ a l'air finalement assez peu exploré, comme en témoigne le faible nombre d'outils permettant de tester automatiquement du code GLSL : GLSL Unit semble être le seul outil disponible.
    http://download.blender.org/institute/logos/blender-plain.png http://babylonjs.com/Assets/Logo.png

    En conclusion, on a beaucoup apprécié cette journée qui nous a fournit de bonnes pistes techniques et motivés pour continuer à pousser nos clients dans à utiliser WebGL. Merci aux organisateurs et aux présentateurs !


  • Logilab à EuroSciPy 2014

    2014/09/02 by Florent Cayré
    http://www.euroscipy.org/2014/site_media/static/symposion/img/logo.png

    Logilab était présent à EuroSciPy2014 à Cambridge la semaine dernière, à la fois pour suivre les travaux de la communauté scientifique, et pour y présenter deux posters.

    Performances

    Il y a encore beaucoup été question de performances, au travers de tutoriels et de conférences de grande qualité :

    • une Keynote de Steven G. Johnson expliquant comment le langage Julia, de haut niveau et à typage dynamique parvient à atteindre des performances dignes du C et du Fortran dans le domaine numérique : le langage a été conçu pour être compilé efficacement avec un jit (just-in-time compiler) basé sur LLVM , en veillant à rendre possible l'inférence des types du maximum de variables intermédiaires et des retours des fonctions à partir des types d'entrée, connus au moment de leur exécution. L'interfaçage bidirectionnel avec le Python semble très simple et efficace à mettre en place.
    • un tutoriel de Ian Ozswald très bien construit, mettant bien en avant la démarche d'optimisation d'un code en démarrant par le profiling (cf. aussi notre article précédent sur le sujet). Les différentes solutions disponibles sont ensuite analysées, en montrant les avantages et inconvénients de chacune (Cython, Numba, Pythran, Pypy).
    • l'histoire du travail d'optimisation des forêts d'arbres décisionnels (random forests) dans scikit-learn, qui montre à quel point il est important de partir d'une base de code saine et aussi simple que possible avant de chercher à optimiser. Cet algorithme a été entièrement ré-écrit de façon itérative, conduisant au final à l'une des implémentations les plus rapides (sinon la plus rapide), tous langages confondus. Pour parvenir à ce résultat des formulations adroites de différentes parties de l'algorithme ont été utilisées puis optimisées (via Cython, une ré-organisation des données pour améliorer la contiguïté en mémoire et du multi-threading avec libération du GIL notamment).
    • la présentation de Firedrake, un framework de résolution d'équations différentielles par la méthode des éléments finis, qui utilise une partie de FEniCS (son API de description des équations et des éléments finis à utiliser) et la librairie PyOP2 pour assembler en parallèle les matrices et résoudre les systèmes d'équations sur GPU comme sur CPU.
    • la présentation par Jérôme Kieffer et Giannis Ashiotis de l'ESRF de l'optimisation de traitements d'images issues de caméras à rayons X haute résolution débitant 800Mo/s de données en utilisant Cython et du calcul sur GPU.

    Autres sujets remarqués

    D'autres sujets que je vous laisse découvrir plus en détails sur le site d'EuroSciPy2014 prouvent que la communauté européenne du Python scientifique est dynamique. Parmi eux :

    • un tutoriel très bien fait d'Olivier Grisel et Gaël Varoquaux sur l'analyse prédictive avec scikit-learn et Pandas.
    • une belle présentation de Gijs Molenaar qui a créé une belle application web pour présenter les données d'imagerie radioastronomiques issues du LOFAR.
    • enfin, Thomas Kluyver et Matthias Bussonnier nous ont notamment parlé du projet Jupyter qui permet d'utiliser le notebook IPython avec des noyaux non Python, dont Julia, R et Haskell.

    Posters

    Logilab a eu l'opportunité de prendre part au projet de recherche PAFI (Plateforme d'Aide à la Facture Instrumentale), en développant une application WEB innovante, basée sur CubicWeb, visant à la fois à faciliter le prototypage virtuel d'instruments (à vent pour le moment) et à permettre des échanges de données entre les acteurs de la recherche et les facteurs d'instrument, voire les musées qui possèdent des instruments anciens ou exceptionnels. La plateforme met ainsi en œuvre la Web Audio API et un modèle de collaboration élaboré.

    L'autre poster présenté par Logilab concerne Simulagora, un service en ligne de simulation numérique collaborative, qui permet de lancer des calculs dans les nuages (donc sans investissement dans du matériel ou d'administration système), qui met l'accent sur la traçabilité et la reproductibilité des calculs, ainsi que sur le travail collaboratif (partage de logiciel, de données et d'études numériques complètes).

    Un grand merci à l'équipe d'organisation de l'événement, qui a encore remporté un joli succès cette année.